Quase todos os artigos sobre bioinformática, me deparei com a palavra alto rendimento, mas não consegui encontrar nenhuma explicação sobre isso (acho que é tão fácil de entender e é por isso que alguém explica, mas eu não consegui). Alguém pode me explicar o que eles querem dizer com alto rendimento? Agradecemos antecipadamente.
Comentários
- ' não é necessariamente um termo biológico. merriam-webster.com/dictionary/throughput
- Ha! Portanto, a taxa de transferência é apenas invertida “colocada”! @canadianer
Resposta
O sequenciamento de alto rendimento refere-se especificamente a técnicas de sequenciamento como Illumina, que permitem sequenciar grandes quantidades de DNA de uma só vez (centenas de milhares de filamentos), em vez de técnicas mais antigas, como clonagem do cDNA em plasmídeos, seguida de sequenciamento.
Comentários
- O sequenciamento Shotgun usa o protocolo de sequenciamento Sanger.
- Sim, usa sim. Eu não estava sugerindo que o sequenciamento shotgun é um método de alto rendimento. Eu ' edito minha resposta para refletir isso
- Desculpe. Eu fiquei confuso. Limpe Agora. Mesmo assim, o sequenciamento de Sanger não é realmente de baixo rendimento. Ainda é de alto rendimento, mas não tão eficiente quanto o Illumina.
- Obrigado, qual seria um bom exemplo de técnica de baixo rendimento então?
- PCR, western blots, ELISA, Bradford ensaio etc. são todas técnicas de baixo rendimento.
Resposta
Alto rendimento, conforme indicado pelo canadianer em seus comentários refere-se à quantidade de dados que são processados pelo sistema. Embora a resposta de CactusWoman fosse correta para o caso de sequenciamento de DNA, o alto rendimento não está realmente confinado a esse domínio.
Qualquer técnica de alto rendimento tenta medir várias variáveis simultaneamente. Os exemplos incluem, além do sequenciamento de DNA da próxima geração, sequenciamento de RNA, identificação e quantificação de proteínas por espectrometria de massa (LC-MS), perfil de lipídios por GC-MS etc.
Existem também técnicas de rendimento médio que pode medir várias variáveis, mas muito menos do que técnicas de alto rendimento. Muitas técnicas de baixo rendimento podem ser convertidas em médio rendimento por algum nível de automação e planejamento experimental. O exemplo incluiria PCR em tempo real.
Resposta
Não há nada particular sobre o uso bioinformático desse termo; é um inglês normal, não um jargão especializado. “Taxa de transferência” significa simplesmente a taxa na qual algo pode ser processado. Um sistema de alto rendimento é aquele que lida com as coisas em uma taxa alta e pode ser igualmente aplicado ao sequenciamento do genoma, uma rede de trânsito da cidade, os portões de bilheteria em uma partida de futebol, uma fábrica de processamento de batatas em batatas fritas ou o processador em seu computador.
Em biologia, entretanto, a taxa de transferência geralmente se refere à taxa na qual as amostras podem ser processadas. Um método de “baixo” rendimento é, portanto, aquele que pode levar mais tempo para ser executado, só pode ser aplicado a algumas amostras ou precisa ser repetido para obter um conjunto completo de medições de diferentes fatores. Um método de “alto” rendimento é simplesmente um método mais rápido, que permite que um número maior de amostras sejam processadas ao mesmo tempo ou em menos tempo. Isso pode ser alcançado trabalhando mais rápido, processando várias amostras de uma vez ou manipulando simultaneamente vários aspectos da mesma amostra.
Observe que não há definição de quando algo se torna “alto rendimento”; é simplesmente “alto” em relação aos métodos anteriores, embora você normalmente espere que seja aplicado apenas quando o novo método for muitas vezes mais rápido que o método existente, e não uma pequena melhoria incremental.
Resposta
O sequenciamento de alto rendimento refere-se especificamente a técnicas de sequenciamento como a Illumina, que permite sequenciar grandes quantidades de DNA de uma só vez, o que significa centenas de milhares de filamentos. Produzindo várias sequências de dados simultaneamente.
Comentários
- você pode adicionar uma referência?