Liittyvä kysymys: Mac OS: n tila tieteellisessä laskennassa ja HPC: ssä

Huomattava määrä laskennallisen tieteen ohjelmistopaketteja kirjoitetaan Fortranissa, ja Fortran ei katoa. A Fortran-kääntäjää vaaditaan myös muiden ohjelmistopakettien rakentamiseen (yksi merkittävä esimerkki on SciPy ).

Mac OS X ei kuitenkaan sisällä Fortran-kääntäjä. Kuinka minun pitäisi asentaa Fortran-kääntäjä koneelleni?

Kommentit

  • Se ei ole vain Fortran. Mac-tietokoneissa ei yksinkertaisesti tueta korkeaa laatua. Debianin kaltaiset arkistot, joissa kaikki vain toimii. Melko monimutkaisten asioiden asentaminen Maciin on tuskaa.

Vastaa

Valitse myrkky. Suosittelen käyttämään Homebrewta. Olen kokeillut kaikkia näitä menetelmiä paitsi ”Fink” ja ”Other Methods”. Alun perin mieluummin d MacPorts, kun kirjoitin tämän vastauksen. Kahden vuoden jälkeen Homebrew on kasvanut paljon projektina ja osoittautunut ylläpitettävämmäksi kuin MacPorts, mikä voi vaatia paljon PATH hakkerointia.

Asentaminen versio, joka vastaa järjestelmän kääntäjiä

Jos haluat gfortran-version vastaavan koneellesi asennettuja gcc, g ++ jne. versioita, lataa sopiva gfortran-versio osoitteesta täällä . R-kehittäjät ja SciPy-kehittäjät suosittelevat tätä menetelmää.

  • Edut : Yhdistää XCode-koodilla tai Kennethillä asennettujen kääntäjien versiot Reitzin asennusohjelma ; ei todennäköisesti häiritse käyttöjärjestelmän päivityksiä; toimii rinnakkain MacPorttien (ja todennäköisesti Finkin ja Homebrewn) kanssa, koska se asennetaan /usr/bin. Ei tee olemassa olevia kääntäjiä. . Älä muokkaa PATH.
  • Haitat : Kääntäjäpino on todella vanha. (GCC 4.2.1 on viimeisin Applen kääntäjä; se julkaistiin vuonna 2007.) Asentaa tiedostoon /usr/bin.

Esikäännetyn, päivitetyn binaarin asentaminen HPC Mac OS X: stä

HPC Mac OS X sisältää binääritiedostot uusimpia GCC: n julkaisu (kirjoitushetkellä 4.8.0 (kokeellinen)) sekä g77-binaarit ja f2c-pohjainen kääntäjä. PETSc-kehittäjät suosittelevat tätä menetelmää usein kysytyt kysymykset .

  • Edut : Asenna oikealla komennolla /usr/local: ssa – ajan tasalla. Ei salaa olemassa olevia järjestelmän kääntäjiä tai yllä olevaa lähestymistapaa. Ei häirinnyt käyttöjärjestelmän päivityksiä.
  • Haitat : Tarvitaan muokkausta PATH. Ei ole helppoa tapaa vaihtaa versioiden välillä. (Voit muokata PATH-tiedostoa, poistaa kääntäjän asennuksen tai sulkea sen ympärille.) Hämmentää muita kääntäjien asennustapoja /usr/local, koska kääntäjän binäärit ovat yksinkertaisesti nimeltään ”gcc”, ”g ++” jne. (ilman versionumeroa ja ilman symboleita).

Käytä MacPorts

MacPorts -sovelluksessa on käytettävissä useita versioita kääntäjistä.

  • Edut : Asennuksia ryhmässä /opt/local; port select voidaan vaihtaa kääntäjäversioiden välillä (mukaan lukien järjestelmän kääntäjät). Ei häiritse käyttöjärjestelmän päivityksiä.
  • Haitat : Porttien asentaminen pyrkii vaatia kokonaisia ”ohjelmistoekosysteemejä tem ”. Kääntäjät eivät sisällä virheenkorjaussymboleja, jotka voivat aiheuttaa ongelmia virheenkorjainta käytettäessä tai asennettaessa PETSc: tä. ( Sean Farley ehdottaa joitain kiertotapoja.) Vaatii myös muutoksen PATH. Voi häiritä Homebrew- ja Fink-asennuksia. (Katso tämä viesti SuperUserissa .)

Käytä Homebrewia

Homebrew voidaan käyttää myös Fortran-kääntäjän asentamiseen.

  • Edut : Helppokäyttöinen paketinhallinta; asentaa saman Fortran-kääntäjän kuin kohdassa ”Järjestelmän kääntäjiä vastaavan version asentaminen”. Asenna vain tarvitsemasi (toisin kuin MacPorts). Voisi asentaa uudemman GCC (4.7.0) -pinon vaihtoehtoisen arkiston homebrew-dupes avulla.
  • Haitat : Perii kaikki haitat ”Järjestelmän kääntäjiä vastaavan version asentamisesta”.Saattaa joutua noudattamaan Homebrew-paradigmaa, kun asennat muita (muita kuin Homebrew-ohjelmistoja) /usr/local -ohjelmaan, jotta vältetään sekaannukset. Voi häiritä MacPorts- ja Fink-asennuksia. (Katso tämä viesti SuperUserissa .) Tarvitsee muuttaa PATH. Asennukset voivat riippua järjestelmäkirjastoista, mikä tarkoittaa, että Homebrew-pakettien riippuvuudet voivat hajota käyttöjärjestelmän päivityksessä. (Katso tämä artikkeli .) En odota, että järjestelmäkirjastosta riippuvuuksia esiintyy asennettaessa gfortrania, mutta tällaisia riippuvuuksia saattaa olla asennettaessa muita Homebrew-paketteja.

Käytä Fink

Teoriassa voit käyttää Fink -sovellusta gfortranin asentamiseen. Minulla ei ole käytin sitä, enkä tiedä ketään, jolla on (ja halunnut sanoa jotain positiivista).

Muut menetelmät

Muut binäärit ja linkit on lueteltu GFortran wiki . Jotkut linkit on jo lueteltu yllä. Muut asennustavat voivat olla ristiriidassa yllä kuvattujen kanssa; käytä omalla vastuullasi.

Kommentit

  • Oli aika, jolloin Fink oli ensisijainen paketinhallinta MacPortsin sijaan. Lopetin sen käytön vuosia sitten, koska pino oli vanha eikä sitä ylläpidetty ja ' t sisältää monia kirjastoja, joita käytin säännöllisesti. Noin jokaisella menetelmällä täällä päädyt joihinkin paketinhallinnan hallinnoimiin asioihin ja joihinkin käsin rullattuihin asioihin. Homebrew on parempi tällaisessa järjestelmässä, mutta se tarvitsee paljon enemmän kirjastoja ollakseen todella kilpailukykyinen MacPortsin kanssa.
  • Voit käyttää myös projekteja, kuten Sage (sagemath.org) tai Qsnake ( qsnake.com ), jotka lähettävät oman Fortran-kääntäjänsä ja antavat sinun työskennellä " ympäristössä ", johon voit vain soittaa " gfortran ".
  • Minulla on fink ' s gfortran minun 10.5-laatikossa, mutta en ole koskaan pannut sitä todella vakavaan testiin. Se kokoaa cernlibin ja geant3: n, mutta en ole ' tehnyt viime aikoina mitään suuria töitä kummassakaan.
  • Homebrewlle gfortran on nyt asennettu brew install gcc: $ brew install gfortran gives the message: Error: No available formula for gfortran GNU Fortran is now provided as part of GCC, and can be installed with: brew install gcc
  • Linkki Sean Farleylle ' s Wiki -sivu ei enää toimi (viitataan siihen, kuinka virheenkorjaajat saadaan toimimaan MacPorts-asennusten kanssa). Voiko tämän linkittää uudelleen?

Vastaa

EasyBuild ( http://hpcugent.github.com/easybuild ) avulla voit helposti rakentaa ja asentaa omia GCC-kääntäjiäsi.

Periaatteessa annat sille yksinkertaisen helpon kokoonpanon (.eb) tiedosto, joka määrittää, mitä haluat rakentaa (GCC + versio + joukko kieliä, joille haluat kääntäjiä + …), ja sitten rakentaminen ja asentaminen on yksi komento. Sanon sen olevan vähän kuin Homebrew, mutta se antaa sinulle enemmän vapautta.

Lisäksi EasyBuild tukee monia muita (tieteellisiä) ohjelmistopaketteja, jotka voidaan rakentaa ja asentaa yhdellä komennolla, joten se ”kannattaa tutkia.

Vastuuvapauslauseke: Olen osa EasyBuild-tiimiä. GCC: n (sisältäen gfortranin) rakentamisen pitäisi toimia OS X: ssä, mutta muut rakennelmat voivat olla hankalia. Työskentelemme sen kanssa. Kerro meille, jos kohtaat ongelmia.

Kommentit

  • Oletko testannut OS X: ää? sano ' pitäisi toimia ' onko kokemuksesta vai odotuksista?
  • @DeerHunter: Kokemuksesta henkilökohtainen kannettava tietokone on Mac, jossa on OS X. GCC: n rakentaminen toimii, mutta EasyBuildilla tiedetään olevan ongelmia joidenkin muiden koontiversioiden kanssa. Toivomme tutkivan asiaa pian.
  • Äänestys … On käynyt ilmi, että EASY_BUILD on ollut pakkaa python-herkut RPM: iin …
  • @DeerHunter EasyBuild ei tällä hetkellä ' ei tue tavaroiden pakkaamista RPM: iin. Ehkä sinä ' sekoittaa uudelleen EasyBuildin (joka antaa komennon ' eb ') komennolla ' easy_install ', Python-asennustyökalu, jonka tarjoaa setuptools / disitutils?
  • Oletko oikeassa; satunnaismuisti epäonnistumiset. Tarkistetaan joka tapauksessa EasyBuild. Pakkauksen suorittaa fpm

Vastaa

Ehdotan Intel Fortran Composeria MacOS: ssä. Se on hyvä, ajan tasalla ja toimii. Yksi negatiivinen asia, se ei ole ilmainen. Mielestäni on kuitenkin 30 päivän ilmainen arviointi.

Linuxissa ne tarjoavat ilmaisen, ei-kaupallisen version.

Kommentit

  • Linux-käyttäjät voivat myös asentaa Solaris Studion. Se on erittäin hyvin integroitu (C / C ++ / Fortran-kääntäjät). Dbxtool on erittäin hyödyllinen ja niin myös analysaattori (esim. Kilpailuolosuhteiden havaitsemiseksi openmp-ohjelmissa).

Vastaa

Sähköpostiosoitettasi ei julkaista. Pakolliset kentät on merkitty *