Wave sería el verbo más general.
para moverse libre y suavemente hacia adelante y hacia atrás o hacia arriba y hacia abajo, como por la acción de corrientes de aire, oleajes, etc .: banderas ondeando el viento.
http://www.thefreedictionary.com/wave
Aparte de eso, como también se menciona en los comentarios, están los verbos flutter, volar, aletear, ondular, ondular, romper, hacer alarde y transmitir que puede utilizar según el contexto o según el str profundidad del viento.
Puede ver esta comparación en Google Ngram también:
Comentarios
Si quieres decir lo que el viento le hace a la bandera, en lugar de lo que hace la bandera en el viento, use aleteo (viento ligero), látigos (viento fuerte y rápido), volantes (viento suave irregular) y busque sinónimos para esos; solo asegúrese de que sean verbos que puede tomar un objeto directo (el viento hace X a Y, no solo el viento hace X)