«Lo que está haciendo» es una frase en lugar de un sustantivo : si está haciendo X, entonces «lo que está haciendo» representa X, p. ej. «Me gustaría ver lo que está haciendo» significa que me gustaría ver a X.
«¿Qué está haciendo?» Es una pregunta , preguntando por la identidad de X. La inversión de pronombre y verbo hace que la frase sea interrogativa.