Hodně jsem četl o kvantitativní genetice a G- (a B-) matice v poslední době. Princip analýzy teď chápu, ale stále si nejsem jistý, jak to udělat. Chtěl bych to vyzkoušet s fiktivními / starými daty v R, abych zjistil, jak se to dělá.
Předstírám, že jsem změřil 5 vlastností Drosophily (délka křídla, životnost, pigmentace očí, počet štětin a kondice). Mohu z těchto dat postavit G-matici pro populaci a také získat B-matici pro měření výběru na vlastnostech?
Cíle post:
1) Jaké informace (měření vlastností, skóre kondice atd.) jsou potřebné ke konstrukci matic G- a B-?
2) Chtěl bych najít tištěný nebo online materiál, který by mě vedl ke skutečné implementaci této metody. Zdá se, že existuje strašně mnoho článků, které říkají, že G-matice jsou skvělé, ale nikdo vlastně neříká, jak je dělat v reálném životě …
Komentáře
- Váš odkaz hovoří pouze o G-matici. Nevím ' co je to B-matice. Máte odkaz, který vysvětluje, co je to B-matice? Thks
- @ Remi.b B-matice je dílčí matice v matici g (matice g je vytvořena ze čtyř dílčích matic, Gm [mužská genetická odchylka a kovariance] Gf i pro ženu, B (a B transponováno) s genetickou kovariancí křížového pohlaví
- Krátký popis toho, co je G-matice, najdete v této otázce
Odpověď
Ke konstrukci G-matice potřebujete aditivní genetické odchylky a kovariance pro všechny vlastnosti, takže obvykle potřebujete výsledky z chovatelských experimentů (např. fenotypová data o rodičích a potomcích), na kterých můžete provádět regresi rodičů a potomků. Neznáte žádné dobré online zdroje, ale podívejte se Balding et al . 2007 s. 534ff pro některé informace. Viděl jsem metody, které tvrdí, že G-matici lze odhadnout přímo z fenotypových údajů od nepříbuzných jedinců (např. Zintzaras 2011 ) nebo z genomových informací, např. SNP ( Vattikuti et al. 2013 ), ale nejsou s nimi obeznámeni a nevědí, jak spolehlivé jsou.
Jasné pozadí pro použití smíšených modelů k odhadu G-matice, včetně příkladů / cvičení, může být nalezeno v Wilson a kol. (2009) .
Nebo jste měli na mysli něco jiného / něco konkrétnějšího?
Komentáře
- Myslím, že to pro mě má opravdu dva aspekty. Nejprve bych ' rád věděl, jak je lze provést. Zadruhé se snažím zjistit, jestli je mohu použít pomocí hodnot vlastností z hemiklonálních linií drosophily tak, že pro každý haplotyp získávám hodnoty vlastností specifické pro pohlaví, a proto mohu vytvořit matici B.
- No, měli byste být schopni získat genetické odchylky od hemiklonálních linií – musíte pečlivě zvážit, jak přesně je vypočítat, a množství zachycené dědičnosti. Co tím myslíš: " Nejprve bych rád věděl, jak je lze provést ". Co obsahují matice, jak technicky provést regresi nebo něco jiného? Měl jsem podezření, že jste hledali něco konkrétnějšího, ale měli byste otázku aktualizovat, aby byla méně jasná.
- Také jste se podívali na zvířecí modely (statistické smíšené modely), kde lze celý rodokmen použít k odhadu složek G-matice?
- co mám na mysli tím " jak je lze provést " je to, jaký druh dat potřebuji, co je třeba měřit, jak už je řečeno v otázce
- @GriffinEvo, myslím, že to je pro mě nejasné; v jednoduchém případě potřebujete pro G-matici fenotypová data o vlastnostech zájmu a známém vztahu mezi jednotlivci (např. rodič-potomek). Také jsem to napsal ve své odpovědi, ale zjevně hledáte něco jiného. Zúčtovat např. faktory prostředí, pohlaví nebo známý rodokmen potřebujete složitější statistický model, např. Zvířecí modely . Aktualizoval jsem svou odpověď příspěvkem, který by mohl být užitečný.