V chemii je Frostův kruh rychlou metodou pro odhad relativní energetické hladiny molekulárních orbitalů pí v cyklické sloučenině a pak na základě umístění elektronů posuďte jeho aromaticitu. Hledám způsob, jak je vytvořit v LaTeXu, nejlépe pomocí funkcí balíčků jako chemfig a tikzorbital, ale vyřeším to pro řešení tikz.

Frostový kruh je vytvořen vepsáním polygonu pro cyklickou sloučeninu (například pravidelný šestiúhelník pro benzen) uvnitř kruhu s jeden vrchol polygonu orientovaný dolů. Každé místo, kde se vrchol polygonu dotkne kruhu, je to molekulární orbitál, který může obsahovat až dva elektrony (představované šipkami s háčkem). Orbitály pod vodorovnou čarou, která půlí kruh jsou spojovací orbitaly. Výše uvedené jsou orbitály vázající antibondy. Jakékoli orbitaly na této lince jsou nevazující orbitaly. Podle pravidel jsou do orbitalů umístěny elektrony.

  • Princip aufbau: v pořadí zvyšování energie.
  • Pauliho vylučovací princip: Každý orbitál může obsahovat pouze dva elektrony a ir spiny (směry šipek) musí být opačné.
  • Hundovo pravidlo: Pokud mají dva orbitaly stejnou energii, jeden elektron dělá do každého, než získá druhý elektron.

Zde je delší popis metody a její aplikace.

Mým ideálním řešením je nový příkaz, který přebírá velikost prstenu a počet elektronů jako vstup a vytváří Frostovy kruhy jako v následujících příkladech:

  • Kreslení kruhu
  • Vpisování pravidelného polygonu s počtem stran rovným velikosti kruhu (nahoru až 10)
  • Kreslení vodorovných úseček na vrcholech polygonu pro molekulární orbitaly
  • Kreslení svislé energetické osy
  • Kreslení přerušované čáry pro vazbu / antibonding division
  • Populace počtu elektronů výše uvedenými pravidly

Zde je několik příkladů: benzen (velikost kruhu = 6, elektrony = 6)

mrazový okruh pro benzen

cyklopentadienylový kation (velikost kruhu = 5, elektrony = 4)

mrazový kruh s 5 atomy a 4 elektrony

cyklooktatetraen (velikost kruhu = 8, elektrony = 8)

sem zadejte popis obrázku

Komentáře

  • Omluvte mě hodně za tento komentář. Ale viděli jste tyto obrázky?
  • @Sebastiano – vytvořil jsem tyto obrázky v softwaru pro chemické kreslení, ale každému to trvalo asi 10 minut. Protože obsahují směs chemické struktury a nestrukturálních prvků, nemohu je exportovat jako vektorovou grafiku. Kdybych to mohl udělat, jen bych je tak importoval do svého latexového dokumentu. Pracuji na dokumentu, kde bych mohl chtít nakreslit desítky z nich.
  • Obrázky jsou ostré a jasné i bez formátu svg, stačí ukládat obrázky png v dostatečně velkém měřítku, takže když jsou při přiblížení, když jsou zahrnuty do PDF, se stávají ještě plynulejšími.
  • @AboAmmar – rozumím tomu, ale časová náročnost vytvoření jednoho je velká pro velmi opakující se práci. Chtěl bych mít makro, které ho automatizuje, protože jich plánuji vytvořit desítky.
  • @BenNorris Dalo by se kreslit obrázky pomocí editoru Mathcha. mathcha.io/editor

Odpověď

Zde je plně automatizované řešení. Volání pro vaše tři příklady jsou

\frost{6}{6} \frost{5}{4} \frost{8}{8} 

Pro velikost rádiusu existuje volitelný argument. Výchozí hodnota je 1 cm. frost[2cm]{6}{6} by tedy měl poloměr 2 cm.

zadat popis obrázku zde

Poznámka: Toto funguje (v tuto chvíli), pouze pokud existuje sudý počet elektronů.

\documentclass{article} \usepackage{tikz} \usepackage{ifthen} \usetikzlibrary{decorations.markings} \tikzset% Define decorations {updown/.style={postaction=decorate, decoration={markings, mark=at position .5 with {\draw[line join=round] (-2pt,-\arrlen)--++(0pt,2*\arrlen)--(-4pt,1pt); \draw[line join=round] (2pt,\arrlen)--++(0pt,-2*\arrlen)--(4pt,-1pt); }}},% 2 arrows uparr/.style={postaction=decorate, decoration={markings, mark=at position .5 with {\draw[line join=round] (0pt,-\arrlen)--++(0pt,2*\arrlen)--(-2pt,1pt); }}},% 1 arrow, right side dnarr/.style={postaction=decorate, decoration={markings, mark=at position .5 with {\draw[line join=round] (0pt,\arrlen)--++(0pt,-2*\arrlen)--(2pt,-1pt); }}}% 1 arrow left side (points down since lines will be drawn right to left) } \newcommand{\orblen}{.8}% length of horizontal segments as a percentage of main radius \newcommand{\arrlen}{.25cm}% half length of each arrow \newcommand{\frost}[3][1cm]% optional argument is circle radius, #2=edges, #3=electrons {\begin{tikzpicture}[line width=1pt] \draw(0,0)circle[radius=#1];% main circle \ifthenelse{#3 = 0}{\draw(-.5*#1*\orblen,-#1)--(.5*#1*\orblen,-#1);}% draw bottom line segment... {\draw[updown](-.5*#1*\orblen,-#1)--(.5*#1*\orblen,-#1);}% ...with arrows if >0 electrons \foreach \k [evaluate=\k as \r using .5*#2+1,% point right if k<r, point left if k>r, top if k=r evaluate=\k as \t using (\k-1)*360/#2-90,% angles of polygon vertices. k=1 is bottom. evaluate=\k as \n using -4*\k+6+#3,% who gets 2 electrons (right)? evaluate=\k as \m using -4*(#2+2-\k)+6+#3,% who gets 2 electrons (left)? evaluate=\k as \j using 2*#2] in {1,...,#2}% electrons for top if #3=2*#2 {\draw(\t:#1)--(\t+360/#2:#1); \ifthenelse{\k>1}% already did bottom line. {\ifthenelse{\lengthtest{\k pt < \r pt}}% right side {\ifthenelse{3 < \n}{\draw[updown](\t:#1)--+(#1*\orblen,0);}% 2 arrows {\ifthenelse{1 < \n}{\draw[uparr](\t:#1)--+(#1*\orblen,0);}% 1 arrow {\draw(\t:#1)--+(#1*\orblen,0);}}}% no arrows {\ifthenelse{\lengthtest{\k pt > \r pt}}% left side {\ifthenelse{3 < \m}{\draw[updown](\t:#1)--+(-#1*\orblen,0);}% 2arrows {\ifthenelse{1 < \m}{\draw[dnarr](\t:#1)--+(-#1*\orblen,0);}% 1 arrow {\draw(\t:#1)--+(-#1*\orblen,0);}}}%no arrows {\ifthenelse{#3 = \j}{\draw[updown](-.5*#1*\orblen,#1)--(.5*#1*\orblen,#1);}% 2 arrows on top {\draw(-.5*#1*\orblen,#1)--(.5*#1*\orblen,#1);}}} % no arrows on top }{} % do nothing if k=1 (bottom) } \draw[dotted](-2*#1,0)--(3*#1,0)node[below]{bonding\phantom{anti}}node[above]{antibonding}; \draw[-latex](-2.2*#1,-#1)--node[sloped,above,pos=.4]{Energy}(-2.2*#1,1.8*#1); \end{tikzpicture} } \begin{document} \frost{6}{6} \frost{5}{4} \frost{8}{8} \end{document} 

Komentáře

  • Velmi dobrá i vaše odpověď.
  • Skvělé! To funguje skvěle.

Odpověď

Upřímně řečeno, vynaložilo jste určité úsilí, ale vaše postava byla zajímavá a umožnilo mi to naučit se nové věci 1 takže je to všechno dobré.

V podstatě jsem vytvořil \newcommand, jméno \Frostcircle, který má 2 argumenty, možnosti a elektrony.

V současné době jsou [options]:

  • radius = poloměr kruhu, mějte prosím na paměti, že momentálně se okolní grafika neupraví, pokud ji zvětšíte příliš velkou. v budoucnu. V tuto chvíli to trvá pouze číslo (v cm), použití délky to zlomí, ještě nevím proč. Návrhy jsou vítány.
  • ring size = to se týká počtu stran mnohoúhelníku. Byl testován počet stran od 5 do 10. Jak můžete očekávat, číslo bude bráno jako argument
  • frost label = toto je štítek nahoře, výchozí hodnota je prázdná. Nezapomeňte text ohnout složenými závorkami, např. frost label={My label here}

Dalším argumentem jsou elektrony, nejjednodušší způsob, jak je mohu najít, je nastavit je proti směru hodinových ručiček, počínaje shora, jako na tomto obrázku:

jak příkaz funguje

Má hodnoty 0, 1 a 2: v pořadí, bez elektronu, jeden elektron, dva elektrony. Můžete jej zadat jako seznam, takže zadáním {0,0,2,2,2,0} získáte svůj benzene mrazový kruh. Může to znít neintuitivně, ale je to skutečně jednoduché, jakmile to zkusíte.

Pokud je počet prvků v seznamu, který uvedete, menší než velikost vyzvánění, zobrazí se chyba a kód nekompilovat. Pokud nechcete žádný elektron, vyřešíte to jednoduše zadáním 0.

Poznámky

Směr “ šipka “ pro elektron je obrácen na druhé straně, nejste si jisti, zda je to pro vaše grafy důležité. Mohu se podívat do jiného den, pokud je to důležité. OPRAVENÉ

Také jsem přidal stejné balíčky jako v Sebastianově odpovědi k získání matematického písma, ale aby příkaz fungoval, nejsou potřebné.

Výstup

příklady kruhů mrazu

Kód

\documentclass[margin=10pt]{article} \usepackage{tikz} \usepackage{newtxtext} \usepackage{amssymb} \usepackage{bm} \usetikzlibrary{arrows.meta,decorations.markings,shapes.geometric} \tikzset{% electron/.style={% postaction={decorate, decoration={% markings, mark=at position .5 with {% \ifnum#1=1\relax% \draw[-{Straight Barb[left,angle=60:2pt 3]}] (0,-6pt) --(0,6pt); \else \ifnum#1=2\relax% \draw[-{Straight Barb[left,angle=60:2pt 3]}] (-1pt,-6pt) -- (-1pt,6pt); \draw[{Straight Barb[left,angle=60:2pt 3]}-] (1pt,-6pt) -- (1pt,6pt); \else \fi\fi }} } }, mlbl/.style={anchor=south, align=center, midway, sloped}, } \pgfkeys{/tikz/.cd,% to set the path radius/.initial=.8, % initial value radius/.get=\circleradius, % to get the value from a macro radius/.store in=\circleradius, % to store the value into a macro ring size/.initial=5, ring size/.get=\numbersides, ring size/.store in=\numbersides, frost label/.initial=, frost label/.get=\frostlabel, frost label/.store in=\frostlabel, } \newcommand\Frostcircle[2][]{% \tikzset{radius=.8,ring size=5,frost label=,#1} \begin{tikzpicture}[line width=1pt] \draw[-{Stealth[scale=1.5]}] (0,0) -- (0,3cm) node[mlbl] {Energy} node[anchor=north west, xshift=2mm] {\frostlabel}; \draw[dotted, shorten >=-1cm] (.5,1) -- (4,1) node[anchor=south west] {antibonding} node[anchor=north west] {bonding}; \draw (2,1) circle (\circleradius); \node[% regular polygon, rotate=360/\numbersides/2, regular polygon sides=\numbersides, minimum size=\circleradius*2 cm, draw, outer sep=0pt ] at (2,1) (FrostCircle) {}; \def\electronarrow{{#2}} \foreach \polycorner [count=\findex starting from 0] in {1,...,\numbersides}{% \pgfmathtruncatemacro\maximumhalf{\numbersides/2+1} \pgfmathsetmacro\Findex{\electronarrow[\findex]} \ifnum\polycorner=1\relax% \draw[electron=\Findex] (FrostCircle.corner \polycorner)++(-.8,0) --++ (1.6,0); \else \ifnum\polycorner=\maximumhalf\relax% \draw[electron=\Findex] (FrostCircle.corner \polycorner)++(-.8,0) --++ (1.6,0); \else \ifnum\polycorner<\maximumhalf\relax% \draw[electron=\Findex] (FrostCircle.corner \polycorner)++ (-.8,0) -- (FrostCircle.corner \polycorner); \else \draw[electron=\Findex] (FrostCircle.corner \polycorner) --++ (.8,0); \fi\fi\fi }% \end{tikzpicture}% } \begin{document} \Frostcircle[% ring size=6, radius=1, frost label={benzene (ring size = 6, electrons = 6)} ]{0,0,2,2,2,0} \vspace{1cm} \Frostcircle[% ring size=5, radius=1, frost label={cyclopentadienyl cation (ring size = 5, electrons = 4)} ]{0,1,2,1,0} \vspace{1cm} \Frostcircle[% ring size=8, radius=1, frost label={cyclooctatetraene (ring size = 8, electrons = 8)} ]{0,0,1,2,2,2,1,0} \end{document} 

1: pgfkeys.

Com ment

  • Děkuji moc za citaci mého jména :-); pro můj skromný názor to nebylo důležité. Vaše různé kódy jsou perfektní !!!! +1
  • To je skvělé! Obecně v základním stavu by nepárové elektrony (šipky) měly stejnou rotaci (stejný směr), takže řešení SandyG ‚ odpovídá mým potřebám o něco lépe.
  • @BenNorris zajímavé. Na to se ‚ podívám později. Nemělo by to být ‚ těžké dosáhnout.
  • @BenNorris Jen jsem ti chtěl dát vědět, určil jsem směr. Bylo to docela snadné, nejsem si jistý, proč mě to ‚ nenapadlo dříve.

Odpovědět

Jako první příklad jsem udělal Mathcha . Podle mého skromného názoru to vypadá velmi podobně … ale existuje latinský maxime: “ de gustibus non conflictandum est „.

\documentclass[a4paper,12pt]{article} \usepackage{tikz} \usepackage{newtxtext} \usepackage{amssymb} \usepackage{bm} \begin{document} \tikzset{every picture/.style={line width=0.75pt}} %set default line width to 0.75pt \begin{tikzpicture}[x=0.75pt,y=0.75pt,yscale=-1,xscale=1] %uncomment if require: \path (0,300); %set diagram left start at 0, and has height of 300 %Shape: Regular Polygon [id:dp9024119328579219] \draw [line width=1.5] (203,184) -- (161.86,160.25) -- (161.86,112.75) -- (203,89) -- (244.14,112.75) -- (244.14,160.25) -- cycle ; %Shape: Circle [id:dp3742321630799761] \draw [line width=1.5] (155.5,136.5) .. controls (155.5,110.27) and (176.77,89) .. (203,89) .. controls (229.23,89) and (250.5,110.27) .. (250.5,136.5) .. controls (250.5,162.73) and (229.23,184) .. (203,184) .. controls (176.77,184) and (155.5,162.73) .. (155.5,136.5) -- cycle ; %Straight Lines [id:da6431705906977057] \draw [line width=1.5] (101,185) -- (101,31.71) ; \draw [shift={(101,27.71)}, rotate = 450] [fill={rgb, 255:red, 0; green, 0; blue, 0 } ][line width=0.08] [draw opacity=0] (13.4,-6.43) -- (0,0) -- (13.4,6.44) -- (8.9,0) -- cycle ; %Straight Lines [id:da03628267423150655] \draw [line width=1.5] (176.75,89) -- (229.25,89) ; %Straight Lines [id:da6999074691962319] \draw [line width=1.5] (244.14,112.75) -- (285.5,112.75) ; %Straight Lines [id:da6267867712352968] \draw [line width=1.5] (120.5,112.75) -- (161.86,112.75) ; %Straight Lines [id:da4603867099439829] \draw [line width=1.5] (244.14,160.25) -- (285.5,160.25) ; %Straight Lines [id:da018369347304083128] \draw [line width=1.5] (120.5,160.25) -- (161.86,160.25) ; %Straight Lines [id:da7545009709936943] \draw [line width=1.5] (176.75,184) -- (229.25,184) ; %Straight Lines [id:da42526907269791137] \draw [line width=1.5] [dash pattern={on 1.69pt off 2.76pt}] (120.5,136.5) -- (346.5,136.5) ; % Text Node \draw (126,149.4) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large] {$\bm{\upharpoonleft }$}; % Text Node \draw (249,149.4) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large] {$\bm{\upharpoonleft }$}; % Text Node \draw (195,173.4) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large] {$\bm{\upharpoonleft }$}; % Text Node \draw (130,149.4) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large] {$\bm{\downharpoonright }$}; % Text Node \draw (253,149.4) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large] {$\bm{\downharpoonright }$}; % Text Node \draw (200,173.4) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large] {$\bm{\downharpoonright }$}; % Text Node \draw (74,149) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large,rotate=-270] [align=left] {Energy}; % Text Node \draw (288,103) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large] [align=left] {Antibonding}; % Text Node \draw (288,150) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large] [align=left] {Bonding}; % Text Node \draw (120,36) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [align=left] {\large benzene (6 atoms, 6 electrons)}; \end{tikzpicture} \end{document} 

zde zadejte popis obrázku

Napsat komentář

Vaše e-mailová adresa nebude zveřejněna. Vyžadované informace jsou označeny *