Dużo czytałem na temat genetyki ilościowej i G- (i B-) matrix ostatnio. Teraz rozumiem zasadę wykonywania analizy, ale nadal nie wiem, jak to zrobić. Chciałbym móc to wypróbować z niektórymi fikcyjnymi / starymi danymi w R, aby zobaczyć, jak to się robi.
Załóżmy, że zmierzyłem 5 cech Drosophila (długość skrzydeł, długość życia, pigmentacja oczu, liczba włosia i kondycja). Czy mogę skonstruować macierz G dla populacji na podstawie tych danych, a także uzyskać macierz B do pomiaru doboru cech?
Cele post:
1) Jakie informacje (pomiary cech, oceny sprawności itp.) są potrzebne do skonstruowania macierzy G i B?
2) Chciałbym znaleźć materiały drukowane lub internetowe, które pomogłyby mi we wdrożeniu tej metody. Wygląda na to, że jest bardzo dużo artykułów mówiących, że macierze G są świetne, ale nikt tak naprawdę nie mówi, jak robić je w prawdziwym życiu …
Komentarze
- Twój link dotyczy tylko G-matrix. Nie ' nie wiem, co to jest macierz B. Czy masz link wyjaśniający, co to jest macierz B? Thks
- @ Remi.b Macierz b jest macierzą podrzędną w macierzy g (macierz g jest zbudowana z czterech podmacierzy, Gm [wariancja genetyczna i kowariancja mężczyzny] Gf również dla kobiet, B (i B transponowane) z kowariancją genetyczną między płciami
- Krótki opis tego, czym jest macierz G, można znaleźć w tym pytaniu
Odpowiedź
Aby skonstruować G-matrix potrzebujesz addytywnych wariancji genetycznych i kowariancji dla wszystkich cech, więc zwykle potrzebują wyników z eksperymentów hodowlanych (np. fenotypowych danych dotyczących potomstwa i rodziców), na których można przeprowadzić regresję rodziców i potomstwa. Nie znam żadnych dobrych źródeł internetowych, ale zobacz Balding et al . 2007 s. 534ff dla niektórych informacji. Widziałem metody, które twierdzą, że macierz G można oszacować bezpośrednio na podstawie danych fenotypowych od niepowiązanych osobników (np. Zintzaras 2011 ) lub z informacji genomowych, np. SNP ( Vattikuti i in. 2013 ), ale nie są zaznajomieni z nimi i nie wiedzą, na ile są wiarygodne.
Jasne tło dotyczące stosowania modeli mieszanych do oszacowania macierzy G, w tym przykłady / samouczki, może być znalezione w Wilson et al (2009) .
A może miałeś coś innego / bardziej konkretnego na myśli?
Komentarze
- Sądzę, że są to dla mnie naprawdę dwa aspekty. Po pierwsze, ' chciałbym wiedzieć, jak można to zrobić. Po drugie, próbuję dowiedzieć się, czy mógłbym to zrobić, używając wartości cech z linii hemiklonalnych drosophila, tak aby uzyskać wartości cech specyficzne dla płci dla każdego haplotypu i dzięki temu utworzyć macierz B.
- Cóż, powinieneś być w stanie uzyskać odchylenia genetyczne z linii hemiklonalnych – należy jednak dokładnie przemyśleć, jak je obliczyć i ile uchwycić odziedziczalności. Co masz na myśli mówiąc: " Po pierwsze, ' chciałbym wiedzieć, jak można to zrobić ". Co zawierają macierze, jak technicznie wykonać regresje czy coś innego? Podejrzewam, że szukasz czegoś bardziej szczegółowego, ale powinieneś zaktualizować pytanie, aby było mniej niejasne.
- Czy spojrzałeś także na modele zwierzęce (statystyczne modele mieszane), gdzie cały rodowód może być użyty do oszacowania składników G-matrix?
- co mam na myśli przez " jak można to zrobić to jakiego rodzaju danych potrzebuję, co należy zmierzyć, jak już jest napisane w pytaniu
- @GriffinEvo Myślę, że to jest dla mnie niejasne; w prostym przypadku to, czego potrzebujesz do macierzy G, to dane fenotypowe dotyczące interesujących nas cech i znanych relacji między jednostkami (np. rodzic-potomstwo). Napisałem to również w mojej odpowiedzi, ale podobno szukasz czegoś innego. Aby uwzględnić np. czynniki środowiskowe, płeć czy znany rodowód potrzebujesz bardziej złożonego modelu statystycznego, np. Modele zwierzęce . Zaktualizowałem moją odpowiedź o artykuł, który może być przydatny.