Casi todos los artículos sobre bioinformática, me enfrenté a la palabra de alto rendimiento, pero no pude encontrar ninguna explicación al respecto (creo que es tan fácil de entender y por eso alguien lo explica pero yo no pude hacerlo). ¿Hay alguien que pueda explicarme qué quieren decir con alto rendimiento? Gracias de antemano.
Comentarios
- No es ' necesariamente un término biológico. merriam-webster.com/dictionary/throughput
- ¡Ja! ¡Así que el rendimiento simplemente se invierte «pasa»! @canadianer
Respuesta
La secuenciación de alto rendimiento se refiere específicamente a técnicas de secuenciación como Illumina que le permiten secuenciar cantidades masivas de ADN a la vez (cientos de miles de hebras), en lugar de técnicas más antiguas como la clonación del cDNA en plásmidos, seguida de secuenciación.
Comentarios
- La secuenciación Shotgun usa el protocolo de secuenciación Sanger.
- Sí, sí lo hace. No estaba insinuando que la secuenciación por escopeta sea un método de alto rendimiento. ' editaré mi respuesta para reflejar eso
- Lo siento. Me confundí. Despejado ahora. Pero aún así, la secuenciación de Sanger no es realmente de bajo rendimiento. Sigue siendo de alto rendimiento pero no tan eficiente como Illumina.
- Gracias, ¿cuál sería entonces un buen ejemplo de una técnica de bajo rendimiento?
- PCR, western blots, ELISA, Bradford ensayo, etc.son todas técnicas de bajo rendimiento.
Respuesta
Alto rendimiento, como lo indica canadianer en sus comentarios se refiere a la cantidad de datos que procesa el sistema. Aunque la respuesta de CactusWoman sería correcta para el caso de la secuenciación de ADN, el alto rendimiento no se limita realmente a ese dominio.
Cualquier técnica de alto rendimiento intenta medir varias variables simultáneamente. Los ejemplos incluyen, además de la secuenciación de ADN de próxima generación, secuenciación de ARN, identificación y cuantificación de proteínas por espectrometría de masas (LC-MS), perfil de lípidos por GC-MS, etc.
También existen técnicas de rendimiento medio que puede medir varias variables pero mucho menos que las técnicas de alto rendimiento. Muchas técnicas de bajo rendimiento se pueden convertir en rendimiento medio mediante algún nivel de automatización y planificación experimental. El ejemplo incluiría PCR en tiempo real.
Respuesta
No hay nada en particular sobre el uso bioinformático de este término; es una jerga inglesa normal, no especializada. «Rendimiento» simplemente significa la velocidad a la que se puede procesar algo. Un sistema de alto rendimiento es aquel que maneja las cosas a un ritmo elevado, y podría aplicarse igualmente a la secuenciación del genoma, una red de tránsito de la ciudad, las puertas de venta de entradas en un partido de fútbol, una fábrica que procesa papas en chips (papas fritas) o el procesador en su computadora.
En biología, sin embargo, el rendimiento generalmente se refiere a la velocidad a la que se pueden procesar las muestras. Por lo tanto, un método de rendimiento «bajo» es aquel que puede llevar más tiempo para llevarse a cabo, solo puede aplicarse a unas pocas muestras o debe repetirse para obtener un conjunto completo de mediciones de diferentes factores. Un método de «alto» rendimiento es simplemente un método más rápido, que permite procesar un mayor número de muestras en el mismo o menos tiempo. Esto se puede lograr trabajando más rápido, procesando múltiples muestras a la vez o manejando simultáneamente múltiples aspectos de la misma muestra.
Tenga en cuenta que no existe una definición de cuándo algo se convierte en «alto rendimiento»; es simplemente «alto» en relación con los métodos anteriores, aunque normalmente se esperaría que solo se aplicara cuando el nuevo método sea muchas veces más rápido que el método existente, no una pequeña mejora incremental.
Respuesta
La secuenciación de alto rendimiento se refiere específicamente a técnicas de secuenciación como Illumina que le permiten secuenciar cantidades masivas de ADN a la vez, lo que significa cientos de miles de hebras. Produciendo multitud de secuencias de datos simultáneamente.
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- ¿puedes agregar una referencia?