Je suis en train de concevoir un ensemble d’amorces et de lire sur les principes de conception d’amorces, dont l’un est:
Pince GC: La présence de bases G ou C dans les cinq dernières bases de lextrémité 3 « des amorces (pince GC) aide à promouvoir une liaison spécifique à lextrémité 3 » en raison de la liaison plus forte de G et les bases C. Plus de 3 G « s ou C » doivent être évités dans les 5 dernières bases à lextrémité 3 « de lamorce.
De ici .
Ma question est de savoir dans quelle mesure est-il essentiel davoir une pince GC?
Commentaires
- Sil est important davoir G ou C pourquoi éviter plus de 3 G ou C?
- @biogirl plus de G / C devrait être évité car dans un événement dappariement entre les amorces que vous ' ne voulez pas que lappariement soit trop fort. Sinon, vous ' obtiendrez beaucoup de dimères damorces. Ben, le serrage GC est important car il permettra une forte adhérence au 3 ' ce qui est bon pour lallongement mais ce nest pas le paramètre principal à modifier. Il y a dautres paramètres importants à gérer (par exemple lauto-complémentarité, la faible complexité, etc.).
Réponse
Il « est difficile de fournir une réponse objective. Si vous avez une longueur décente et une bonne complexité, même un seul terminal 3 » G ou C ferait laffaire. Bien sûr, il faut prendre en compte le rapport global GC:AT de lamorce et des choses comme la température de recuit.
Ici « s un lien vers diverses opinions sur le sujet et il contient cette pépite (à laquelle je mabonne lorsque cest possible):
FWIW, mes offres préférées aux dieux de la PCR sont des amorces avec un seul G ou C 3 « , FWIW. Semble les garder« heureux »la plupart des phases de la lune.
Réponse
Je vais offrir mon propre compte rendu (empirique) de la conception des amorces. Un GC-clamp aide à la spécificité de lamorçage et contribue donc à lefficacité globale de la réaction PCR. Dans le passé, jai (par nécessité) conçu des amorces qui avaient à la fois trop de serrage GC à lextrémité 3 « et utilisé des amorces sans aucun clampage GC. Ces réactions de PCR ont été réalisées avec succès, avec différents niveaux damorce-dimère formation et efficacité globale.
Daprès mon expérience, le clampage GC est agréable, mais pas strictement nécessaire pour une bonne PCR. Ma règle générale est de terminer mes amorces avec 2 G / C chaque fois que possible. Si quelque chose échoue, ce nest généralement pas le PCR.
Réponse
GC clamping à 3 « , cest avoir un seul G ou C à lextrémité 3 « ou un couple de G/C dans le derniers 6 pb à lextrémité 3 « de lamorce, peuvent aider à retenir lamorce sur le gabarit pendant lallongement, en raison dune liaison plus forte par rapport à A=T. Ce nest pas obligatoire; cest lun des caractères de lamorce qui pourrait améliorer votre réaction PCR.
En même temps, évitez une combinaison séquentielle de GC dans les 6 derniers pb ce qui pourrait conduire à des auto-dimères.
Exemple:
5"-.....GCGC-3" a plus de chances de formation de dimères que 5"-.........GCCG-3"; dans de tels cas, vous pouvez toujours utiliser la dernière séquence damorces.
Réponse
Sauf si vous PCRing quelque chose que vous savez être difficile, utilisez simplement primer3 et ne vous inquiétez pas.