Olen saanut geenejä suhteilla. Pienenä esimerkkinä näet tietoni alla:
Gene Control1 Control2 Control3 Treated1 Treated2 Treated3 pps-1 324680000 211350000 356350000 269770000 258080000 292830000 R11A8.7 477490000 610780000 539550000 533590000 530810000 578290000 ugt-21 105080000 103430000 74137000 78915000 42381000 31415000 spp-18 1042800000 615030000 332720000 538340000 448280000 412310000 Nyt kysymykseni on, että minulla on kolme kontrollia ja kolme käsiteltyä, kontrollilla on kaksi biologista kopiota ja käsitellyllä on kaksi biologista kopiota
Kuinka voin laskea sen taittomuutoksen?
Näen kaksi tapaa
Ensimmäinen tapa, jolla otan kontrolliryhmäni keskiarvon, kutsutaan sitä nimellä A (yksi sarake) Otan hoidetun ryhmän keskiarvon, muuten kutsun sitä B (yksi sarake) Sitten lasken taittomuutos (B / A)
Tällä tavoin voin tarkistaa myös, onko korrelaatio kaikki kontrollin biologiset kopiot tai käsitellyt ovat korkeat, mikä osoittaa keskiarvon ottamisen hyväksi
Toinen tapa Suoritan monivertaustestin molemmille ryhmille I etsiä säänneltyjä geenejä ja alas säänneltyjä geenejä Hylkään loput geeneistä, otan kontrolliryhmäni keskiarvon, kutsutaan sitä nimellä A (yksi sarake) Otan hoidetun ryhmän keskiarvon, muuten kutsun sitä B (yksi sarake) Sitten lasken taittomuutos (B / A)
kumpi niistä on järkevämpi?
Tärkein huolenaiheeni on laskea taittumismuutos, kun minulla on biologinen kopio,
Lähetin biologiaryhmään, jonka mukaan on parempi, että lähetän sen tänne
Kuinka sitten voidaan laskea p-arvot kertaiseksi muutokseksi, jos se perustuu keskimääräiseen
kommenttiin
- Luulen, että tarkoitat kolmea kopiota.
- @Opiskelija T kyllä tarkoitan
- Risti lähetetty kohtaan Biology.SE . @NikBernou Älä lähetä viestejä kahdelle sivustolle. Jos luulet yhden sivuston olevan parempi, poista kysymys toisesta sivustosta.
- @WYSIWYG Tiedän, että hän lähetti ristiviestin. Joka tapauksessa, tarkista vastaukseni. Inspiroi ideasi t-testistä toisessa viestissä.
Vastaa
2 🙂 ei ole mitään järkeä minulle. Teet t-testin kontrollin / käsitellyn välillä vain, jos haluat testata näytekeskiarvojen eroa, mutta et taittomuutoksen laskemiseksi.
Taittomuutos lasketaan tyypillisesti yksinkertaisesti average of group 2/ average of group 1. Annan sinulle todistuksen http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=49101 -sivustossa, DESeq2: n kirjoittaja kirjoitti:
(average in group2)/(average in group1)
Kysymys on miksi haluaisit Haluatko tehdä tämän? On olemassa hyviä biokonduktoripaketteja, jotka voivat tehdä sen puolestasi. Esimerkiksi DESeq2 käyttää kutistumismenetelmiä taittomuutoksiin. Raaka taittomuutos on ei informatiivinen bioinformatiikan tilastollisessa analyysissä, koska se ei käsittele geenin ilmentymistasoa (ja varianssia). Hyvin ja matalasti ilmaistut geenit voivat antaa sinulle saman muutoksen, etkä halua tämän tapahtuvan.
Kommentit
- kiitos niin Paljon. Itse asiassa on ollut tunti ja tunti, kun yritin selittää mitä haluan. tämä antaa minulle oikean tien. Olen enemmän kiinnostunut tekemään sen itse kuin napsauttamalla pakettia näyttää hieman musta laatikko. onko mahdollista antaa minulle selitys esimerkiksi siitä, miten he sitten laskevat p-arvon tälle kertaiselle muutokselle? tiedätkö?
- @NikBernou tiedän. Mutta voisitko hyväksyä vastauksen, jos se auttaa, ja aloittaa sitten uuden kysymys? Tämä osoittaa arvostuksesi ja ihmiset voivat auttaa sinua enemmän.
- @NikBernou Luulen, että sinun on parempi käyttää erittäin kehittyneitä, hienostuneita paketteja, kuten DESeq2, ja omistautua vaivalla ymmärtämään mitä sellaiset " mustat laatikot " todella tekevät. Tällaisten ohjelmien keksiminen uudelleen on vaikeaa ja alttiita virhe. Voit myös tutkia koodia nähdäksesi, miten ohjelman kirjoittajat käsittelevät asioita, kuten p-arvot.
- @EdM Olen samaa mieltä, mutta paketin läpi käyminen on vaikeaa, kun et kirjoittanut sitä. Suurin osa asiakirjoista puuttuu, joten sen ymmärtäminen, mikä on todella kipua. Olen samaa mieltä siitä, että tällaiset paketit on rakennettu niille, joilla ei ole ohjelmointitietoa, ja miksi yritän itse tehdä jotain, jonka ymmärrän täysin. Voitko esimerkiksi kertoa, miksi DESeq2 työskentelee laskenta-arvojen parissa eikä jatkuvana? näet, se on musta laatikko
- @EdM laskoksen muutoksen laskeminen ei ole vaikea laskenta. DESeq2 on tarkoitettu tietyntyyppiselle datalle.Se ei ole yleinen tilastollinen työkalu. Ja on aina hyvä tietää taustalla olevat tilastot / matematiikka sen sijaan, että napsautat vain joitain painikkeita.