Quasi tutti gli articoli sulla bioinformatica, ho affrontato la parola high-throughput, ma non sono riuscito a trovare alcuna spiegazione (Penso che sia così facile da capire e questo è il motivo per cui qualcuno lo spiega ma non ho potuto farlo). Cè qualcuno che può spiegarmi cosa si intende per produttività elevata? Grazie in anticipo.
Commenti
- ' non è necessariamente un termine biologico. merriam-webster.com/dictionary/throughput
- Ah! Quindi il throughput viene semplicemente invertito “messo attraverso”! @canadianer
Risposta
Il sequenziamento ad alta velocità si riferisce specificamente a tecniche di sequenziamento come Illumina che consentono di sequenziare enormi quantità di DNA contemporaneamente (centinaia di migliaia di filamenti), al contrario di tecniche più vecchie come la clonazione del cDNA nei plasmidi, seguita dal sequenziamento.
Commenti
- Il sequenziamento del fucile usa il protocollo di sequenziamento Sanger.
- Sì, sì, lo fa. Non stavo insinuando che il sequenziamento del fucile a pompa sia un metodo ad alto rendimento. ' modifico la mia risposta in modo che rifletta ciò
- Mi dispiace. Mi sono confuso. Chiaro adesso. Tuttavia, il sequenziamento di Sanger non ha un throughput davvero basso. È ancora ad alto rendimento ma non efficiente come Illumina.
- Grazie, quale sarebbe un buon esempio di una tecnica a basso rendimento allora?
- PCR, western blots, ELISA, Bradford analisi ecc. sono tutte tecniche a bassa produttività.
Risposta
Alta produttività, come indicato da canadianer nei loro commenti si riferisce alla quantità di dati elaborati dal sistema. Anche se la risposta di CactusWoman sarebbe corretta per il caso del sequenziamento del DNA, lelevato rendimento non è realmente limitato a quel dominio.
Qualsiasi tecnica ad alto rendimento cerca di misurare più variabili contemporaneamente. Gli esempi includono, oltre al sequenziamento del DNA di nuova generazione, il sequenziamento dellRNA, lidentificazione e la quantificazione delle proteine mediante spettrometria di massa (LC-MS), il profilo dei lipidi mediante GC-MS ecc.
Esistono anche tecniche a media produttività in grado di misurare diverse variabili ma molto meno delle tecniche ad alto rendimento. Molte tecniche a bassa velocità possono essere convertite in velocità medie con un certo livello di automazione e pianificazione sperimentale. Lesempio potrebbe includere la PCR in tempo reale.
Risposta
Non cè niente di particolare nelluso bioinformatico di questo termine; è normale inglese non gergo specializzato. “Throughput” significa semplicemente la velocità con cui qualcosa può essere elaborato. Un sistema ad alto rendimento è quello che gestisce le cose a un ritmo elevato e potrebbe essere applicato allo stesso modo al sequenziamento del genoma, a una rete di transito cittadino, ai gate di biglietteria a una partita di calcio, a una fabbrica che trasforma le patate in patatine fritte o al processore nel tuo computer.
In biologia, tuttavia, il throughput di solito si riferisce alla velocità con cui i campioni possono essere elaborati. Un metodo a “bassa” produttività è quindi un metodo che può richiedere più tempo per essere eseguito, può essere applicato solo a pochi campioni o deve essere ripetuto per ottenere una serie completa di misurazioni di diversi fattori. Un metodo di produttività “elevato” è semplicemente un metodo più veloce, che consente di elaborare un numero maggiore di campioni nello stesso tempo, o meno. Ciò può essere ottenuto lavorando più velocemente, elaborando più campioni contemporaneamente o gestendo simultaneamente più aspetti dello stesso campione.
Si noti che non esiste una definizione di quando qualcosa diventa “high throughput”; è semplicemente “alto” rispetto ai metodi precedenti, anche se normalmente ti aspetteresti che venga applicato solo quando il nuovo metodo è molte volte più veloce del metodo esistente, non un piccolo miglioramento incrementale.
Risposta
Il sequenziamento ad alto rendimento si riferisce specificamente a tecniche di sequenziamento come Illumina che consentono di sequenziare enormi quantità di DNA contemporaneamente significa centinaia di migliaia di filamenti. Produzione simultanea di una moltitudine di sequenze di dati.
Commenti
- puoi aggiungere un riferimento?