Téměř ve všech příspěvcích o bioinformatice jsem se setkal s vysoce výkonným slovem, ale nenašel jsem žádné vysvětlení o tom (myslím, že je to tak snadné pochopit, a proto to někdo vysvětluje, ale nemohl jsem to udělat). Existuje někdo, kdo mi může vysvětlit, co mají na mysli vysokou propustností? Díky předem.
Komentáře
- Není to nutně biologický pojem. ' merriam-webster.com/dictionary/throughput
- Ha! Takže propustnost je jen obrácená „prosadit“! @canadianer
Odpověď
Vysoce výkonné sekvenování konkrétně odkazuje na techniky sekvenování, jako je Illumina, které vám umožňují sekvenovat obrovské množství DNA najednou (stovky tisíc řetězců), na rozdíl od starší techniky, jako je klonování cDNA do plazmidů, následované sekvenováním.
Komentáře
- Sekvenování brokovnic používá protokol sekvenování Sanger.
- Ano, ano. Nechtěl jsem tím naznačit, že sekvenování brokovnic je vysoce výkonná metoda. ' Upravím svoji odpověď tak, aby to odpovídala
- Omlouvám se. Zmátlo mě to. Nyní jasné. Ale přesto Sangerovo sekvenování není opravdu nízká propustnost. Stále je vysoce výkonná, ale ne tak efektivní jako Illumina.
- Díky, jaký by byl dobrý příklad techniky s nízkou propustností?
- PCR, western blot, ELISA, Bradford test atd. jsou všechny techniky s nízkou propustností.
Odpověď
Vysoký výkon, jak uvádí kanadský uživatel ve svých komentářích označuje množství dat, které systém zpracovává. Ačkoli odpověď CactusWoman by byla správná pro případ sekvenování DNA, vysoká propustnost není ve skutečnosti omezena na tuto doménu.
Jakákoli vysoce propustná technika se pokouší měřit několik proměnných současně. Mezi příklady patří kromě sekvenování DNA Next Gen, sekvenování RNA, identifikace a kvantifikace proteinů hmotnostní spektrometrií (LC-MS), lipidové profilování pomocí GC-MS atd.
Existují také techniky se střední propustností které mohou měřit několik proměnných, ale mnohem méně než techniky s vysokou propustností. Mnoho technik s nízkou propustností lze převést na střední propustnost pomocí určité úrovně automatizace a experimentálního plánování. Příklad by zahrnoval PCR v reálném čase.
Odpověď
Na bioinformatickém použití tohoto výrazu není nic zvláštního; to je normální angličtina nespecializovaný žargon. „Propustnost“ jednoduše znamená rychlost, jakou lze něco zpracovat. Systém s vysokou propustností je systém, který zvládá věci vysokou rychlostí, a lze jej stejně aplikovat na sekvenování genomu, městskou tranzitní síť, jízdenky na fotbalovém zápase, továrnu na zpracování brambor na hranolky (hranolky) nebo procesor ve vašem počítači.
V biologii se však propustnost obvykle vztahuje k rychlosti zpracování vzorků. Metoda „nízké“ propustnosti je tedy metoda, jejíž provedení může trvat déle, lze ji použít pouze u několika vzorků nebo je třeba ji opakovat, aby se získala úplná sada měření různých faktorů. Metoda „vysoké“ propustnosti je jednoduše rychlejší metoda, která umožňuje zpracování většího počtu vzorků ve stejném nebo kratším čase. Toho lze dosáhnout rychlejší prací, zpracováním více vzorků najednou nebo současným zpracováním více aspektů stejného vzorku.
Upozorňujeme, že neexistuje definice toho, kdy se něco stane „vysokou propustností“; je to prostě „vysoké“ ve srovnání s dřívějšími metodami, i když byste obvykle očekávali, že se použije pouze tehdy, když je nová metoda mnohonásobně rychlejší než ta stávající, ne malé postupné vylepšení.
Odpověď
Vysoce výkonné sekvenování konkrétně odkazuje na techniky sekvenování, jako je Illumina, které vám umožňují sekvenovat obrovské množství DNA najednou, což znamená stovky tisíc řetězců. Současné vytváření množství datových sekvencí.
Komentáře
- můžete přidat odkaz?