비율이있는 유전자를 얻었습니다. 작은 예로서 아래의 데이터를 볼 수 있습니다.
Gene Control1 Control2 Control3 Treated1 Treated2 Treated3 pps-1 324680000 211350000 356350000 269770000 258080000 292830000 R11A8.7 477490000 610780000 539550000 533590000 530810000 578290000 ugt-21 105080000 103430000 74137000 78915000 42381000 31415000 spp-18 1042800000 615030000 332720000 538340000 448280000 412310000 이제 제 질문은 제가 3 개의 대조군과 3 개의 치료를 받았으며, 대조군에는 2 개의 생물학적 복제물이 있고 치료됨에는 두 가지 생물학적 복제물
배율 변화를 어떻게 계산할 수 있습니까?
두 가지 방법이 있습니다.
첫 번째 방법은 제어 그룹의 평균을 취하고 A (하나의 열) B (하나의 열)라고 부르지 않도록 치료 그룹의 평균을 취합니다. 접기 변경 (B / A)
이렇게하면 대조 또는 처리 된 모든 생물학적 복제가 높기 때문에 평균을 취하는 것이 괜찮음을 나타냅니다.
두 번째 방법 두 그룹 모두에 대해 다중 비교 테스트를 수행합니다. 조절 된 유전자와 하향 조절 된 유전자를 찾아서 나머지 유전자를 버리고 대조군의 평균을 취합니다. A (하나의 열) B (하나의 열)라고 부르지 않도록 치료 그룹의 평균을 취합니다. 접기 변경 (B / A)
어떤 것이 더 의미가 있습니까?
내 주요 관심사는 생물학적 복제가있을 때 폴드 변화를 계산하는 방법입니다.
생물학 그룹에 게시했습니다. 그들은 여기에 게시하는 것이 더 좋다고 말했습니다.
어떻게 폴드 변경에 대한 p- 값을 계산할 수 있습니까? 평균을 기준으로합니다.
댓글
- 3 개의 반복을 의미하는 것 같습니다.
- @Student T 그렇습니다
- Biology.SE 에 교차 게시되었습니다. @NikBernou 두 사이트에 교차 게시하지 마세요 . 한 사이트가 더 좋다고 생각되면 다른 사이트에서 질문을 삭제하십시오.
- @WYSIWYG 그가 교차 게시 한 것으로 알고 있습니다. 어쨌든 내 대답을 검토하십시오. 다른 게시물의 t-test 아이디어에서 영감을 얻었습니다.
답변
2 🙂 말이 안됩니다. 나에게. 샘플 평균의 차이를 테스트하려는 경우에만 대조군 / 처리 된 사이에 t- 테스트를 수행하고 폴드 변경을 계산하는 것은 아닙니다.
폴드 변경은 일반적으로 단순히
. DESeq2의 저자는 http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=49101 에 증거를 제공합니다.
(average in group2)/(average in group1)
질문은 왜 입니다. 이 작업을 수행 할 수있는 좋은 Bioconductor 패키지가 있습니다. 예를 들어 DESeq2는 접기 방법을 접기 변경에 적용합니다. 원시 접기 변경은 아니요 유전자의 발현 수준 (및 분산)을 다루지 않기 때문에 생물 정보학 통계 분석에 유용합니다. 높게 및 낮게 발현 된 유전자는 동일한 겹 변화를 줄 수 있으며 이러한 변화가 발생하는 것을 원하지 않습니다.
댓글
- 감사합니다. 많이. 사실 내가 원하는 것을 설명하려고 한 시간과 시간이 흘렀습니다. 이것은 나에게 올바른 경로를 제공합니다. 패키지를 클릭하는 것보다 약간 검은 상자처럼 보이는 것보다 혼자서하는 것이 더 관심이 있습니다. 나에게 줄 수 있습니까? 예를 들어 폴드 변경에 대한 p- 값을 계산하는 방법에 대한 설명이 있습니다. 알고 있습니까?
- @NikBernou 알고 있습니다.하지만 도움이된다면 대답을 수락 한 다음 새로 시작할 수 있습니다. 질문이 있으신가요? 감사를 표하고 사람들이 더 많은 도움을 줄 수있을 것입니다.
- @NikBernou DESeq2와 같은 고도로 개발 된 정교한 패키지를 사용하고 무엇을 이해하는 데 약간의 노력을 기울이는 것이 더 나을 것이라고 생각합니다. 이러한 " 블랙 박스 "는 실제로 그렇게합니다. 이러한 프로그램을 재창조하려는 시도는 어려움이 많고 오류. 또한 코드를 검토하여 프로그램 작성자가 p- 값과 같은 문제를 어떻게 처리하는지 확인할 수 있습니다.
- @EdM 동의하지만 패키지를 작성하지 않으면 패키지를 살펴보기가 어렵습니다. 대부분의 문서는 부족하므로 무엇이 정말로 고통 스러운지 과소 평가하십시오. 나는 그러한 패키지가 프로그래밍 지식이없는 사람들을 위해 만들어졌고 내가 그것을 완전히 이해하는 것을 직접 만들려고 노력하는 이유에 동의합니다. 예를 들어 DESeq2가 연속이 아닌 개수 값에 대해 작동하는 이유를 알 수 있습니까? 보시다시피, 이것은 블랙 박스입니다.
- @EdM 폴드 변화를 계산하는 것은 어려운 계산이 아닙니다. DESeq2는 특정 종류의 데이터를 의미합니다.일반적인 통계 도구가 아닙니다. 그리고 단순히 몇 개의 버튼을 클릭하는 대신 기본 통계 / 수학을 아는 것이 항상 좋습니다.