Ho letto molto sulla genetica quantitativa e sul G- (e B-) matrix ultimamente. Ora capisco il principio alla base dellanalisi, ma non sono ancora sicuro di come farlo. Mi piacerebbe poterlo provare con alcuni dati fittizi / vecchi in R per vedere come è fatto.
Facciamo finta di aver misurato 5 tratti della Drosophila (lunghezza dellala, durata della vita, pigmentazione degli occhi, numero di setole e forma fisica). Potrei costruire una matrice G per la popolazione da questi dati e ottenere anche una matrice B per misurare la selezione sui tratti?
Obiettivi del post:
1) Quali informazioni (misurazioni dei tratti, punteggi fitness ecc.) sono necessarie per costruire matrici G e B?
2) Vorrei trovare materiale cartaceo o online che mi guidasse nellattuazione effettiva di questo metodo. Sembra che ci siano un sacco di articoli che dicono che le matrici G sono fantastiche, ma nessuno dice davvero come farle nella vita reale …
Commenti
- Il tuo link parla solo di matrice G. Non ' non so cosa sia una matrice B. Hai un link che spiega cosè una matrice B? Thks
- @ Remi.b La matrice b è una sottomatrice allinterno della matrice g (la matrice g è composta da quattro matrici, Gm [varianza genetica maschile e covarianza] Gf anche per la femmina, B (e B trasposto) con la covarianza genetica del sesso incrociato
- Una breve descrizione di cosa sia una matrice G può essere trovata in questa domanda
Risposta
Per costruire la matrice G hai bisogno di varianze genetiche e covarianze additive per tutti i tratti, quindi normalmente sono necessari risultati da esperimenti di riproduzione (ad es. dati fenotipici di metà genitore-prole), su cui è possibile eseguire regressioni genitore-prole. Non “conosci nessuna buona fonte online ma vedi Balding et al . 2007 p. 534ff per alcune informazioni. Ho visto metodi che affermano che la matrice G può essere stimata direttamente da dati fenotipici di individui non imparentati (ad esempio Zintzaras 2011 ) o da informazioni genomiche, ad esempio SNP ( Vattikuti et al. 2013 ), ma non hanno familiarità con questi e non so quanto siano affidabili.
Può essere utile avere un background chiaro sullutilizzo di modelli misti per stimare la matrice G, inclusi esempi / tutorial trovato in Wilson et al (2009) .
O avevi qualcosaltro / qualcosa di più specifico in mente?
Commenti
- Credo che ci siano due aspetti in questo per me. Innanzitutto, ' vorrei sapere come possono essere eseguiti. In secondo luogo, sto cercando di capire se potrei farli usando i valori dei tratti dalle linee emiclonali della drosofila in modo tale da ottenere valori dei tratti specifici del sesso per ogni aplotipo e quindi posso creare una matrice B.
- Bene, dovresti essere in grado di ottenere varianze genetiche dalle linee emiclonali – è necessario considerare attentamente come calcolarle e la quantità di ereditabilità catturata. Cosa intendi con: " In primo luogo, ' vorrei sapere come si possono fare ". Cosa contengono le matrici, come eseguire tecnicamente le regressioni o qualcosaltro? Sospettavo che stavi cercando qualcosa di più specifico, ma dovresti aggiornare la domanda per renderla meno chiara.
- Inoltre, hai esaminato i Modelli animali (modelli statistici misti), dove lintero albero genealogico può essere utilizzato per stimare i componenti della matrice G?
- cosa intendo per " come possono essere eseguiti " è di che tipo di dati ho bisogno, cosa deve essere misurato, come già dice nella domanda
- @GriffinEvo Immagino che questo sia ciò che non mi è chiaro; nel caso semplice, ciò di cui hai bisogno per una matrice G sono dati fenotipici sui tratti di interesse e una relazione nota tra individui (ad esempio genitore-figlio). Lho scritto anche nella mia risposta, ma a quanto pare stai cercando qualcosaltro. Per tenere conto ad es. fattori ambientali, sesso o un pedigree noto è necessario un modello statistico più complesso, ad es. Modelli animali . Ho aggiornato la mia risposta con un documento che potrebbe essere utile.