ho ottenuto geni con rapporti. Come piccolo esempio puoi vedere i miei dati di seguito
Gene Control1 Control2 Control3 Treated1 Treated2 Treated3 pps-1 324680000 211350000 356350000 269770000 258080000 292830000 R11A8.7 477490000 610780000 539550000 533590000 530810000 578290000 ugt-21 105080000 103430000 74137000 78915000 42381000 31415000 spp-18 1042800000 615030000 332720000 538340000 448280000 412310000 Ora la mia domanda è che ho tre controlli e tre trattati, Controllo ha due replicati biologici e Trattato ha due repliche biologiche
Come posso calcolare il cambio di piega per esso?
Vedo due modi
Il primo modo in cui prendo la media del mio gruppo di controllo, chiamiamola A (una colonna) prendo la media del mio gruppo trattato, per timore di chiamarla B (una colonna) Quindi calcolo il cambio di piega (B / A)
In questo modo posso verificare anche se la correlazione tra tutti i replicati biologici del controllo o trattati sono alti, il che indica che la media va bene
Il secondo modo Eseguo test di confronto multiplo su entrambi i gruppi I. trova geni up regolati e geni down regolati Scarto il resto dei geni Prendo la media del mio gruppo di controllo, chiamiamolo A (una colonna) prendo la media del mio gruppo trattato, per timore di chiamarla B (una colonna) Quindi calcolo the fold change (B / A)
quale di loro ha più senso?
La mia preoccupazione principale è come calcolare la variazione di piega quando ho una replica biologica,
Ho postato nel gruppo di biologia, hanno detto che è meglio che lo pubblichi qui
Come si possono calcolare i valori p per il cambio di piega se si basa sulla media
Commenti
- Penso che tu intenda tre repliche.
- @Student T sì, intendo
- Cross pubblicato in Biology.SE . @NikBernou Non cross post su due siti. Se pensi che un sito sia migliore, elimina la domanda nellaltro sito.
- @WYSIWYG So che ha postato in modo incrociato. Comunque, per favore rivedi la mia risposta. Ispirato dalla tua idea di t-test nellaltro post.
Risposta
2 🙂 non ha senso per me. Faresti solo un test t tra controllo / trattato se vuoi testare la differenza nelle medie del campione, ma non per calcolare il cambio di piega.
Il cambio di piega viene solitamente calcolato semplicemente con average of group 2/ average of group 1. Ti darò una prova, in http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=49101 , lautore di DESeq2 ha scritto:
(average in group2)/(average in group1)
La domanda è perché vorresti Vuoi farlo? Esistono buoni pacchetti Bioconductor che possono farlo per te. Ad esempio, DESeq2 applica metodi di restringimento ai cambi di piegatura. Il cambio di piega grezzo è non informativo nellanalisi statistica bioinformatica, perché non “t indirizza il livello di espressione (e la varianza) del gene. I geni espressi in modo alto e basso possono darti lo stesso cambio di piega e non vuoi che ciò accada.
Commenti
- grazie mille molto. in realtà sono passate ore e ore che stavo cercando di spiegare quello che voglio. questo mi dà la strada giusta. Sono più interessato a farlo da solo che fare clic sul pacchetto sembra un po una scatola nera. è possibile darmi una spiegazione, ad esempio, su come calcolano il valore p per questo cambio di piega? lo sai?
- @NikBernou Lo so. Ma puoi accettare la risposta se aiuta e quindi iniziare una nuova domanda? Questo mostrerà il tuo apprezzamento e le persone saranno in grado di aiutarti di più.
- @NikBernou Penso che starai meglio usando i pacchetti sofisticati e altamente sviluppati come DESeq2 e dedicando qualche sforzo per capire cosa tali " scatole nere " lo fanno. Cercare di reinventare tali programmi è pieno di difficoltà e incline a errore. Puoi anche esaminare il codice per vedere come gli autori del programma affrontano questioni come i valori p.
- @EdM Sono daccordo ma è difficile leggere un pacchetto quando non lhai scritto tu. manca la maggior parte della documentazione, quindi sottostimare ciò che è veramente dolore. Sono daccordo che tali pacchetti siano creati per coloro che non hanno conoscenze di programmazione e questo è il motivo per cui sto cercando di creare qualcosa che io comprenda pienamente. Ad esempio, puoi dirmi perché DESeq2 sta lavorando su valori di conteggio e non continui? vedi, è una scatola nera
- @EdM che calcola il cambio di piegatura non è un calcolo difficile. DESeq2 è pensato per un tipo specifico di dati.Non è uno strumento statistico generale. Ed è sempre bene conoscere le statistiche / matematica sottostanti invece di fare semplicemente clic su alcuni pulsanti.