Lähes kaikissa bioinformatiikkaa käsittelevissä artikkeleissa, kohtasin suuritehoisen sanan, mutta en löytänyt mitään selitystä siitä (mielestäni se on niin helppo ymmärtää ja siksi kukaan selittää sen, mutta en voinut tehdä sitä). Voiko joku selittää minulle, mitä he tarkoittavat suuritehoisilla? Kiitos jo etukäteen.
Kommentit
- Se ' ei välttämättä ole biologinen termi. merriam-webster.com/dictionary/throughput
- Ha! Joten läpijuoksu vain kääntyy ”läpikäy”! @kanadalainen
Vastaus
Suuritehoinen sekvensointi viittaa nimenomaan sekvensointitekniikoihin, kuten Illumina, joiden avulla voit sekvensoida massiivisia määriä DNA: ta kerralla (satoja tuhansia säikeitä) toisin kuin vanhemmat tekniikat, kuten cDNA: n kloonaus plasmidissa, jota seuraa sekvensointi.
Kommentit
- Haulikkojen sekvensointi käyttää Sanger-sekvensointiprotokollaa.
- Kyllä, kyllä se tekee. En tarkoittanut, että haulikon sekvensointi on suuritehoinen menetelmä. ' muokkaan vastaustani vastaamaan sitä
- anteeksi. Hämmennyin. Selkeää nyt. Mutta silti Sanger-sekvensointi ei ole oikeastaan alhainen suoritusteho. Se on edelleen suuritehoinen, mutta ei yhtä tehokas kuin Illumina.
- Kiitos, mikä olisi hyvä esimerkki matalan suorituskyvyn tekniikasta?
- PCR, Western blot, ELISA, Bradford määritys jne. ovat kaikki pienitehoisia tekniikoita.
Vastaus
Suuri läpäisykyky, kuten kanadalainen kommenteissaan mainitsee viittaa järjestelmän käsittelemään datamäärään. Vaikka CactusWomanin vastaus olisi oikea DNA-sekvensointitapauksessa, suuritehoinen suorituskyky ei todellakaan rajoitu kyseiseen verkkotunnukseen.
Mikä tahansa suuritehoinen tekniikka yrittää mitata useita muuttujia samanaikaisesti. Esimerkkejä ovat muun kuin Next Gen-DNA-sekvensointi, RNA-sekvensointi, proteiinien tunnistaminen ja kvantifiointi massaspektrometrialla (LC-MS), lipidien profilointi GC-MS: llä jne.
On myös keskipitkän läpimenon tekniikoita joka voi mitata useita muuttujia, mutta paljon vähemmän kuin suuritehoiset tekniikat. Monet pienitehoiset tekniikat voidaan muuntaa keskitehoisiksi tietyllä automatisoinnin ja kokeellisella suunnittelulla. Esimerkki sisältäisi reaaliaikaisen PCR: n.
Vastaus
Tämän termin bioinformaattisessa käytössä ei ole mitään erityistä; se on normaalia englantia, joka ei ole erikoistunut ammattikieltä. ”Suorituskyky” tarkoittaa yksinkertaisesti nopeutta, jolla jotain voidaan käsitellä. Suuritehoinen järjestelmä käsittelee asioita suurella nopeudella, ja sitä voitaisiin yhtä hyvin soveltaa genomin sekvensointiin, kaupungin kauttakulkuverkostoon, jalkapallo-ottelun lippuportteihin, perunaa siruksi (perunaksi) jalostavaan tehtaaseen tai prosessoriin tietokoneessa.
Biologiassa suorituskyky viittaa kuitenkin yleensä näytteiden käsittelynopeuteen. ”Alhainen” läpimenomenetelmä on siis menetelmä, jonka suorittaminen voi kestää kauemmin, voidaan soveltaa vain muutamaan näytteeseen tai se on toistettava, jotta saadaan täysi joukko mittauksia eri tekijöistä. ”Suuri” läpimenomenetelmä on yksinkertaisesti nopeampi menetelmä, joka sallii suuremman määrän näytteitä käsitellä samassa tai lyhyemmässä ajassa. Tämä voidaan saavuttaa työskentelemällä nopeammin, käsittelemällä useita näytteitä kerralla tai käsittelemällä samanaikaisesti saman näytteen useita näkökohtia.
Huomaa, että ei ole määritelmää siitä, milloin jostakin tulee ”korkea suorituskyky”; se on yksinkertaisesti ”korkea” verrattuna aikaisempiin menetelmiin, vaikka yleensä odotatkin, että sitä sovelletaan vain silloin, kun uusi menetelmä on monta kertaa nopeampi kuin nykyinen menetelmä, ei pieni lisäparannus.
Vastaus
Suuritehoinen sekvensointi viittaa erityisesti sekvensointitekniikoihin, kuten Illumina, joiden avulla voit sekvensoida massiivisia määriä DNA: ta kerralla, tarkoittaa satoja tuhansia säikeitä. Tuotetaan useita datasekvenssejä samanaikaisesti.
Kommentit
- voitko lisätä viitteen?