ほとんどのアミノ酸の場合、 $ \ mathrm {pI} $ は単に算術平均ですアミノおよびカルボキシルの $ \ mathrm pK_ \ mathrm a $ 。ただし、 $ \ mathrm pK_ \ mathrm a $ の値が複数あるチロシンとシステインの場合、この目安は適用されません。

チロシンの場合、平均化されるのはカルボキシル基とアミノ基の $ \ mathrm pK_ \ mathrm a $ ですが、システインの場合はそれです。 sカルボキシル基と側鎖のそれら。

これが当てはまる理由、または計算の背後にある理由の説明を見つけることができませんでしたか?

回答

$ \ mathrm {pI} $は$ \ mathrm {pH} $であるため、アミノ酸全体の正味電荷はありません。 形式のプロトン化/脱プロトン化に関連する$ \ mathrm pK_ \ mathrm a $値を、正味料金なしで平均化する必要があります。チロシンの酸塩基平衡は次のとおりです。

Tyr

正味料金のないフォームは赤で表示されます(正味料金がない場合は+1と-1がキャンセルされます)。重要なのは、このフォームの両側の$ \ mathrm pK_ \ mathrm a $値(青色)であるため、チロシンの$ \ mathrm {pI} $は$ 5.66 $($ 2.20 $と$ 9.11 $の平均)です。

$ 2.20 $がカルボキシル$ \ mathrm pK_ \ mathrm a $であり、$ 9.11 $がアミノ$ \ mathrm pK_ \ mathrm a $であるのは偶然です。 側鎖$ \ mathrm pK_ \ mathrm a $が$ 9.11 $未満の場合は、代わりにカルボキシル基と側鎖$ \ mathrm pK_ \ mathrm a $ “sを平均する必要があります。

同じ論理がシステインにも当てはまります( $ \ mathrm pK_ \ mathrm a $値を調べて、異なるプロトン化形態を引き出します)。側鎖の$ \ mathrm pK_ \ mathrm a $はアミノ基よりも低いため、カルボキシル基と側鎖$ \ mathrm pK_ \ mathrm a $ “sを平均します。

この手順もちろん、酸性側鎖を持つアミノ酸(アスパラギン酸;グルタミン酸)と塩基性側鎖を持つアミノ酸(リジン;アルギニン;ヒスチジン)に拡張することができます。

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