Olen lukenut paljon kvantitatiivisesta genetiikasta ja G- (ja B-) matriisi viime aikoina. Saan analyysin tekemisen periaatteen nyt, mutta en ole vielä varma, miten se tehdään. Haluaisin pystyä kokeilemaan sitä joillakin nukilla / vanhoilla tiedoilla R: ssä nähdäksesi, miten se tapahtuu.

Olkoon teeskentelevä, että olen mitannut viisi Drosophilan ominaisuutta (Siipien pituus, elinikä, silmän pigmentaatio, harjasten lukumäärä ja kunto). Voisinko rakentaa G-matriisin populaatiolle näistä tiedoista ja saada myös B-matriisin, jolla mitataan valinnan piirteitä?

viesti:

1) Mitä tietoja (ominaisuusmittaukset, kuntopisteet jne.) tarvitaan G- ja B-matriisien muodostamiseen?

2) Haluaisin löytää painettua tai verkkomateriaalia, joka opastaa minua tämän menetelmän tosiasiallisessa toteuttamisessa. Näyttää siltä, että on olemassa hirvittävän paljon papereita, joissa sanotaan, että G-matriisit ovat hyviä, mutta kukaan ei oikeastaan sano, miten ne tehdään tosielämässä …

Kommentit

  • Linkkisi puhuu vain G-matriisista. En tiedä ' mitä B-matriisi on. Onko sinulla linkki, joka selittää mikä on B-matriisi? Thks
  • @ Remi.b b-matriisi on alimatriisi g-matriisissa (g-matriisi on rakennettu neljästä matriisista, Gm [miehen geneettinen varianssi ja kovarianssi] Gf myös naiselle, B (ja B siirretty) sukupuolen välisen geneettisen kovarianssin avulla
  • Lyhyt kuvaus G-matriisin sisällöstä löytyy tästä kysymyksestä

vastaus

G-matriisin muodostamiseksi tarvitaan additiivisia geneettisiä variansseja ja kovariansseja kaikille ominaisuuksille, joten tarvitsevat yleensä tuloksia jalostuskokeista (esim. fenotyyppiset keski-isovanhempien jälkeläisten tiedot), joihin voit tehdä vanhempien jälkeläisten regressioita. Älä tiedä mitään hyviä online-lähteitä, mutta katso . 2007 s. 534ff jonkin verran tietoa. Olen nähnyt menetelmiä, jotka väittävät, että G-matriisi voidaan arvioida suoraan etuyhteydettömien yksilöiden fenotyyppitiedoista (esim. Zintzaras 2011 ) tai genomitiedoista, esim. SNP: t ( Vattikuti et ai. 2013 ), mutta eivät tunne niitä eivätkä tiedä kuinka luotettavia ne ovat.

Selkeä tausta sekamallien käytöstä G-matriisin arvioimiseksi, mukaan lukien esimerkit / oppaat, voi olla löytyi sivulta Wilson ym. (2009) .

Vai piditkö mielessäsi jotain muuta / jotain tarkempaa?

Kommentit

  • Tässä on luultavasti kaksi näkökohtaa. Ensinnäkin ' haluaisin tietää, miten ne voidaan tehdä. Toiseksi yritän selvittää, voisinko tehdä ne käyttämällä drosophilan hemiklonaalisten linjojen ominaisarvoja siten, että saan sukupuolispesifiset ominaisarvot kullekin haplotyypille ja voin siten tehdä B-matriisin.
  • No, sinun pitäisi olla pystyy saamaan geneettiset varianssit hemiklonaalisista viivoista – sinun on harkittava huolellisesti, kuinka ne lasketaan, ja siepatun perittävyyden määrä. Mitä tarkoitat seuraavilla: " Ensinnäkin haluan tietää, miten ne voidaan tehdä <

div id = ”b61d8966b9″>

. Mitä matriisit sisältävät, miten regressiot voidaan teknisesti muokata tai jotain muuta? Epäilin, että kaipasit jotain erityisempää, mutta sinun tulisi päivittää kysymys, jotta se olisi vähemmän epäselvä.

  • Oletko myös tarkastellut eläinmalleja (tilastolliset sekamallit), missä koko sukutaulua voidaan käyttää arvioimaan G-matriisin komponentteja?
  • mitä tarkoitan " miten ne voidaan tehdä " on millaista tietoa tarvitsen, mitä on mitattava, kuten kysymyksessä jo sanotaan
  • @GriffinEvo Luulen, että tämä on minulle epäselvää; yksinkertaisessa tapauksessa tarvitset G-matriisiin fenotyyppistä tietoa kiinnostavista piirteistä ja tunnetusta suhteesta yksilöiden välillä (esim. vanhempien jälkeläiset). Kirjoitin tämän myös vastaukseeni, mutta ilmeisesti etsit jotain muuta. Esimerkiksi ympäristötekijät, sukupuoli tai tunnettu sukutaulu tarvitset monimutkaisemman tilastomallin, esim. Eläinmallit . Olen päivittänyt vastaukseni paperilla, josta voi olla hyötyä.
  • Vastaa

    Sähköpostiosoitettasi ei julkaista. Pakolliset kentät on merkitty *