Haploryhmän löytäminen raakojen DNA-tietojen avulla?

Sain Y-DNA-haploryhmäni AncestryDNA-raakaa DNA-tiedostostani käyttäen ensimmäistä tässä linkissä kuvattua menetelmää: https://www.geneticgenealogist.net/2016/01/how-to-get-ydna-haplogroup-from.html

Lyhyesti sanottuna se käy läpi 3 vaihetta:

1 / muunnat AncestryDNA-raaka-DNA-tiedostosi 23andme-muotoon käyttämällä pientä VBS-ohjelmaa, jonka saat täältä:

drive.google.com/file/d/0ByaSZfKQX51lNHJSSUlsNGxTQmM/view

Sinun tarvitsee vain laittaa se samaan hakemistoon kuin purettu DNA-tiedosto (txt-tiedosto), kaksoisnapsauttaa ja se suorittaa muunnoksen ja luo uusi tiedosto samaan hakemistoon nimeltä yourdnafilename_Edited.txt

2 / Asennat tämän ohjelman ja lataat siihen 23andme-muotoisen dna-tiedoston:

drive.google.com/uc ? export = download & id = 0B7vzRsRM2aOQcU5fckNjdEg1ZWs

(se vaatii .NET Framework 4.0, joten sinun on ehkä asennettava se t)

Siirry kohtaan Tiedosto -> Tallenna ja tallenna toiseen tekstitiedostoon

3 / Kopioi tämän tekstitiedoston sisältö tämän sivuston tekstialueelle ja suorita ennustaja :

https://ytree.morleydna.com/

Sinun tulisi hankkia Y-DNA haploryhmä nyt, mikä on tulos merkitty ”todennäköisesti”. Jos saat BT: n tai F: n ”todennäköisimmäksi” (useimmilla ihmisillä on sellaisia, joten se on melkein tarpeeton), seuraava ennuste on todennäköisin (ja asiaankuuluvin) sinulle (siinä pitäisi olla enemmän ”vihreitä” kuin muut vaihtoehdot). Jos sinulla on ongelma tai kysymys, katso joko yllä linkitetty artikkeli tai kysy minulta. Onnea!

Kommentit

• Chris Morley on yksinkertaistanut asioita entisestään. Lataa vain AncestryDNA (tai MyHeritage tai 23andMe) raakatiedostotiedosto tähän ytree.morleydna.com/extractFromAutosomal ja lähetä edelleen hänen haploryhmän ennustustyökaluun.
• Käytin ytree.morleydna.com -sivustoa AncestryDNA-raakatiedostoni kanssa noin vuonna 2014, ja se toimi minulle. Don ’ ei tiedä jos silti pystyisit tekemään sen tänään … BTW, yllä oleva linkki ( genetgenealogist.net/2016/01/… ) ei toimi ’ t enää minulle.)
• @TJinBC Linkki on reagoitu vated.

Ymmärrän, että nykyinen normaali AncestryDNA-tuote, joka testaa autosomaalista DNA: ta, ei sisältää Y-DNA: n tai mtDNA: n SNP: t, jotka olisivat hyödyllisiä haploryhmäsi määrittelemiseksi.

Esivanhemmat myivät aiemmin kalliimpia Y-DNA: n ja mtDNA: n DNA-testejä, mutta eivät enää. FamilyTreeDNA kuitenkin tekee:

https://www.familytreedna.com/

Sinä ”ll sinun on ladattava raakatiedot ja selvitettävä haploryhmä itse käyttämällä ISOGG: n tietokantaa:

https://isogg.org/tree/index.html

Kommentit

• AncestryDNA ei myy ’ ei myy Y-DNA- ja mtDNA-testejä. Vain FamilyTreeDNA tekee.
• Määritä, mikä sivu ISOGG-verkkosivustolla kertoo, kuinka selvittää haploryhmä.
• Kiitos @lkessler, I ’ ve päivitin vastaukseni (kesti tarpeeksi kauan! huomasin kommenttisi).

He kutsuvat y-kromosomia ”kromosomiksi 24”.

He testaavat kuitenkin vain 885 SNP: tä.

He myös testaavat 17 604 SNP: tä x-kromosomissa (merkitty kromosomiksi 23) sekä 440 SNP: tä, jotka on merkitty kromosomiksi 25 ja jotka ovat joko X-kromosomista tai Y-kromosomin pseudoautosomaalisista alueista.

En vielä tiedä työkalua näiden osien suodattamiseen haploryhmien määrittämiseksi, mutta etsin edelleen.

http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_testing_comparison_chart

Kommentit

• I ’ et ole koskaan nähnyt Y-kromosomia nimeltä ” kromosomi 24 ”. Tällä ei ole mitään järkeä, koska 23 paria. Ensimmäisiä 22 kromosomiparia kutsutaan autosomaalisiksi kromosomeiksi. X: ää ja Y: tä (pari 23) kutsutaan sukupuolikromosomeiksi.
• Luulen, että se on AncestryDNA-tiedostomuodon artefakti. Se on sama csv tai taulukkotiedosto, joka sisältää raakatietoja, kuten ftdna tai 23andme. Ja on erittäin järkevää kirjoittaa ChrX nimellä Chr23 ja ChrY nimellä Chr24 (esimerkiksi tiedostogeneraattori käyttää kokonaislukutyyppiä kromosominumeroon / nimeämiseen)
• I olen täysin varma, että AncestryDNA nimeää ChrX: n Chr23: ksi, koska hyödyllisten apuohjelmien kohdalla tapahtuu sellainen muunnos: y-str.org/2014/09/autosomal-dna-converter-nix.html

siirsin esivanhempien autosomaalisen testini tälle sivustolle ja se antoi minulle haplo-ryhmä, joka vastasi Y-testiä, jonka minulla oli National Geographicista ja FamilyTree:

https://ytree.morleydna.com/ extractFromAutosomal

Esivanhemmat testaavat tarpeeksi SNP: itä saadakseen korkean tason haploryhmän. Muut vastaukset, joista keskusteltiin Y: n ja Morley-menetelmän saamisesta, toimivat hyvin, mutta naisilla ei ole Y: tä, joten ainoa haploryhmä, jonka he voivat saada, on mtDNA (mitokondrioiden DNA).

Lähetetään Promethease.com-sivustoon, joka näyttää DNA: n terveystulokset voivat tarjota haploryhmän, mutta sen käyttö ei ole helppoa, eikä minulla ollut onnea siinä.

Paras testata kello 23andme saadaksesi korkean tason mtDNA-haploryhmäsi tai tehdä yksityiskohtainen mtDNA-testi familytreeDNA: lla , on todennäköisesti myynnissä juuri ennen äitien päivää.

Riippuu AncestryDNA-siruversiosta, jota käytetään DNA, katso tiedoston otsikko. SNPedia Haplogroup -sivusto kertoo, mitä eri siruversiot kysyvät, ja voit viettää useita tunteja manuaalisesti ~ 1700 Y-DNA: n perässä Tiedostossa olevat SNP: t, jotta voit kutsua korkean tason Haplogroupin, voit vaihtoehtoisesti saada saman vastauksen heittämällä $ 0- $ 12 kohtaan Promethease (riippuen yrityksen tuuli / kapina), joka palauttaa myös lukuisia piirteitä, kuten vastustuskyky rutto / aidsille, laktoosin sietokyky, alkoholin sietokyky, silmien väri, hiustyyppi … … oluttuoleille.