He estado leyendo mucho sobre genética cuantitativa y G- (y B-) matrix últimamente. Entiendo el principio detrás de realizar el análisis ahora, pero todavía no estoy seguro de cómo hacerlo. Me gustaría poder probarlo con algunos datos ficticios / antiguos en R para ver cómo se hace.
Supongamos que he medido 5 rasgos de Drosophila (longitud del ala, vida útil, pigmentación ocular, número de cerdas y estado físico). ¿Podría construir una matriz G para la población a partir de estos datos y también obtener una matriz B para medir la selección de los rasgos?
Objetivos de la post:
1) ¿Qué información (medidas de rasgos, puntuaciones de aptitud física, etc.) se necesita para construir matrices G y B?
2) Me gustaría encontrar material impreso o en línea que me sirva de guía para implementar este método. Parece que hay una gran cantidad de artículos que dicen que las matrices G son geniales, pero nadie dice realmente cómo hacerlas en la vida real …
Comentarios
- Su enlace solo habla de G-matrix. No ' no sé qué es una matriz B. ¿Tiene un enlace que explique qué es una matriz B? Thks
- @ Remi.b La matriz b es una submatriz dentro de la matriz g (la matriz g está construida con cuatro submatrices, Gm [varianza y covarianza genética masculina] Gf también para las mujeres, B (y B transpuesto) con la covarianza genética cruzada
- Se puede encontrar una breve descripción de lo que es una matriz G en esta pregunta
Respuesta
Para construir la matriz G necesita varianzas y covarianzas genéticas aditivas para todos los rasgos, por lo que normalmente se necesitan resultados de experimentos de reproducción (p. ej., datos fenotípicos de padres intermedios e hijos), en los que pueda realizar regresiones entre padres e hijos. No conozco ninguna buena fuente en línea, pero consulte Balding et al. . 2007 p. 534ff para obtener más información. He visto métodos que afirman que la matriz G se puede estimar directamente a partir de datos fenotípicos de individuos no relacionados (por ejemplo, Zintzaras 2011 ) o de información genómica, por ejemplo, SNP ( Vattikuti et al. 2013 ), pero no están familiarizados con estos y no saben cuán confiables son.
Se puede obtener una base clara sobre el uso de modelos mixtos para estimar la matriz G, incluidos ejemplos / tutoriales encontrado en Wilson et al (2009) .
¿O tenías algo más / algo más específico en mente?
Comentarios
- Supongo que hay dos aspectos de esto para mí. En primer lugar, ' me gustaría saber cómo se pueden hacer. En segundo lugar, estoy tratando de averiguar si podría hacerlos usando valores de rasgos de líneas hemiclonales de drosophila, de modo que obtenga valores de rasgos específicos de sexo para cada haplotipo y, por lo tanto, pueda hacer una matriz B.
- Bueno, debería ser capaz de obtener variaciones genéticas de las líneas hemiclonales; sin embargo, debe considerar cuidadosamente cómo calcularlas y la cantidad de heredabilidad capturada. ¿Qué quieres decir con: " En primer lugar, ' me gustaría saber cómo se pueden hacer ". ¿Qué contienen las matrices, cómo realizar técnicamente las regresiones o algo más? Sospechaba que buscaba algo más específico, pero debería actualizar la pregunta para que sea menos clara.
- Además, ¿ha mirado modelos animales (modelos estadísticos mixtos), ¿Dónde se puede usar todo el árbol genealógico para estimar los componentes de la matriz G?
- Qué quiero decir con " cómo se pueden hacer " es qué tipo de datos necesito, qué hay que medir, como ya dice en la pregunta
- @GriffinEvo Creo que esto es lo que no me queda claro; en el caso simple, lo que necesita para una matriz G son datos fenotípicos sobre los rasgos de interés y una relación conocida entre individuos (por ejemplo, padre-hijo). También escribí esto en mi respuesta, pero aparentemente estás buscando algo más. Para tener en cuenta, por ejemplo, factores ambientales, sexo o un pedigrí conocido, necesita un modelo estadístico más complejo, p. ej. Modelos animales . He actualizado mi respuesta con un documento que podría ser de utilidad.