Fast alle Artikel über Bioinformatik haben mich mit dem Wort Hochdurchsatz konfrontiert, aber ich konnte keine Erklärung finden darüber (ich denke, es ist so leicht zu verstehen und deshalb erklärt es jemand, aber ich konnte es nicht tun). Gibt es jemanden, der mir erklären kann, was sie unter Hochdurchsatz verstehen? Vielen Dank im Voraus.
Kommentare
- ' ist nicht unbedingt ein biologischer Begriff. merriam-webster.com/dictionary/throughput
- Ha! Der Durchsatz wird also nur umgekehrt „durchgesetzt“! @canadianer
Antwort
Hochdurchsatz-Sequenzierung bezieht sich speziell auf Sequenzierungstechniken wie Illumina, mit denen Sie im Gegensatz zu massiven Mengen DNA gleichzeitig (Hunderttausende von Strängen) sequenzieren können ältere Techniken wie das Klonieren der cDNA in Plasmide, gefolgt von der Sequenzierung.
Kommentare
- Die Shotgun-Sequenzierung verwendet das Sanger-Sequenzierungsprotokoll.
- Ja, ja, das tut es. Ich habe nicht angedeutet, dass die Sequenzierung von Schrotflinten eine Hochdurchsatzmethode ist. Ich ' werde meine Antwort bearbeiten, um dies widerzuspiegeln.
- Entschuldigung. Ich bin verwirrt. Frei Jetzt. Trotzdem ist die Sanger-Sequenzierung kein wirklich niedriger Durchsatz. Es hat immer noch einen hohen Durchsatz, ist aber nicht so effizient wie Illumina.
- Danke, was wäre dann ein gutes Beispiel für eine Technik mit niedrigem Durchsatz?
- PCR, Western Blots, ELISA, Bradford Assay usw. sind alles Techniken mit niedrigem Durchsatz.
Antwort
Hoher Durchsatz, wie von Kanadier in ihren Kommentaren angegeben bezieht sich auf die Datenmenge, die vom System verarbeitet wird. Obwohl die Antwort von CactusWoman für den Fall der DNA-Sequenzierung richtig wäre, ist der Hochdurchsatz nicht wirklich auf diese Domäne beschränkt.
Jede Hochdurchsatztechnik versucht, mehrere Variablen gleichzeitig zu messen. Die Beispiele umfassen neben der DNA-Sequenzierung der nächsten Generation auch die RNA-Sequenzierung, Proteinidentifizierung und -quantifizierung durch Massenspektrometrie (LC-MS), Lipidprofilierung durch GC-MS usw.
Es gibt auch Techniken mit mittlerem Durchsatz Das kann mehrere Variablen messen, aber viel weniger als Techniken mit hohem Durchsatz. Viele Techniken mit niedrigem Durchsatz können durch einen gewissen Grad an Automatisierung und experimenteller Planung auf mittleren Durchsatz umgestellt werden. Ein Beispiel wäre eine Echtzeit-PCR.
Antwort
Die bioinformatische Verwendung dieses Begriffs ist nicht besonders. Es ist normales Englisch, kein Fachjargon. „Durchsatz“ bedeutet einfach die Geschwindigkeit, mit der etwas verarbeitet werden kann. Ein Hochdurchsatzsystem ist eines, das Dinge mit einer hohen Geschwindigkeit handhabt, und es könnte gleichermaßen auf die Genomsequenzierung, ein städtisches Transitnetzwerk, die Ticketschalter bei einem Fußballspiel, eine Fabrik, in der Kartoffeln zu Pommes frites verarbeitet werden, oder den Prozessor angewendet werden
In der Biologie bezieht sich der Durchsatz normalerweise auf die Geschwindigkeit, mit der Proben verarbeitet werden können. Eine „Niedrig“ -Durchsatzmethode ist daher eine Methode, deren Durchführung länger dauern kann, die nur auf wenige Proben angewendet werden kann oder die wiederholt werden muss, um einen vollständigen Satz von Messungen verschiedener Faktoren zu erhalten. Eine „Hoch“ -Durchsatzmethode ist einfach eine schnellere Methode, mit der eine größere Anzahl von Proben in derselben oder einer kürzeren Zeit verarbeitet werden kann. Dies kann erreicht werden, indem schneller gearbeitet wird, mehrere Proben gleichzeitig verarbeitet werden oder mehrere Aspekte derselben Probe gleichzeitig verarbeitet werden.
Beachten Sie, dass es keine Definition dafür gibt, wann etwas „hoher Durchsatz“ wird. Es ist im Vergleich zu früheren Methoden einfach „hoch“, obwohl Sie normalerweise erwarten würden, dass es nur angewendet wird, wenn die neue Methode um ein Vielfaches schneller als die vorhandene Methode ist, und keine kleine inkrementelle Verbesserung.
Antwort
Hochdurchsatz-Sequenzierung bezieht sich speziell auf Sequenzierungstechniken wie Illumina, mit denen Sie riesige DNA-Mengen gleichzeitig sequenzieren können, was Hunderttausende von Strängen bedeutet. Erzeugen einer Vielzahl von Datensequenzen gleichzeitig.
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