Presque tous les articles sur la bioinformatique, jai été confronté au mot haut débit, mais je nai trouvé aucune explication à ce sujet (je pense que cest si facile à comprendre et cest pourquoi quelquun lexplique, mais je ne pouvais pas le faire). Y a-t-il quelquun qui peut mexpliquer ce quils veulent dire par haut débit? Merci davance.
Commentaires
- Ce ' nest pas nécessairement un terme biologique. merriam-webster.com/dictionary/throughput
- Ha! Donc, le débit est simplement inversé « mis à travers »! @canadianer
Réponse
Le séquençage à haut débit fait spécifiquement référence aux techniques de séquençage comme Illumina qui vous permettent de séquencer des quantités massives dADN à la fois (des centaines de milliers de brins), par opposition à des techniques plus anciennes telles que le clonage de lADNc dans des plasmides, suivi dun séquençage.
Commentaires
- Le séquençage Shotgun utilise le protocole de séquençage Sanger.
- Oui, oui. Je nimpliquais pas que le séquençage des fusils de chasse est une méthode à haut débit. Je ' modifierai ma réponse pour refléter cela
- Désolé. Je me suis confus. Clair maintenant. Mais le séquençage de Sanger nest pas vraiment à faible débit. Il est toujours à haut débit mais pas aussi efficace quIllumina.
- Merci, quel serait alors un bon exemple de technique à faible débit?
- PCR, western blots, ELISA, Bradford les tests, etc. sont toutes des techniques à faible débit.
Réponse
Haut débit, comme indiqué par canadianer dans ses commentaires fait référence à la quantité de données traitées par le système. Bien que la réponse de CactusWoman soit correcte pour le cas du séquençage dADN, le haut débit nest pas vraiment confiné à ce domaine.
Toute technique à haut débit tente de mesurer plusieurs variables simultanément. Les exemples incluent, outre le séquençage de lADN Next Gen, le séquençage de lARN, lidentification et la quantification des protéines par spectrométrie de masse (LC-MS), le profilage des lipides par GC-MS, etc.
Il existe également des techniques à débit moyen qui peut mesurer plusieurs variables mais beaucoup moins que les techniques à haut débit. De nombreuses techniques à faible débit peuvent être converties en débit moyen par un certain niveau dautomatisation et de planification expérimentale. Lexemple inclurait la PCR en temps réel.
Réponse
Il ny a rien de particulier à propos de lutilisation bioinformatique de ce terme; cest du jargon anglais normal et non spécialisé. «Débit» signifie simplement la vitesse à laquelle quelque chose peut être traité. Un système à haut débit est un système qui gère les choses à un rythme élevé, et il pourrait également être appliqué au séquençage du génome, à un réseau de transport en commun, aux portes de billetterie lors dun match de football, à une usine de transformation de pommes de terre en chips (frites) ou au processeur. dans votre ordinateur.
En biologie, cependant, le débit fait généralement référence à la vitesse à laquelle les échantillons peuvent être traités. Une méthode à « faible » débit est donc une méthode qui peut prendre plus de temps à mettre en œuvre, ne peut être appliquée quà quelques échantillons, ou doit être répétée afin dobtenir un ensemble complet de mesures de différents facteurs. Une méthode à « haut » débit est simplement une méthode plus rapide, qui permet de traiter un plus grand nombre déchantillons dans le même temps, ou moins. Cela peut être réalisé en travaillant plus rapidement, en traitant plusieurs échantillons à la fois, ou en traitant simultanément plusieurs aspects du même échantillon.
Notez quil ny a pas de définition du moment où quelque chose devient « haut débit »; il est simplement « élevé » par rapport aux méthodes précédentes, bien que vous vous attendiez généralement à ce quil ne soit appliqué que lorsque la nouvelle méthode est plusieurs fois plus rapide que la méthode existante, et non une petite amélioration incrémentielle.
Réponse
Le séquençage à haut débit se réfère spécifiquement aux techniques de séquençage comme Illumina qui vous permettent de séquencer des quantités massives dADN à la fois, ce qui signifie des centaines de milliers de brins. Produire simultanément une multitude de séquences de données.
Commentaires
- pouvez-vous ajouter une référence?