Jeg har lest mye om kvantitativ genetikk og G- (og B-) matrise i det siste. Jeg får prinsippet bak å utføre analysen nå, men jeg er fortsatt ikke sikker på hvordan jeg skal gjøre det. Jeg vil gjerne kunne prøve det med noen dummy / gamle data i R for å se hvordan det gjøres.
La oss late som om jeg har målt 5 trekk ved Drosophila (Vingelengde, levetid, øyepigmentering, bustnummer og kondisjon). Kan jeg konstruere en G-matrise for populasjonen ut fra disse dataene og også få en B-matrise for å måle utvalget på egenskapene?
Mål for post:
1) Hvilken informasjon (trekkmålinger, kondisjonspoeng osv.) er nødvendig for å konstruere G- og B-matriser?
2) Jeg vil finne utskriftsmateriale eller elektronisk materiale som kan veilede meg i å implementere denne metoden. Det virker som om det er veldig mange papirer som sier at G-matriser er gode, men ingen sier faktisk hvordan de skal gjøres i det virkelige liv …
Kommentarer
- Linken din snakker bare om G-matrise. Jeg vet ikke ' hva en B-matrise er. Har du en lenke som forklarer hva som er en B-matrise? Thks
- @ Remi.b B-matrisen er en submatrise i g-matrisen (g-matrisen er konstruert av fire submatriser, Gm [mannlig genetisk varians og kovarians] Gf også for kvinner, B (og B transponert) med kryss kjønn genetisk kovarians
- En kort beskrivelse av hva som er en G-matrise finner du i dette spørsmålet
Svar
For å konstruere G-matrisen trenger du additive genetiske avvik og kovarianter for alle egenskaper, så du trenger vanligvis resultater fra avlseksperimenter (f.eks. fenotypiske data fra mid-og-avkom), som du kan gjøre foreldre-avkom-regresjoner på. Ikke vet noen gode online-kilder, men se Balding et al. 2007 s. 534ff for litt info. Jeg har sett metoder som hevder at G-matrisen kan estimeres direkte fra fenotypiske data fra ikke-relaterte individer (f.eks. Zintzaras 2011 ) eller fra genomisk info, for eksempel SNP ( Vattikuti et al. 2013 ), men er ikke kjent med disse og vet ikke hvor pålitelige de er.
En klar bakgrunn for bruk av blandede modeller for å estimere G-matrisen, inkludert eksempler / veiledninger, kan være funnet i Wilson et al (2009) .
Eller hadde du noe annet / noe mer spesifikt i tankene?
Kommentarer
- Det er egentlig to aspekter ved dette for meg antar jeg. For det første vil jeg ' vite hvordan de kan gjøres. For det andre prøver jeg å finne ut om jeg kunne gjøre dem ved hjelp av trekkverdier fra hemiklonale linjer av drosophila, slik at jeg får kjønnsspesifikke egenskaper for hver haplotype og derfor kan lage en B-matrise.
- i stand til å få genetiske avvik fra hemiklonale linjer – du må nøye vurdere nøyaktig hvordan du skal beregne dem og hvor mye arvelighet som er fanget. Hva mener du med: " For det første vil jeg ' vite hvordan de kan gjøres ". Hva matrisene inneholder, hvordan man teknisk kan forme regresjonene eller noe annet? Jeg mistenkte at du hadde lyst på noe mer spesifikt, men du bør oppdatere spørsmålet for å gjøre det mindre uklart.
- Har du også sett på Dyremodeller (statistiske blandede modeller), hvor hele stamtavlen kan brukes til å estimere komponenter i G-matrisen?
- hva jeg mener med " hvordan de kan gjøres " er hva slags data trenger jeg, hva som måles, som det allerede står i spørsmålet
- @GriffinEvo Jeg antar at dette er det som er uklart for meg; i det enkle tilfellet er det du trenger for en G-matrise fenotypiske data om egenskapene av interesse og et kjent forhold mellom individer (for eksempel foreldre-avkom). Jeg skrev også dette i svaret mitt, men tilsynelatende leter du etter noe annet. Å redegjøre for f.eks. miljøfaktorer, kjønn eller en kjent stamtavle trenger du en mer kompleks statistisk modell, f.eks. Dyremodeller . Jeg har oppdatert svaret mitt med et papir som kan være til nytte.