저는 프라이머 세트를 디자인하고 다음 중 하나의 프라이머 디자인 원칙에 대해 읽고 있습니다.
GC 클램프 : 프라이머의 3 “끝 (GC 클램프)에서 마지막 5 개 염기 내에 G 또는 C 염기가 존재하면 G의 더 강한 결합으로 인해 3″끝에서 특이 적 결합을 촉진하는 데 도움이됩니다. 및 C 염기. 프라이머의 3 “끝에있는 마지막 5 염기에서는 3 개 이상의 G”또는 C “를 피해야합니다.
여기 에서.
제 질문은 GC 클램프가 얼마나 필수적인가요?
댓글
- G 또는 C를 갖는 것이 중요하다면 왜 3 G 또는 C 이상은 피해야합니까?
- @biogirl 더 많은 G / C는 프라이머 간의 페어링 이벤트는 ' 페어링이 너무 강하기를 원하지 않습니다. 그렇지 않으면 ' 많은 프라이머 이량 체를 얻게됩니다. Ben, GC 클램핑은 3 '에서 강력한 결합을 허용하므로 중요합니다. 이는 연신에 적합하지만 조정해야 할 주요 매개 변수는 아닙니다. 처리해야 할 다른 중요한 매개 변수가 있습니다 (예 : 자기 상보성, 낮은 복잡성 등).
답변
객관적인 답변을 제공하기는 어렵습니다. 길이가 적당하고 복잡성이 좋은 경우 단일 터미널 3 “G 또는 C 할 것입니다. 물론, 프라이머의 전체 GC:AT 비율과 어닐링 온도 등을 고려해야합니다.
여기 “의 주제에 대한 다양한 의견에 대한 링크 이며 다음과 같은 덩어리가 있습니다 (가능한 경우 구독).
FWIW, PCR 신에 대한 제가 선호하는 제품은 단일 G 또는 C 3 “, FWIW가있는 프라이머입니다.”달의 대부분의 단계에서 그들을 행복하게 유지하는 것 같습니다.
답변
저는 입문서 디자인에 대한 저만의 (경험적인) 설명을 제공하겠습니다. GC- 클램프는 프라이밍의 특이성을 돕고 따라서 PCR 반응의 전반적인 효율성에 기여합니다. 과거에 필자는 3 “말단에 GC- 클램핑이 너무 많은 프라이머를 설계했으며 GC- 클램핑없이 프라이머를 사용했습니다. 이러한 PCR 반응은 서로 다른 수준의 프라이머-다이머로 성공적으로 수행되었습니다. 형성 및 전반적인 효율성.
내 경험상 GC- 클램핑은 좋지만 우수한 PCR에 반드시 필요한 것은 아닙니다. 일반적인 경험 규칙은 가능한 한 2G / C로 프라이머를 종료하는 것입니다. 실패 할 것이 있다면 보통 PCR이 아닙니다.
Answer
GC clamping at 3 ” 3 “끝에 단일 G 또는 C 또는 두 개의 G/C A=T에 비해 결합력이 강하기 때문에 프라이머의 3 “끝에서 마지막 6bp는 신장하는 동안 템플릿에 프라이머를 유지하는 데 도움이 될 수 있습니다. 이것은 필수 사항이 아닙니다. PCR 반응을 향상시킬 수있는 프라이머의 특성 중 하나입니다.
동시에 마지막 6bp에서 GC의 순차적 조합을 피하십시오. 이는 자동 밝기 감소로 이어질 수 있습니다.
예 :
5"-.....GCGC-3"는 5"-.........GCCG-3"; 그런 경우에도 후자의 프라이머 시퀀스를 사용할 수 있습니다.
Answer
당신이 알고있는 무언가를 PCRing하지 않는 한 어렵습니다. primer3 만 사용하고 걱정하지 마세요.