Después de atrapar o derrotar a Kyogre, dirígete a Sea Mauville con un pokemon en tu grupo que conozca Dive y encuentra el escáner en la sala de control sumergida. Una vez que tengas el escáner, dirígete a Slateport Harbour y dáselo al capitán Stern, quien te dará la Tidal Bell a cambio.
Con la Tidal Bell, regresa a la sala de control sumergida en Sea Mauville para encontrar una cosa de portal, con la que interactúas para encontrarte con Lugia. (El proceso para obtener Ho-oh en Omega Ruby es prácticamente el mismo, pero el portal está en la cubierta)
Vea también este video de Youtube para un recorrido visual rápido del proceso.