Puede redirigir la salida, digamos que su programa es:
main() { }
Cuando compile, gcc dirá algo como:
a.c:1:1: warning: return type defaults to ‘int’ [-Wimplicit-int] main() ^~~~
Eso se muestra en la terminal. Lo que quieres hacer es redirigir esto a un archivo. En este caso, debe redirigir la salida de error estándar (en la terminal verá tanto: salida estándar como salida de error estándar):
$ cc a.c 2> output.txt
2> significa enviar la salida de error (en este caso, advertencias) a este archivo.
un simple > redirigiría la salida estándar.