Jeg har fått gener med forhold. Som et lite eksempel kan du se dataene mine nedenfor
Gene Control1 Control2 Control3 Treated1 Treated2 Treated3 pps-1 324680000 211350000 356350000 269770000 258080000 292830000 R11A8.7 477490000 610780000 539550000 533590000 530810000 578290000 ugt-21 105080000 103430000 74137000 78915000 42381000 31415000 spp-18 1042800000 615030000 332720000 538340000 448280000 412310000 Nå er spørsmålet mitt at jeg har tre kontroller og tre behandlet, kontroll har to biologiske replikater og behandlet har to biologiske replikater
Hvordan kan jeg beregne foldendringen for den?
Jeg ser to måter
Den første måten Jeg tar gjennomsnittet av kontrollgruppen min, la oss kalle det A (en kolonne) Jeg tar gjennomsnittet av min behandlede gruppe, sånn at jeg ikke kaller det B (en kolonne) Så beregner jeg foldendringen (B / A)
På denne måten kan jeg også sjekke om korrelasjonen mellom alt biologisk replikat av kontroll eller behandlet er høyt, noe som indikerer at gjennomsnittet er greit
Den andre måten Jeg utfører multisammenligningstest på begge gruppe I finne opp regulerte gener og ned regulerte gener Jeg kaster resten av genene jeg tar gjennomsnittet av kontrollgruppen min, la oss kalle det A (en kolonne) Jeg tar gjennomsnittet av min behandlede gruppe, sånn at jeg ikke kaller det B (en kolonne) Så beregner jeg foldendringen (B / A)
hvilken av dem gir mer mening?
Min største bekymring er hvordan jeg skal beregne foldeforandringen når jeg har biologisk replikat,
Jeg postet i biologigruppe de sa at det er bedre jeg legger det ut her
Hvordan kan man da beregne p-verdier for foldendring hvis det er basert på gjennomsnitt
Kommentarer
- Jeg tror du mener tre replikater.
- @Student T ja jeg mener
- Krysspost i Biology.SE . @NikBernou Ikke kryss innlegg på to nettsteder. Hvis du mener det ene nettstedet er bedre, så slett spørsmålet på det andre nettstedet.
- @WYSIWYG Jeg vet at han krysspostet. Uansett, vennligst gå gjennom svaret mitt. Inspirert av ideen din om t-test i det andre innlegget.
Svar
2 🙂 gir ingen mening til meg. Du vil bare gjøre en t-test mellom kontroll / behandlet hvis du vil teste for forskjell i eksemplet, men ikke for å beregne fold-endringen.
Foldendring beregnes vanligvis bare ved å average of group 2/ average of group 1. Jeg vil gi deg et bevis i http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=49101 , skrev forfatteren av DESeq2:
(average in group2)/(average in group1)
Spørsmålet er hvorfor vil du ønsker å gjøre dette? Det er gode Bioconductor-pakker som kan gjøre det for deg. For eksempel bruker DESeq2 krympemetoder til fold-endringene. Rå fold-endring er ikke informativ i bioinformatisk statistisk analyse, fordi den ikke adresserer ekspresjonsnivået (og variansen) av genet. Gener med høyt og lite uttrykk kan gi deg samme fold-change, og du vil ikke at dette skal skje.
Kommentarer
- takk så mye. faktisk har det vært time og time jeg prøvde å forklare hva jeg vil. dette gir meg riktig vei. Jeg er mer interessert i å gjøre det av meg selv enn å klikke på pakken ser litt svart boks ut. er det mulig å gi meg en forklaring på for eksempel hvordan da beregner de p-verdien for denne foldendringen? vet du?
- @NikBernou jeg vet liksom. Men kan du godta svaret hvis det hjelper og deretter starte en ny spørsmål? Dette vil vise din takknemlighet og folk vil kunne hjelpe deg mer.
- @NikBernou Jeg tror du vil ha det bedre å bruke de høyt utviklede, sofistikerte pakkene som DESeq2, og bruke litt innsats på å forstå hva slike " sorte bokser " gjør faktisk. Å prøve å finne på slike programmer er fylt med vanskeligheter og utsatt for feil. Du kan også undersøke koden for å se hvordan forfatterne av programmet takler saker som p-verdier.
- @EdM Jeg er enig, men det er vanskelig å gå gjennom en pakke når du ikke skrev den. det meste av dokumentasjonen mangler, så underdriv hva som egentlig er smerte. Jeg er enig i at slike pakker er laget for de som ikke har noen programmeringskunnskap, og at si hvorfor jeg prøver å lage noe selv som jeg forstår det fullt ut. Kan du for eksempel fortelle meg hvorfor DESeq2 jobber med telleverdier og ikke kontinuerlig? ser du, det er en svart boks
- @EdM å beregne foldendring er ikke en vanskelig beregning. DESeq2 er ment for en bestemt type data.Det er ikke et generelt statistisk verktøy. Og det er alltid godt å kjenne den underliggende statistikken / matematikken i stedet for bare å klikke på noen knapper.