Tenho feito muitas leituras sobre genética quantitativa e o G- (e B-) matrix ultimamente. Eu entendo o princípio por trás da realização da análise agora, mas ainda não tenho certeza de como fazê-lo. Gostaria de poder experimentar com alguns dados fictícios / antigos no R para ver como é feito.
Vamos fingir que medi 5 características de Drosophila (comprimento da asa, longevidade, pigmentação do olho, número de cerdas e aptidão). Eu poderia construir uma matriz G para a população a partir desses dados e também obter uma matriz B para medir a seleção das características?
Objetivos do post:
1) Quais informações (medições de características, pontuação de aptidão etc.) são necessárias para construir matrizes G e B?
2) Gostaria de encontrar material impresso ou online que me orientasse na implementação deste método. Parece que há muitos artigos dizendo que as matrizes G são ótimas, mas ninguém realmente diz como fazê-las na vida real …
Comentários
- Seu link fala apenas sobre G-matrix. Eu não ' não sei o que é uma matriz B. Você tem um link que explica o que é uma matriz B? Thks
- @ Remi.b A matriz b é uma submatriz dentro da matriz g (a matriz g é construída de quatro submatrizes, Gm [variância e covariância genética masculina] Gf para mulheres também, B (e B transposta) com a covariância genética de sexo cruzado
- Uma breve descrição do que é uma matriz G pode ser encontrada nesta questão
Resposta
Para construir a matriz G, você precisa de variâncias e covariâncias genéticas aditivas para todas as características, então você normalmente precisam de resultados de experimentos de reprodução (por exemplo, dados fenotípicos de prole-mediana), que você pode fazer regressões de prole-progenitor. Não conheço nenhuma boa fonte online, mas veja Balding et al . 2007 p. 534ff para algumas informações. Eu vi métodos que afirmam que a matriz G pode ser estimada diretamente de dados fenotípicos de indivíduos não relacionados (por exemplo, Zintzaras 2011 ) ou de informações genômicas, por exemplo, SNPs ( Vattikuti et al. 2013 ), mas não estão familiarizados com eles e não sabem o quão confiáveis são.
Um histórico claro sobre o uso de modelos mistos para estimar a matriz G, incluindo exemplos / tutoriais, pode ser encontrado em Wilson et al (2009) .
Ou você tinha algo mais / algo mais específico em mente?
Comentários
- Existem realmente dois aspectos para mim, eu acho. Em primeiro lugar, ' gostaria de saber como isso pode ser feito. Em segundo lugar, estou tentando descobrir se eu poderia fazê-los usando valores de traço de linhas hemiclonais de drosófila de forma que eu obtenha valores de traço específicos de sexo para cada haplótipo e possa, portanto, fazer uma matriz B.
- Bem, você deve ser capaz de obter variações genéticas de linhas hemiclonais – você precisa considerar cuidadosamente como calculá-las e a quantidade de herdabilidade capturada. O que você quer dizer com: " Em primeiro lugar, eu ' gostaria de saber como isso pode ser feito ". O que as matrizes contêm, como realizar tecnicamente as regressões ou outra coisa? Suspeitei que você estava atrás de algo mais específico, mas você deve atualizar a pergunta para torná-la menos clara.
- Além disso, você olhou Modelos animais (modelos estatísticos mistos), onde todo o pedigree pode ser usado para estimar os componentes da matriz G?
- o que quero dizer com " como eles podem ser feitos " é de que tipo de dados eu preciso, o que precisa ser medido, como já diz na pergunta
- @GriffinEvo Acho que isso é o que não está claro para mim; no caso simples, o que você precisa para uma matriz G são dados fenotípicos sobre as características de interesse e uma relação conhecida entre os indivíduos (por exemplo, pais-filhos). Também escrevi isso na minha resposta, mas aparentemente você está procurando outra coisa. Para contabilizar, por exemplo fatores ambientais, sexo ou um pedigree conhecido, você precisa de um modelo estatístico mais complexo, por ex. Modelos animais . Atualizei minha resposta com um artigo que pode ser útil.