Jai beaucoup lu sur la génétique quantitative et le G- (et B-) matrice récemment. Je comprends maintenant le principe de lanalyse, mais je ne sais toujours pas comment le faire. Jaimerais pouvoir lessayer avec des données factices / anciennes dans R pour voir comment cela se passe.
Supposons que jai mesuré 5 traits de la drosophile (longueur de laile, durée de vie, pigmentation des yeux, nombre de poils et forme physique). Puis-je construire une matrice G pour la population à partir de ces données et aussi obtenir une matrice B pour mesurer la sélection sur les traits?
Objectifs du post:
1) Quelles informations (mesures des traits, scores de fitness, etc.) sont nécessaires pour construire les matrices G et B?
2) Jaimerais trouver du matériel imprimé ou en ligne qui me guiderait dans la mise en œuvre effective de cette méthode. Il semble quil y ait énormément darticles disant que les matrices G sont excellentes, mais personne ne dit vraiment comment les faire dans la vraie vie …
Commentaires
- Votre lien ne parle que de G-matrix. Je ne ' ne sais pas ce quest une matrice B. Avez-vous un lien qui explique ce quest une matrice B? Thks
- @ Remi.b La b-matrice est une sous-matrice au sein de la g-matrice (la matrice g est constituée de quatre sous-matrices, Gm [variance et covariance génétiques mâles] Gf pour les femelles aussi, B (et B transposés) avec la covariance génétique croisée
- Une brève description de ce quest une G-matrice peut être trouvée dans cette question
Réponse
Pour construire la matrice G, vous avez besoin de variances et de covariances génétiques additives pour tous les caractères, donc vous ont normalement besoin de résultats dexpériences de sélection (par exemple, des données phénotypiques sur la progéniture des parents-parents), sur lesquels vous pouvez effectuer des régressions parent-progéniture. Je ne connais pas de bonnes sources en ligne, mais voir Balding et al . 2007 p. 534ff pour quelques informations. Jai vu des méthodes qui prétendent que la matrice G peut être estimée directement à partir de données phénotypiques dindividus non apparentés (par exemple Zintzaras 2011 ) ou à partir dinformations génomiques, par exemple des SNP ( Vattikuti et al. 2013 ), mais ne les connaissent pas et ne savent pas à quel point ils sont fiables.
Un contexte clair sur lutilisation de modèles mixtes pour estimer la matrice G, y compris des exemples / tutoriels, peut être trouvé dans Wilson et al (2009) .
Ou aviez-vous autre chose / quelque chose de plus spécifique en tête?
Commentaires
- Il y a vraiment deux aspects à cela pour moi je suppose. Premièrement, jaimerais ' savoir comment procéder. Deuxièmement, jessaie de comprendre si je pourrais les faire en utilisant les valeurs de trait de lignées hémiclonales de drosophile de telle sorte que jobtienne des valeurs de trait spécifiques au sexe pour chaque haplotype et que je puisse donc créer une matrice B.
- Eh bien, vous devriez être capable dobtenir des variances génétiques à partir de lignées hémiclonales – vous devez cependant examiner attentivement comment les calculer et la quantité dhéritabilité capturée. Que voulez-vous dire par: " Premièrement, jaimerais ' savoir comment cela peut être fait ". Que contiennent les matrices, comment effectuer techniquement les régressions ou autre chose? Je soupçonnais que vous recherchiez quelque chose de plus spécifique, mais vous devriez mettre à jour la question pour la rendre moins claire.
- Avez-vous également examiné les Modèles animaux (modèles statistiques mixtes), où tout le pedigree peut être utilisé pour estimer les composants de la matrice G?
- ce que je veux dire par " comment les faire " est le type de données dont jai besoin, ce qui doit être mesuré, comme cela est déjà dit dans la question
- @GriffinEvo Je suppose que cest ce qui ne mest pas clair; dans le cas simple, ce dont vous avez besoin pour une matrice G, ce sont des données phénotypiques sur les traits dintérêt et une relation connue entre les individus (par exemple parent-progéniture). Jai également écrit ceci dans ma réponse, mais apparemment vous cherchez autre chose. Pour prendre en compte par exemple facteurs environnementaux, sexe ou généalogie connue, vous avez besoin dun modèle statistique plus complexe, par ex. Modèles animaux . Jai mis à jour ma réponse avec un article qui pourrait être utile.