Olen lukenut paljon kvantitatiivisesta genetiikasta ja G- (ja B-) matriisi viime aikoina. Saan analyysin tekemisen periaatteen nyt, mutta en ole vielä varma, miten se tehdään. Haluaisin pystyä kokeilemaan sitä joillakin nukilla / vanhoilla tiedoilla R: ssä nähdäksesi, miten se tapahtuu.
Olkoon teeskentelevä, että olen mitannut viisi Drosophilan ominaisuutta (Siipien pituus, elinikä, silmän pigmentaatio, harjasten lukumäärä ja kunto). Voisinko rakentaa G-matriisin populaatiolle näistä tiedoista ja saada myös B-matriisin, jolla mitataan valinnan piirteitä?
viesti:
1) Mitä tietoja (ominaisuusmittaukset, kuntopisteet jne.) tarvitaan G- ja B-matriisien muodostamiseen?
2) Haluaisin löytää painettua tai verkkomateriaalia, joka opastaa minua tämän menetelmän tosiasiallisessa toteuttamisessa. Näyttää siltä, että on olemassa hirvittävän paljon papereita, joissa sanotaan, että G-matriisit ovat hyviä, mutta kukaan ei oikeastaan sano, miten ne tehdään tosielämässä …
Kommentit
- Linkkisi puhuu vain G-matriisista. En tiedä ' mitä B-matriisi on. Onko sinulla linkki, joka selittää mikä on B-matriisi? Thks
- @ Remi.b b-matriisi on alimatriisi g-matriisissa (g-matriisi on rakennettu neljästä matriisista, Gm [miehen geneettinen varianssi ja kovarianssi] Gf myös naiselle, B (ja B siirretty) sukupuolen välisen geneettisen kovarianssin avulla
- Lyhyt kuvaus G-matriisin sisällöstä löytyy tästä kysymyksestä
vastaus
G-matriisin muodostamiseksi tarvitaan additiivisia geneettisiä variansseja ja kovariansseja kaikille ominaisuuksille, joten tarvitsevat yleensä tuloksia jalostuskokeista (esim. fenotyyppiset keski-isovanhempien jälkeläisten tiedot), joihin voit tehdä vanhempien jälkeläisten regressioita. Älä tiedä mitään hyviä online-lähteitä, mutta katso . 2007 s. 534ff jonkin verran tietoa. Olen nähnyt menetelmiä, jotka väittävät, että G-matriisi voidaan arvioida suoraan etuyhteydettömien yksilöiden fenotyyppitiedoista (esim. Zintzaras 2011 ) tai genomitiedoista, esim. SNP: t ( Vattikuti et ai. 2013 ), mutta eivät tunne niitä eivätkä tiedä kuinka luotettavia ne ovat.
Selkeä tausta sekamallien käytöstä G-matriisin arvioimiseksi, mukaan lukien esimerkit / oppaat, voi olla löytyi sivulta Wilson ym. (2009) .
Vai piditkö mielessäsi jotain muuta / jotain tarkempaa?
Kommentit
- Tässä on luultavasti kaksi näkökohtaa. Ensinnäkin ' haluaisin tietää, miten ne voidaan tehdä. Toiseksi yritän selvittää, voisinko tehdä ne käyttämällä drosophilan hemiklonaalisten linjojen ominaisarvoja siten, että saan sukupuolispesifiset ominaisarvot kullekin haplotyypille ja voin siten tehdä B-matriisin.
- No, sinun pitäisi olla pystyy saamaan geneettiset varianssit hemiklonaalisista viivoista – sinun on harkittava huolellisesti, kuinka ne lasketaan, ja siepatun perittävyyden määrä. Mitä tarkoitat seuraavilla: " Ensinnäkin haluan tietää, miten ne voidaan tehdä <
div id = ”b61d8966b9″>
. Mitä matriisit sisältävät, miten regressiot voidaan teknisesti muokata tai jotain muuta? Epäilin, että kaipasit jotain erityisempää, mutta sinun tulisi päivittää kysymys, jotta se olisi vähemmän epäselvä.