Jai obtenu des gènes avec des ratios. À titre dexemple, vous pouvez voir mes données ci-dessous
Gene Control1 Control2 Control3 Treated1 Treated2 Treated3 pps-1 324680000 211350000 356350000 269770000 258080000 292830000 R11A8.7 477490000 610780000 539550000 533590000 530810000 578290000 ugt-21 105080000 103430000 74137000 78915000 42381000 31415000 spp-18 1042800000 615030000 332720000 538340000 448280000 412310000 Ma question est maintenant que jai trois contrôles et trois traités, le contrôle a deux répliques biologiques et traité a deux répliques biologiques
Comment puis-je calculer le changement de pli pour cela?
Je vois deux façons
La première façon que je prends la moyenne de mon groupe de contrôle, appelons-la A (une colonne) Je prends la moyenne de mon groupe traité, de peur de lappeler B (une colonne) Puis je calcule le changement de pli (B / A)
De cette façon, je peux vérifier également si la corrélation entre toutes les répliques biologiques de contrôle ou traitées sont élevées, ce qui indique que prendre la moyenne est bien
La deuxième façon Jeffectue un test de comparaison multiple sur les deux groupes I trouver des gènes régulés et des gènes régulés à la baisse Je jette le reste des gènes Je prends la moyenne de mon groupe de contrôle, appelons-le A (une colonne) Je prends la moyenne de mon groupe traité, de peur de lappeler B (une colonne) Puis je calcule le changement de pli (B / A)
lequel dentre eux a le plus de sens?
Ma principale préoccupation est de savoir comment calculer le changement de pli lorsque jai une réplique biologique,
Jai posté dans le groupe de biologie, ils ont dit quil valait mieux que je le poste ici
Comment alors peut-on calculer les valeurs p pour le pli si cela est basé sur la moyenne
Commentaires
- Je pense que vous voulez dire trois répliques.
- @Student T oui je veux dire
- Croix publiée dans Biology.SE . @NikBernou Ne pas publier de messages croisés sur deux sites. Si vous pensez quun site est meilleur, supprimez la question de lautre site.
- @WYSIWYG Je sais quil a posté de manière croisée. Quoi quil en soit, veuillez revoir ma réponse. Inspiré par votre idée du test t dans lautre article.
Answer
2 🙂 na aucun sens tome. Vous ne feriez un test t entre contrôle / traité que si vous voulez tester la différence dans les moyennes de léchantillon, mais pas pour calculer le changement de pli.
Le changement de pli est généralement calculé simplement par average of group 2/ average of group 1. Je « vais vous donner une preuve, dans http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=49101 , lauteur de DESeq2 a écrit:
(average in group2)/(average in group1)
La question est pourquoi voudriez-vous Vous voulez faire cela? Il existe de bons packages Bioconductor qui peuvent le faire pour vous. Par exemple, DESeq2 applique des méthodes de retrait aux changements de plis. Le changement de pli brut est pas informatif en analyse statistique bioinformatique, car il naborde pas le niveau dexpression (et la variance) du gène. Les gènes hautement et faiblement exprimés peuvent vous donner le même changement de pli, et vous ne voulez pas que cela se produise.
Commentaires
- merci beaucoup beaucoup. en fait cela fait des heures et des heures que jessayais dexpliquer ce que je veux. cela me donne le bon chemin. Je suis plus intéressé à le faire moi-même que de cliquer sur le paquet ressemble un peu à une boîte noire. est-il possible de me donner une explication sur, par exemple, comment ils calculent alors la valeur p pour ce changement de pli? Le savez-vous?
- @NikBernou Je sais un peu. Mais pouvez-vous sil vous plaît accepter la réponse si cela vous aide, puis recommencer question? Cela montrera votre appréciation et les gens seront en mesure de vous aider davantage.
- @NikBernou Je pense que vous ferez mieux dutiliser les progiciels hautement développés et sophistiqués comme DESeq2, et de consacrer quelques efforts à comprendre ce cest ce que font les " boîtes noires ". Essayer de réinventer de tels programmes est très difficile et a tendance à Erreur. Vous pouvez également examiner le code pour voir comment les auteurs du programme traitent des questions telles que les valeurs p.
- @EdM Je suis daccord mais il est difficile de parcourir un paquet lorsque vous ne lavez pas écrit. la plupart de la documentation fait défaut, donc comprendre ce quest vraiment la douleur. Je suis daccord que de tels paquets sont construits pour ceux qui nont aucune connaissance en programmation et cest pourquoi jessaye de faire quelque chose moi-même que je comprends parfaitement. Par exemple, pouvez-vous me dire pourquoi DESeq2 travaille sur des valeurs de comptage et non en continu? vous voyez, cest une boîte noire
- @EdM calculer le changement de pli nest pas un calcul difficile. DESeq2 est destiné à un type spécifique de données.Ce nest pas un outil statistique général. Et, il est toujours bon de connaître les statistiques / mathématiques sous-jacentes au lieu de simplement cliquer sur certains boutons.