양적 유전학과 G- (및 B-)에 대해 많이 읽었습니다. 매트릭스 . 지금은 분석을 수행하는 원리를 알고 있지만 어떻게해야할지 모르겠습니다. R에있는 더미 / 오래된 데이터를 사용하여 어떻게 수행되는지 확인해보고 싶습니다.
초파리의 5 가지 특성 (날개 길이, 수명, 눈 색소 침착, 강모 번호 및 피트니스). 이 데이터에서 모집단에 대한 G- 매트릭스를 구성하고 특성에 대한 선택을 측정하기위한 B- 매트릭스를 얻을 수 있습니까?
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1) G- 및 B- 행렬을 구성하려면 어떤 정보 (특성 측정, 피트니스 점수 등)가 필요합니까?
2)이 방법을 실제로 구현하는 데 도움이 될 인쇄물이나 온라인 자료를 찾고 싶습니다. G- 매트릭스가 훌륭하다는 논문이 엄청나게 많이 나오는 것 같지만 실제로는 아무도 실생활에서 어떻게해야하는지 말하지 않습니다 …
댓글
- 귀하의 링크는 G-matrix에 대해서만 설명합니다. 저는 ' B- 매트릭스가 무엇인지 모릅니다. B 매트릭스가 무엇인지 설명하는 링크가 있습니까? Thks
- @ Remi.b b- 행렬은 g- 행렬 내의 하위 행렬입니다 (g 행렬은 4 개의 하위 행렬로 구성됩니다. Gm [남성 유전 분산 및 공분산] Gf도 여성, B (및 B 전치) 교차 성 유전 공분산으로
- G 매트릭스가 무엇인지에 대한 간단한 설명은 이 질문 에서 찾을 수 있습니다.
Answer
G-matrix를 구성하려면 모든 특성에 대한 추가 유전 적 분산과 공분산이 필요합니다. 일반적으로 부모-자손 회귀 분석을 수행 할 수있는 번식 실험 (예 : 표현형 조산아 데이터)의 결과가 필요합니다. 좋은 온라인 소스는 모르지만 Balding et al을 참조하십시오. . 2007 p. 534ff에서 관련없는 개인의 표현형 데이터 (예 : Zintzaras)에서 G-matrix를 직접 추정 할 수 있다고 주장하는 방법을 보았습니다. 2011 ) 또는 게놈 정보 (예 : SNP) ( Vattikuti et al. 2013 ), 그러나 이것들에 익숙하지 않으며 얼마나 신뢰할 수 있는지 모릅니다.
예제 / 튜토리얼을 포함하여 G- 매트릭스를 추정하기 위해 혼합 모델을 사용하는 것에 대한 명확한 배경은 다음과 같습니다. Wilson et al (2009) 에서 찾을 수 있습니다.
아니면 염두에두고있는 다른 것이 있거나 더 구체적인 것이 있습니까?
댓글
- 제 생각에는 여기에는 두 가지 측면이 있습니다. 먼저, ' 어떻게 할 수 있는지 알고 싶습니다. 두 번째로 나는 초파리의 hemiclonal line의 특성 값을 사용하여 각 haplotype에 대한 성별 특성 값을 얻어 B 행렬을 만들 수 있는지 알아 내려고합니다.
- 글쎄요. 헤미 클로 날 라인에서 유전 적 차이를 얻을 수 있습니다. 정확한 계산 방법과 캡처 된 유전성 정도를 신중하게 고려해야합니다. 의미 : " 먼저, '이 작업을 수행 할 수있는 방법을 알고 싶습니다 ". 행렬에 포함 된 내용, 회귀 또는 다른 것을 기술적으로 수행하는 방법은 무엇입니까? 좀 더 구체적인 내용을 찾고있는 것 같지만 질문을 업데이트하여 명확하지 않게 만들어야합니다.
- 또한 동물 모델 (통계적 혼합 모델)을 살펴 보셨나요? G-matrix의 구성 요소를 추정하는 데 전체 가계를 사용할 수있는 곳은 어디입니까?
- " 어떻게 할 수 있는지 "는 어떤 종류의 데이터가 필요한지, 무엇을 측정해야하는지에 대한 질문입니다.
- @GriffinEvo 저는 이것이 저에게 명확하지 않은 것 같습니다. 간단한 경우에, G- 매트릭스에 필요한 것은 관심있는 특성에 대한 표현형 데이터와 개인 간의 알려진 관계 (예 : 부모-자손)입니다. 나는 또한 내 대답에 이것을 썼지 만 분명히 당신은 다른 것을 찾고 있습니다. 예를 들어 설명하기 위해. 환경 적 요인, 성별 또는 알려진 혈통에 따라 더 복잡한 통계 모델이 필요합니다 (예 : 동물 모델 . 유용 할 수있는 논문으로 답변을 업데이트했습니다.