Nesten alle papirene om bioinformatikk, jeg møtte high-throughput-ordet, men jeg kunne ikke finne noen forklaring om det (jeg synes det er så lett å forstå, og det er derfor noen forklarer det, men jeg kunne ikke gjøre det). Er det noen som kan forklare meg hva de mener med høy gjennomstrømning? Takk på forhånd.
Kommentarer
- Det ' er ikke nødvendigvis et biologisk begrep. merriam-webster.com/dictionary/throughput
- Ha! Så gjennomstrømningen er bare omvendt «gjennomført»! @canadianer
Svar
Sekvensering med høy gjennomstrømning refererer spesifikt til sekvenseringsteknikker som Illumina som lar deg sekvensere store mengder DNA på en gang (hundretusener av tråder), i motsetning til eldre teknikker som kloning av cDNA i plasmider, etterfulgt av sekvensering.
Kommentarer
- Hagle-sekvensering bruker Sanger-sekvenseringsprotokoll.
- Ja, ja det gjør det. Jeg antydet ikke at sekvensering av hagle er en metode for høy gjennomstrømning. Jeg ' Jeg redigerer svaret mitt for å gjenspeile det
- Beklager. Jeg ble forvirret. Fjern nå. Men fremdeles er ikke Sanger-sekvensering veldig lav gjennomstrømning. Det er fortsatt høy gjennomstrømning, men ikke så effektivt som Illumina.
- Takk, hva ville være et godt eksempel på en lav gjennomstrømningsteknikk da?
- PCR, western blots, ELISA, Bradford analyser osv. er alle teknikker med lav gjennomstrømning.
Svar
Høy gjennomstrømning, som angitt av canadianer i deres kommentarer refererer til mengden data som behandles av systemet. Selv om svaret fra CactusWoman ville være riktig i tilfelle DNA-sekvensering, er ikke høy gjennomstrømning egentlig begrenset til det domenet.
En hvilken som helst teknikk med høy gjennomstrømning prøver å måle flere variabler samtidig. Eksemplene inkluderer, annet enn Next Gen DNA-sekvensering, RNA-sekvensering, proteinidentifisering og kvantifisering ved massespektrometri (LC-MS), lipidprofilering ved GC-MS etc.
Det er også teknikker for middels gjennomstrømning som kan måle flere variabler, men mye mindre enn teknikker for høy gjennomstrømning. Mange teknikker med lav gjennomstrømning kan konverteres til middels gjennomstrømning ved hjelp av automatiseringsnivå og eksperimentell planlegging. Eksempel vil omfatte sanntids PCR.
Svar
Det er ikke noe særlig om den bioinformatiske bruken av dette begrepet; det er vanlig engelsk ikke spesialisert sjargong. «Gjennomstrømning» betyr ganske enkelt hastigheten som noe kan behandles med. Et høyt gjennomstrømmingssystem er et som håndterer ting i høy hastighet, og det kan brukes like mye på genomsekvensering, et bytransittnettverk, billettportene på en fotballkamp, en fabrikk som behandler poteter til chips (frites) eller prosessoren på datamaskinen din.
I biologi refererer imidlertid gjennomstrømning vanligvis til hastigheten som prøver kan behandles med. En «lav» gjennomstrømningsmetode er derfor en som kan ta lengre tid å utføre, bare kan brukes på noen få prøver, eller trenger å gjentas for å oppnå et komplett sett med målinger av forskjellige faktorer. En «høy» gjennomstrømningsmetode er rett og slett en raskere metode, som gjør det mulig å behandle et større antall prøver på samme eller mindre tid. Dette kan oppnås ved å jobbe raskere, behandle flere prøver samtidig, eller samtidig håndtere flere aspekter av samme prøve.
Merk at det ikke er noen definisjon på når noe blir «høy gjennomstrømning»; den er rett og slett «høy» i forhold til tidligere metoder, selv om du vanligvis forventer at den bare blir brukt når den nye metoden er mange ganger raskere enn den eksisterende metoden, ikke en liten trinnvis forbedring.
Svar
Sekvensering med høy gjennomstrømning refererer spesifikt til sekvenseringsteknikker som Illumina som lar deg sekvensere store mengder DNA på en gang betyr hundretusener av tråder. Produserer en rekke datasekvenser samtidig.
Kommentarer
- kan du legge til en referanse?