Obtive genes com proporções. Como um pequeno exemplo, você pode ver meus dados abaixo
Gene Control1 Control2 Control3 Treated1 Treated2 Treated3 pps-1 324680000 211350000 356350000 269770000 258080000 292830000 R11A8.7 477490000 610780000 539550000 533590000 530810000 578290000 ugt-21 105080000 103430000 74137000 78915000 42381000 31415000 spp-18 1042800000 615030000 332720000 538340000 448280000 412310000 Agora, minha pergunta é que eu tenho três controles e três tratados, o controle tem duas réplicas biológicas e o tratado tem duas réplicas biológicas
Como posso calcular a alteração da dobra para isso?
Vejo duas maneiras
A primeira maneira tirar a média do meu grupo de controle, vamos chamá-lo de A (uma coluna) Eu tiro a média do meu grupo tratado, para não chamá-lo de B (uma coluna) Então eu calculo a alteração da dobra (B / A)
Dessa forma, posso verificar também se a correlação entre todas as réplicas biológicas do controle ou tratadas são altas, o que indica que a média é boa
A segunda maneira Eu realizo teste de comparação múltipla em ambos os grupos I encontrar genes regulados para cima e genes regulados para baixo Eu descarto o resto dos genes eu tiro a média do meu grupo de controle, vamos chamá-lo de A (uma coluna) Eu tiro a média do meu grupo tratado, para não chamá-lo de B (uma coluna) Então eu calculo a alteração da dobra (B / A)
qual deles faz mais sentido?
Minha principal preocupação é como calcular a alteração da dobra quando tenho uma réplica biológica,
Eu postei no grupo de biologia e eles disseram que é melhor eu postar aqui
Como então alguém pode calcular os valores-p para mudança de dobra se é baseado na média
Comentários
- Acho que você quer dizer três repetições.
- @Student T sim, quero dizer
- Cross postado em Biology.SE . @NikBernou Não cruze a postagem em dois sites. Se você acha que um site é melhor, exclua a pergunta do outro site.
- @WYSIWYG Eu sei que ele fez postagem cruzada. De qualquer forma, reveja minha resposta. Inspirado pela sua ideia de teste t em outra postagem.
Resposta
2 🙂 não faz sentido para mim. Você só faria um teste t entre controle / tratado se quiser testar a diferença nas médias da amostra, mas não para calcular a alteração da dobra.
A alteração da dobra é normalmente calculada simplesmente por average of group 2/ average of group 1. Eu darei a vocês uma prova, em http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=49101 , o autor de DESeq2 escreveu:
(average in group2)/(average in group1)
A questão é por que você quer fazer isso? Existem bons pacotes de Biocondutores que podem fazer isso por você. Por exemplo, DESeq2 aplica métodos de encolhimento às alterações de dobra. A alteração de dobra bruta é não informativo em análise estatística bioinformática, porque não aborda o nível de expressão (e variância) do gene. Genes expressos de forma elevada e humilde podem dar a você a mesma mudança, e você não quer que isso aconteça.
Comentários
- obrigado. muito. na verdade, já faz hora e hora que estou tentando explicar o que eu quero. Isso me dá o caminho certo. Estou mais interessado em fazer isso sozinho do que clicar no pacote parece uma caixa preta. é possível me dar uma explicação sobre, por exemplo, como eles calculam o valor-p para essa alteração de dobra? Você sabe?
- @NikBernou Eu meio que sei. Mas você pode aceitar a resposta se ajudar e começar um novo pergunta? Isso mostrará o seu apreço e as pessoas poderão ajudá-lo mais.
- @NikBernou Eu acho que você se sairá melhor usando pacotes sofisticados e altamente desenvolvidos como DESeq2, e dedicando algum esforço para entender o que tais " caixas pretas " realmente funcionam. Tentar reinventar esses programas é repleto de dificuldades e propenso a erro. Você também pode examinar o código para ver como os autores do programa lidam com questões como valores-p.
- @EdM Eu concordo, mas é difícil ler um pacote quando você não o escreveu. a maioria da documentação está faltando, portanto, subestimar o que é realmente doloroso. Eu concordo que tais pacotes são construídos para aqueles que não têm nenhum conhecimento de programação e é por isso que estou tentando fazer algo que entendo completamente. Por exemplo, você pode me dizer por que DESeq2 está trabalhando em valores de contagem e não contínuo? veja, é uma caixa preta
- @EdM calcular a mudança da dobra não é um cálculo difícil. DESeq2 destina-se a um tipo específico de dados.Não é uma ferramenta estatística geral. E é sempre bom saber as estatísticas / matemática subjacentes em vez de simplesmente clicar em alguns botões.