He obtenido genes con proporciones. Como un pequeño ejemplo, puede ver mis datos a continuación
Gene Control1 Control2 Control3 Treated1 Treated2 Treated3 pps-1 324680000 211350000 356350000 269770000 258080000 292830000 R11A8.7 477490000 610780000 539550000 533590000 530810000 578290000 ugt-21 105080000 103430000 74137000 78915000 42381000 31415000 spp-18 1042800000 615030000 332720000 538340000 448280000 412310000 Ahora mi pregunta es que tengo tres controles y tres tratados, el control tiene dos réplicas biológicas y el tratado tiene dos réplicas biológicas
¿Cómo puedo calcular el cambio de pliegue para él?
Veo dos formas
La primera forma en que tomo el promedio de mi grupo de control, llamémoslo A (una columna) Tomo el promedio de mi grupo tratado, no sea que lo llame B (una columna) Luego calculo el cambio de pliegue (B / A)
De esta manera, puedo verificar también si la correlación entre todas las réplicas biológicas de control o tratadas son altas, lo que indica que tomar el promedio está bien
La segunda forma Realizo una prueba de comparación múltiple en ambos grupos I encontrar genes regulados y genes regulados negativamente Descarto el resto de los genes Tomo el promedio de mi grupo de control, llamémoslo A (una columna) Tomo el promedio de mi grupo tratado, no sea que lo llame B (una columna) Luego calculo el pliegue cambia (B / A)
¿Cuál de ellos tiene más sentido?
Mi principal preocupación es cómo calcular el cambio de pliegue cuando tengo una réplica biológica,
Publiqué en el grupo de biología, dijeron que es mejor que lo publique aquí
¿Cómo se pueden calcular los valores p para el cambio de pliegue si se basa en el promedio
Comentarios
- Creo que te refieres a tres repeticiones.
- @Student T sí, quiero decir
- Publicado en Biology.SE . @NikBernou No publicaciones cruzadas en dos sitios. Si cree que un sitio es mejor, elimine la pregunta en el otro sitio.
- @WYSIWYG Sé que hizo una publicación cruzada. De todos modos, revise mi respuesta. Inspirado por su idea de la prueba t en la otra publicación.
Respuesta
2 🙂 no tiene sentido a mi. Solo haría una prueba t entre control / tratado si desea probar la diferencia en las medias de la muestra, pero no para calcular el cambio de pliegue.
El cambio de pliegue generalmente se calcula simplemente con average of group 2/ average of group 1. Te daré una prueba, en http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=49101 , el autor de DESeq2 escribió:
(average in group2)/(average in group1)
La pregunta es por qué ¿Quieres hacer esto? Hay buenos paquetes de bioconductores que pueden hacer eso por ti. Por ejemplo, DESeq2 aplica métodos de contracción a los cambios de pliegue. El cambio de pliegue sin procesar es no informativo en el análisis estadístico bioinformático, porque no aborda el nivel de expresión (y varianza) del gen. Los genes de expresión alta y baja pueden darte el mismo cambio, y no quieres que esto suceda.
Comentarios
- muchas gracias. mucho. en realidad han pasado horas y horas tratando de explicar lo que quiero. esto me da el camino correcto. Estoy más interesado en hacerlo yo mismo que hacer clic en el paquete parece una caja un poco negra. ¿Es posible darme una explicación sobre, por ejemplo, cómo calculan el valor p para este cambio de pliegue? ¿Lo sabes?
- @NikBernou Lo sé. Pero, ¿puedes aceptar la respuesta si te ayuda y luego comenzar una nueva ¿Pregunta? Esto demostrará su agradecimiento y la gente podrá ayudarlo más.
- @NikBernou Creo que será mejor que utilice los paquetes sofisticados y altamente desarrollados como DESeq2, y que dedique un poco de esfuerzo a comprender qué tales " cajas negras " realmente lo hacen. Tratar de reinventar estos programas es complicado y propenso a error. También puede examinar el código para ver cómo los autores del programa manejan asuntos como los valores p.
- @EdM Estoy de acuerdo, pero es difícil revisar un paquete cuando usted no lo escribió. falta la mayor parte de la documentación, por lo que se entiende lo que es realmente doloroso. Estoy de acuerdo en que estos paquetes están diseñados para aquellos que no tienen conocimientos de programación y por eso estoy tratando de hacer algo por mí mismo que lo entiendo completamente. Por ejemplo, ¿puede decirme por qué DESeq2 funciona con valores de conteo y no es continuo? Verá, es una caja negra
- @EdM calcular el cambio de pliegue no es un cálculo difícil. DESeq2 está destinado a un tipo específico de datos.No es una herramienta estadística general. Y siempre es bueno conocer las estadísticas / matemáticas subyacentes en lugar de simplemente hacer clic en algunos botones.