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Resposta
Depois de capturar ou derrotar Kyogre, vá para Sea Mauville com um Pokémon em seu grupo que conhece Dive e encontre o Scanner na sala de controle submersa. Assim que tiver o Scanner, vá para Slateport Harbor e entregue-o ao Capitão Stern – que lhe dará o Tidal Bell em troca.
Com o Tidal Bell, volte para a sala de controle submersa em Sea Mauville para encontrar uma coisa de portal – com a qual você interage para encontrar Lugia. (O processo para obter Ho-oh em Omega Ruby é praticamente o mesmo, mas o portal está na plataforma)
Veja também este vídeo do Youtube para uma rápida apresentação visual do processo.