Otrzymałem geny ze stosunkami. Jako mały przykład możesz zobaczyć moje dane poniżej
Gene Control1 Control2 Control3 Treated1 Treated2 Treated3 pps-1 324680000 211350000 356350000 269770000 258080000 292830000 R11A8.7 477490000 610780000 539550000 533590000 530810000 578290000 ugt-21 105080000 103430000 74137000 78915000 42381000 31415000 spp-18 1042800000 615030000 332720000 538340000 448280000 412310000 Teraz moje pytanie jest takie, że mam trzy kontrole i trzy traktowane, kontrola ma dwa powtórzenia biologiczne, a lek Treated ma dwie repliki biologiczne
Jak mogę obliczyć dla niej zmianę zagięcia?
Widzę dwa sposoby
Pierwszy sposób Biorę średnią z mojej grupy kontrolnej, nazwijmy ją A (jedna kolumna) Biorę średnią z mojej leczonej grupy, żeby nazywać ją B (jedna kolumna) Następnie obliczam zmiana części zagięcia (B / A)
W ten sposób mogę również sprawdzić, czy korelacja między wszystkie biologiczne powtórzenia kontroli lub leczenia są wysokie, co oznacza, że przyjęcie średniej jest w porządku
Drugi sposób Przeprowadzam test wielokrotnego porównania na obu grupach I. znajduję geny regulowane i geny regulowane w dół Odrzucam resztę genów Biorę średnią z mojej grupy kontrolnej, nazwijmy to A (jedna kolumna) Biorę średnią z mojej leczonej grupy, żeby nazywać ją B (jedna kolumna) Następnie obliczam zmiana części strony (B / A)
który z nich ma większy sens?
Moim głównym zmartwieniem jest to, jak obliczyć zmianę krotności, gdy mam replikę biologiczną,
Opublikowałem w grupie biologii, że powiedzieli, że lepiej jest zamieścić to tutaj
W jaki sposób można obliczyć wartości p dla zmiany krotności, jeśli tak opiera się na średniej
Komentarze
- Myślę, że masz na myśli trzy powtórzenia.
- @Student T tak, mam na myśli
- Krzyż opublikowany w Biology.SE . @NikBernou Nie krzyżuj postów w dwóch witrynach. Jeśli uważasz, że jedna witryna jest lepsza, usuń pytanie z drugiej witryny.
- @WYSIWYG Wiem, że opublikował post. W każdym razie zapoznaj się z moją odpowiedzią. Zainspirowany pomysłem testu t w innym poście.
Odpowiedź
2 🙂 nie ma sensu Dla mnie. Aby przetestować różnicę średnich z próby, ale nie w celu obliczenia krotnej zmiany, należy wykonać test t tylko między kontrolą a leczeniem.
Zmiana krotności jest zazwyczaj obliczana przez average of group 2/ average of group 1. Dam ci dowód, w http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=49101 , autor DESeq2 napisał:
(average in group2)/(average in group1)
Pytanie brzmi: dlaczego miałbyś chcesz to zrobić? Istnieją dobre pakiety Bioconductor, które mogą to zrobić za Ciebie. Na przykład DESeq2 stosuje metody zmniejszania do zmian zwinięcia. Surowa zmiana zwinięcia to , a nie dostarcza informacji w bioinformatycznej analizie statystycznej, ponieważ nie odnosi się do poziomu ekspresji (i wariancji) genu. Geny o wysokiej i niskiej ekspresji mogą spowodować tę samą zmianę, a ty nie chcesz, aby tak się stało.
Komentarze
- dziękuję dużo. właściwie to już godzina i godzina próbowałem wyjaśnić, czego chcę. to daje mi właściwą ścieżkę. Bardziej interesuje mnie zrobienie tego samemu niż kliknięcie na pakiet wygląda na trochę czarną skrzynkę. czy można mi podać wyjaśnienie, na przykład, w jaki sposób obliczają wartość p dla tej zmiany fałdu? czy wiesz?
- @NikBernou W pewnym sensie wiem. Ale czy możesz zaakceptować odpowiedź, jeśli to pomoże, a następnie rozpocząć nową To pokaże Twoje uznanie i ludzie będą w stanie pomóc Ci bardziej.
- @NikBernou Myślę, że lepiej będzie, jeśli użyjesz wysoko rozwiniętych, zaawansowanych pakietów, takich jak DESeq2, i poświęcisz trochę wysiłku, aby zrozumieć, na co takie " czarne skrzynki " faktycznie robią. Próba ponownego wymyślenia takich programów jest trudna i podatna na błąd. Możesz również zbadać kod, aby zobaczyć, jak autorzy programu radzą sobie z takimi kwestiami, jak wartości p.
- @EdM Zgadzam się, ale trudno jest przejść przez pakiet, jeśli go nie napisałeś. brakuje większości dokumentacji, więc nie rozumiem, co jest naprawdę bólem. Zgadzam się, że takie pakiety są budowane dla tych, którzy nie mają wiedzy programistycznej i dlatego próbuję stworzyć coś samodzielnie, co w pełni rozumiem. Na przykład, czy możesz mi powiedzieć, dlaczego DESeq2 działa na wartościach licznikowych, a nie na ciągłych? widzisz, jest to czarna skrzynka
- @EdM Obliczanie zmiany zagięcia nie jest trudnym obliczeniem. DESeq2 jest przeznaczony dla określonego rodzaju danych.Nie jest to ogólne narzędzie statystyczne. I zawsze dobrze jest znać podstawowe statystyki / matematykę zamiast po prostu klikać niektóre przyciski.