Prawie wszystkie artykuły dotyczące bioinformatyki miałem do czynienia ze słowem o dużej przepustowości, ale nie mogłem znaleźć żadnego wyjaśnienia o tym (myślę, że jest to tak łatwe do zrozumienia i dlatego ktoś to wyjaśnia, ale ja nie mogłem tego zrobić). Czy jest ktoś, kto może mi wyjaśnić, co oznaczają przez dużą przepustowość? Z góry dziękuję.
Komentarze
- To ' niekoniecznie jest terminem biologicznym. merriam-webster.com/dictionary/throughput
- Ha! Więc przepustowość jest po prostu odwrócona „przepuść”! @canadianer
Odpowiedź
Sekwencjonowanie o dużej przepustowości w szczególności odnosi się do technik sekwencjonowania, takich jak Illumina, które pozwalają na sekwencjonowanie ogromnych ilości DNA naraz (setki tysięcy nici), w przeciwieństwie do starsze techniki, takie jak klonowanie cDNA w plazmidach, a następnie sekwencjonowanie.
Komentarze
- Sekwencjonowanie strzelb używa protokołu sekwencjonowania Sangera.
- Tak, tak. Nie sugerowałem, że sekwencjonowanie strzelby to metoda o dużej przepustowości. ' edytuję swoją odpowiedź, aby to odzwierciedlić
- Przepraszamy. Byłem zdezorientowany. Wyczyść teraz. Ale nadal sekwencjonowanie Sangera nie jest tak naprawdę niską przepustowością. Nadal jest wysoce wydajna, ale nie tak wydajna jak Illumina.
- Dzięki, jaki byłby dobry przykład techniki o niskiej przepustowości?
- PCR, western blot, ELISA, Bradford test itp. są technikami o niskiej przepustowości.
Odpowiedź
Wysoka przepustowość, na co wskazuje kanadyjczyk w swoich komentarzach odnosi się do ilości danych przetwarzanych przez system. Chociaż odpowiedź CactusWoman byłaby poprawna w przypadku sekwencjonowania DNA, wysoka przepustowość nie jest tak naprawdę ograniczona do tej domeny.
Każda technika o dużej przepustowości próbuje mierzyć kilka zmiennych jednocześnie. Przykłady obejmują, inne niż sekwencjonowanie DNA nowej generacji, sekwencjonowanie RNA, identyfikację białek i oznaczanie ilościowe metodą spektrometrii mas (LC-MS), profilowanie lipidów za pomocą GC-MS itp.
Istnieją również techniki średniej przepustowości które mogą mierzyć kilka zmiennych, ale znacznie mniej niż techniki o dużej przepustowości. Wiele technik o niskiej przepustowości można przekształcić na średnioprzepustowe na pewnym poziomie automatyzacji i planowania eksperymentalnego. Przykład obejmowałby PCR w czasie rzeczywistym.
Odpowiedź
Nie ma nic szczególnego na temat bioinformatycznego wykorzystania tego terminu; jest to zwykły angielski, a nie specjalistyczny żargon. „Przepustowość” oznacza po prostu szybkość, z jaką można coś przetworzyć. System o dużej przepustowości to taki, który obsługuje rzeczy z dużą szybkością i może być również zastosowany do sekwencjonowania genomu, miejskiej sieci tranzytowej, bramek biletowych na meczu piłki nożnej, fabryki przetwarzającej ziemniaki na chipsy (frytki) lub przetwórcy w komputerze.
Jednak w biologii przepustowość zwykle odnosi się do szybkości, z jaką próbki mogą być przetwarzane. Dlatego metoda „niskiej” przepustowości to taka, której wykonanie może zająć więcej czasu, można ją zastosować tylko do kilku próbek lub trzeba ją powtórzyć w celu uzyskania pełnego zestawu pomiarów różnych czynników. Metoda „wysokiej” przepustowości to po prostu metoda szybsza, która pozwala na przetworzenie większej liczby próbek w tym samym lub krótszym czasie. Można to osiągnąć, pracując szybciej, przetwarzając wiele próbek na raz lub obsługując jednocześnie wiele aspektów tej samej próbki.
Zauważ, że nie ma definicji, kiedy coś staje się „wysokoprzepustowe”; jest po prostu „wysoka” w stosunku do wcześniejszych metod, chociaż zwykle można by oczekiwać, że zostanie zastosowana tylko wtedy, gdy nowa metoda jest wielokrotnie szybsza niż istniejąca, a nie niewielka przyrostowa poprawa.
Odpowiedź
Sekwencjonowanie o wysokiej przepustowości w szczególności odnosi się do technik sekwencjonowania, takich jak Illumina, które pozwalają na sekwencjonowanie ogromnych ilości DNA na raz, czyli setek tysięcy nici. Jednoczesne tworzenie wielu sekwencji danych.
Komentarze
- czy możesz dodać odniesienie?