Znajdowanie haplogrupy na podstawie surowych danych DNA?

Otrzymałem moja haplogrupa Y-DNA z mojego pliku surowego DNA AncestryDNA przy użyciu pierwszej metody opisanej w tym linku: https://www.geneticgenealogist.net/2016/01/how-to-get-ydna-haplogroup-from.html

Krótko mówiąc, składa się z 3 kroków:

1 / konwertujesz plik surowego DNA AncestryDNA do formatu 23andme za pomocą małego programu VBS, który możesz pobrać stąd:

drive.google.com/file/d/0ByaSZfKQX51lNHJSSUlsNGxTQmM/view

Wystarczy, że umieścisz go w tym samym katalogu co rozpakowany plik DNA (plik txt), kliknij dwukrotnie, a on dokona konwersji i utwórz nowy plik w tym samym katalogu o nazwie yourdnafilename_Edited.txt

2 / Instalujesz ten program i ładujesz do niego plik dna w formacie 23andme:

drive.google.com/uc ? export = download & id = 0B7vzRsRM2aOQcU5fckNjdEg1ZWs

(wymaga .NET Framework 4.0, więc może być konieczne zainstalowanie tego pierwszego t)

Idź do Plik -> Zapisz i zapisz w innym pliku tekstowym

3 / Skopiuj zawartość tego pliku tekstowego do obszaru tekstowego na tej stronie i uruchom predyktor :

https://ytree.morleydna.com/

Powinieneś otrzymać swój Y-DNA haplogrupa teraz, co jest wynikiem oznaczonym jako „najbardziej prawdopodobne”. Jeśli otrzymasz BT lub F jako „najbardziej prawdopodobne” (większość ludzi je ma, więc jest prawie zbędne), to następna prognoza jest dla Ciebie najbardziej prawdopodobna (i odpowiednia) (powinno być w niej więcej „zielonych” niż inne opcje). Jeśli masz problem lub pytanie, zapoznaj się z artykułem, do którego link znajduje się powyżej, lub zapytaj mnie. Powodzenia!

Komentarze

• Chris Morley jeszcze bardziej uprościł sprawę. Po prostu załaduj swój plik danych surowych AncestryDNA (lub MyHeritage lub 23andMe) tutaj ytree.morleydna.com/extractFromAutosomal i przekaż dalej do jego narzędzia do przewidywania haplogrup.
• Użyłem witryny ytree.morleydna.com z moim plikiem surowych danych AncestryDNA około 2014 roku i zadziałało to dla mnie. Don ' nie wiem gdybyś mógł to zrobić dzisiaj … Przy okazji, powyższy link ( geneticgenealogist.net/2016/01/… ) nie ' już dla mnie nie działa.)
• @TJinBC Link został reaktywowany vated.

Rozumiem, że obecny normalny produkt AncestryDNA, który testuje autosomalne DNA, nie uwzględnij SNP Y-DNA lub mtDNA, które byłyby przydatne do określenia haplogrupy (y).

Przodkowie wcześniej sprzedawali droższe testy DNA na Y-DNA i mtDNA, ale już tego nie robią. Jednak FamilyTreeDNA:

https://www.familytreedna.com/

You „ll musisz pobrać surowe dane i samodzielnie ustalić haplogrupę, korzystając z bazy danych ISOGG:

https://isogg.org/tree/index.html

Komentarze

• AncestryDNA nie ' nie sprzedaje testów Y-DNA i mtDNA. Tylko FamilyTreeDNA to robi.
• Określ, na której stronie w witrynie ISOGG dowiesz się, jak znaleźć haplogrupę.
• Dziękuję @lkessler, I ' zaktualizowałem moją odpowiedź (zajęło mi to wystarczająco dużo czasu! właśnie zauważyłem twoje komentarze).

Nazywają chromosom y „chromosomem 24”.

Jednak testują tylko 885 SNP.

Testują również 17 604 SNP na chromosomie x (oznaczonych jako chromosom 23) oraz 440 SNP oznaczonych jako chromosom 25, które są albo z chromosomu X, albo z pseudoautosomalnych regionów chromosomu Y.

Jak dotąd nie znam narzędzia do filtrowania tych sekcji w celu określenia haplogrup, ale wciąż szukam.

http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_testing_comparison_chart

Komentarze

• I ' nigdy nie widzieliśmy chromosomu Y o nazwie ” chromosom 24 „. To nie ma sensu, ponieważ jest 46 chromosomów w 23 pary. Pierwsze 22 pary chromosomów to chromosomy autosomalne. X i Y (para 23) to chromosomy płci.
• Myślę, że to artefakt formatu pliku AncestryDNA. To jest to samo csv lub plik tabelaryczny z surowymi danymi, takimi jak ftdna lub 23andme, które zapewniają. Bardzo rozsądne jest zapisanie ChrX jako Chr23 i ChrY jako Chr24 (na przykład generator plików używa typu całkowitego dla numeru / nazewnictwa chromosomu)
• Jestem całkowicie pewien, że AncestryDNA oznacza ChrX jako Chr23, ponieważ istnieje taka konwersja w przydatnych narzędziach tutaj: y-str.org/2014/09/autosomal-dna-converter-nix.html

Przeniosłem mój autosomalny test Ancestry na tę stronę i dostałem grupa haplo, która pasowała do testu Y, który miałem z National Geographic i FamilyTree:

https://ytree.morleydna.com/ extractFromAutosomal

Ancestry testuje wystarczającą liczbę SNP, aby uzyskać haplogrupę wysokiego poziomu. Inne odpowiedzi omówione, aby uzyskać Y i metodę Morleya działają dobrze, ALE kobiety nie mają Y, więc jedyną haplogrupą, jaką mogą uzyskać, jest mtDNA (DNA mitochondrialne).

Przesyłanie do Promethease.com, które pokaże wyniki zdrowotne w twoim DNA mogą stanowić haplogrupę, ale nie jest to łatwe w użyciu i nie miałem z tym szczęścia.

Najlepiej przetestować na 23andme, aby uzyskać haplogrupę mtDNA wysokiego poziomu lub wykonać szczegółowy test mtDNA w familytreeDNA , prawdopodobnie będzie w sprzedaży tuż przed dniem matki.

Zależy od wersji chipa AncestryDNA użytej do genotypowania twojego DNA, zobacz nagłówek pliku. Witryna Haplogrupy SNPedia zawiera szczegółowe informacje na temat różnych wersji chipów i możesz poświęcić wiele godzin na ręczne śledzenie ~ 1700 Y-DNA SNP w pliku, aby wywołać haplogrupę wysokiego poziomu, alternatywnie możesz uzyskać tę samą odpowiedź, rzucając 0–12 USD w Promethease (w zależności od kierunku wiatrem / kaprysem firmy), co również zwróci wiele cech, np. odporność na dżumę / środki pomocnicze, tolerancję laktozy, tolerancję alkoholu, kolor oczu, rodzaj włosów, … dla żetonów piwnych.