Související otázka: Stav systému Mac OS ve vědeckých počítačích a HPC

Ve Fortranu je napsáno značné množství softwarových balíků ve výpočetní vědě a Fortran nezaniká. A Kompilátor Fortran je také vyžadován pro vytváření dalších softwarových balíčků (jedním pozoruhodným příkladem je SciPy ).

Mac OS X však neobsahuje Kompilátor Fortran. Jak mám nainstalovat kompilátor Fortran na svůj počítač?

Komentáře

  • Není to jen Fortran. Mac prostě nemá vysokou kvalitu podporovanou úložiště jako Debian, kde vše funguje. Instalace čehokoli komplikovaného na Mac je bolest.

Odpověď

Vyberte si svůj jed. Doporučuji použít Homebrew. Vyzkoušel jsem všechny tyto metody kromě „Fink“ a „Other Methods“. d MacPorts, když jsem psal tuto odpověď. Za dva roky od té doby se Homebrew hodně rozrostl jako projekt a ukázal se udržitelnější než MacPorts, což může vyžadovat hodně PATH hackování.

Instalace verze, která odpovídá systémovým překladačům

Pokud chcete, aby se verze gfortranu shodovala s verzemi gcc, g ++ atd. nainstalovanými ve vašem počítači, stáhněte si příslušnou verzi gfortranu z zde . R vývojáři a vývojáři SciPy doporučují tuto metodu.

  • Výhody : Porovná verze kompilátorů nainstalovaných s XCode nebo s Kenneth Reitzův instalační program ; je nepravděpodobné, že by zasahoval do upgradů OS; pěkně koexistuje s MacPorts (a pravděpodobně Fink a Homebrew), protože se instaluje do /usr/bin. Nezbavuje stávající kompilátory . Nemusíte upravovat PATH.
  • Nevýhody : Zásobník kompilátoru bude opravdu starý. (GCC 4.2.1 je nejnovější kompilátor Apple; byl vydán v roce 2007.) Nainstaluje se do /usr/bin.

Instalace předkompilovaného a aktuálního binárního souboru z HPC Mac OS X

HPC Mac OS X obsahuje binární soubory pro nejnovější vydání GCC (v době psaní tohoto článku, 4.8.0 (experimentální)), stejně jako binární soubory g77 a kompilátor založený na f2c. Vývojáři PETSc doporučují tuto metodu na svých Časté dotazy .

  • Výhody : Se správným příkazem nainstaluje in /usr/local; up-to-date. Neobtěžuje existující kompilátory systému ani výše uvedený přístup. Nebude zasahovat do upgradů OS.
  • Nevýhody : Je třeba upravit PATH. Žádný snadný způsob, jak přepínat mezi verzemi. (Můžete změnit PATH, odstranit instalaci kompilátoru nebo se kolem ní pokořit.) Bude to bránit jiným metodám instalace kompilátorů v /usr/local protože binární soubory překladačů se jednoduše jmenují „gcc“, „g ++“ atd. (bez čísla verze a bez jakýchkoli symbolických odkazů).

Použít MacPorts

MacPorts má k dispozici řadu verzí překladačů.

  • Výhody : Instaluje se do /opt/local; port select lze použít k přepínání mezi verzemi kompilátoru (včetně systémových překladačů). Nebude zasahovat do upgradů OS.
  • Nevýhody : Instalace portů má tendenci vyžadovat celý „softwarový ekosystém“ tem „. Překladače nezahrnují symboly pro ladění, které mohou představovat problém při použití ladicího programu nebo při instalaci PETSc. ( Sean Farley navrhuje některá alternativní řešení.) Také vyžaduje změnu PATH. Může zasahovat do instalací Homebrew a Fink. (Viz tento příspěvek na SuperUser .)

Použít Homebrew

Homebrew lze také použít k instalaci kompilátoru Fortran.

  • Výhody : Snadno použitelný správce balíčků; nainstaluje stejný překladač Fortran jako v části „Instalace verze, která odpovídá systémovým překladačům“. Nainstalujte si pouze to, co potřebujete (na rozdíl od MacPortů). Pomocí alternativního úložiště homebrew-dupes lze nainstalovat novější zásobník GCC (4.7.0).
  • Nevýhody : Dědí všechny nevýhody z „Instalace verze, která odpovídá systémovým překladačům“.Při instalaci jiného softwaru (jiného než Homebrew) do /usr/local může být nutné dodržovat paradigma Homebrew, aby se nic nepokazilo. Může zasahovat do instalací MacPorts a Fink. (Viz tento příspěvek na SuperUser .) Je třeba změnit PATH. Instalace mohou záviset na systémových knihovnách, což znamená, že závislosti na balíčcích Homebrew se mohou při upgradu operačního systému narušit. (Viz tento článek .) Nečekal bych, že při instalaci gfortranu budou existovat závislosti na systémové knihovně, ale při instalaci dalších balíčků Homebrew by takové závislosti mohly existovat.

Použít Fink

Teoreticky můžete k instalaci gfortranu použít Fink . použil jsem to a neznám nikoho, kdo by měl (a byl ochoten říci něco pozitivního).

Další metody

Další binární soubory a odkazy jsou uvedeny na GFortran wiki . Některé odkazy jsou již uvedeny výše. Zbývající způsoby instalace mohou nebo nemusí být v rozporu s výše popsanými způsoby; použití na vlastní riziko.

Komentáře

  • Bývaly doby, kdy byl Fink preferovaným správcem balíčků přes MacPorts. Přestal jsem ho používat před lety, protože zásobník byl starý a neudržovaný a ne ' nezahrnuje mnoho knihoven, které jsem pravidelně používal. S každou metodou zde skončíte s některými věcmi spravovanými správcem balíčků a některými věcmi, které hodíte ručně. Homebrew je lepší s takovým systémem, ale potřebuje mnohem více knihoven, aby byl skutečně konkurenceschopný s MacPorts.
  • Můžete také použít projekty jako Sage (sagemath.org) nebo Qsnake ( qsnake.com ), které dodávají vlastní kompilátor Fortran a umožňují vám pracovat v " prostředí ", kde stačí zavolat " gfortran ".
  • Mám fink ' s gfortran na mé krabici 10,5, ale nikdy jsem to nepodrobil opravdu vážnému testu. Bude kompilovat cernlib a geant3, ale v poslední době ' nebudu spouštět žádné velké úlohy.
  • Pro Homebrew je gfortran nyní nainstalováno s brew install gcc: $ brew install gfortran gives the message: Error: No available formula for gfortran GNU Fortran is now provided as part of GCC, and can be installed with: brew install gcc
  • odkaz na Sean Farley ' s již nefunguje (v odkazu na to, jak přimět debuggery k práci s instalacemi MacPorts). Lze to znovu propojit?

Odpovědět

EasyBuild ( http://hpcugent.github.com/easybuild ) vám umožní snadno vytvořit a nainstalovat vlastní sadu překladačů GCC.

V zásadě jí dáte jednoduchou easyconfig (.eb) soubor, který určuje, co chcete sestavit (verze GCC + verze + sada jazyků, pro které chcete kompilátory pro + …), a poté je sestavení a instalace jediným příkazem. „Řeknu to“ trochu jako Homebrew, ale dává vám větší svobodu.

EasyBuild také podporuje mnoho dalších (vědeckých) softwarových balíčků, které lze vytvořit a nainstalovat pomocí jediného příkazu, takže „stojí za to se na to podívat.

Zřeknutí se odpovědnosti: Jsem součástí týmu EasyBuild. Vytváření GCC (včetně gfortranu) by mělo fungovat na OS X, ale jiné verze mohou být problematické. Pracujeme na tom, dejte nám vědět, pokud narazíte na potíže.

Komentáře

  • Provedli jste testování na OS X? řekni ' by mělo fungovat ' je to ze zkušeností nebo očekávání?
  • @DeerHunter: Ze zkušenosti můj osobní notebook je Mac se systémem OS X. Vytváření GCC funguje, ale je známo, že EasyBuild má problémy s některými dalšími sestaveními. Doufáme, že se na to brzy podíváme.
  • Upvoting … Ukázalo se, že pomocí EASY_BUILD balí pythonové dobroty do RPM …
  • @DeerHunter EasyBuild momentálně nemá ' podporu pro balení věcí do RPM. Možná ' znovu matoucí EasyBuild (který poskytuje příkaz ' eb ') s ' easy_install ', instalační nástroj Pythonu, který poskytuje setuptools / disitutils?
  • Máte pravdu; náhodná paměť selhání. Každopádně vyzkouší EasyBuild. Balení provádí fpm

odpověď

Navrhoval bych Intel Fortran Composer pro MacOS. Je to dobré, aktuální a funguje to. Jedna negativní věc, není to zdarma. Myslím, že je tu 30denní bezplatné hodnocení.

V systému Linux nabízejí bezplatnou nekomerční verzi.

Komentáře

  • Uživatelé systému Linux si mohou také nainstalovat Solaris Studio. Je velmi dobře integrován (překladače C / C ++ / Fortran). Dbxtool je velmi užitečný, stejně jako analyzátor (např. Pro detekci rasových podmínek v programech OpenMP).

Napsat komentář

Vaše e-mailová adresa nebude zveřejněna. Vyžadované informace jsou označeny *