私はプライマーのセットを設計し、プライマー設計の原則について読んでいます。そのうちの1つは次のとおりです。
GCクランプ：プライマーの3 “末端から最後の5塩基内にGまたはC塩基が存在すると（GCクランプ）、Gの結合が強くなるため、3″末端での特異的結合が促進されます。およびC塩基。プライマーの3 “末端の最後の5塩基では、3G”またはC “を超えないようにする必要があります。
ここから。
私の質問は、GCクランプを使用することがどれほど重要かということです。
コメント
- GまたはCを持つことが重要な場合、なぜ3つ以上のGまたはCを避ける必要があるのですか？
- @biogirl 'ペアリングが強すぎないようにするプライマー間のペアリングのイベント。そうしないと、'多くのプライマーダイマーが得られます。ベン、GCクランプは、3 'で強力な結合を可能にするため重要です。これは伸びに適していますが、これは微調整する主要なパラメータではありません。処理する他の重要なパラメータがあります（たとえば、自己相補性、低複雑性など）。
回答
客観的な答えを提供するのは難しいです。適切な長さと複雑さがある場合は、単一の端末でも3 “GまたはCします。もちろん、プライマーの全体的なGC:AT比やアニーリング温度などを考慮する必要があります。
ここではトピックに関するさまざまな意見へのリンクであり、このナゲットがあります（可能な場合は購読します）：
FWIW、PCRの神々に私が好む製品は、単一のGまたはC 3 “、FWIWを備えたプライマーです。”月のほとんどの段階で幸せを保つようです。
回答
プライマー設計についての独自の（経験的な）説明を提供します。 GCクランプはプライミングの特異性を助け、したがってPCR反応の全体的な効率に貢献します。過去に、私は（必然的に）3 “末端のGCクランプが多すぎるプライマーを設計し、GCクランプなしのプライマーを使用しました。これらのPCR反応は、プライマーダイマーのレベルが異なる場合に正常に実行されました。形成と全体的な効率。
私の経験では、GCクランプは優れていますが、優れたPCRには厳密には必要ありません。私の一般的なルールは、可能な限り2 G / Cでプライマーを終結させることです。何かが失敗する場合、それは通常PCRではありません。
回答
3 “でのGCクランプ、つまり3インチの端にある単一のGまたはC、または内のいくつかのG/C A=Tと比較して結合が強いため、プライマーの3 “末端の最後の6bpは、伸長中にプライマーをテンプレート上に保持するのに役立ちます。これは必須ではありません。これは、PCR反応を改善する可能性のあるプライマーの特徴の1つです。
同時に、最後の6bpでのGCの連続的な組み合わせは避けてください。セルフダイマーにつながる可能性があります。
例：
5"-.....GCGC-3"は5"-.........GCCG-3";このような場合でも、後者のプライマー配列を使用できます。
回答
知っているものをPCRしている場合を除き、やりがいがあります。primer3を使用するだけで、心配する必要はありません。