I kjemi er en frostsirkel en rask metode for å estimere de relative energinivåene til pi-molekylære orbitaler i en syklisk forbindelse og deretter basert på elektronplasseringsdommer dens aromatiske egenskaper. Jeg ser etter en måte å lage disse på i LaTeX, helst ved å bruke funksjonaliteten til pakker som chemfig og tikzorbital, men jeg vil avgjøre for en tikz eneste løsning.

En frostsirkel opprettes ved å innskrive polygonet for den sykliske forbindelsen (for eksempel en vanlig sekskant for benzen) inne i en sirkel med ett toppunkt av polygonet orientert nedover. Hvert sted hvor et toppunkt på polygonet berører sirkelen, er dette en molekylær bane som kan ha opptil to elektroner i seg (representert med fiskehakepiler). Orbitalene under den horisontale linjen som halverer sirkelen er bindende orbitaler. De ovennevnte er antibondende orbitaler. Eventuelle orbitaler som ligger på linjen er ikke-bindende orbitaler. Elektroner er plassert i orbitalene etter noen regler. for å øke energien.

  • Pauli-utelukkelsesprinsippet: Hver bane kan bare inneholde to elektroner og ir spinn (pilretninger) må være motsatt.
  • Hunds regel: Hvis to orbitaler har samme energi, gjør en elektron inn i hver før den enten får sitt andre elektron.
  • Her er en lengre beskrivelse av metoden og dens anvendelse.

    Min ideelle løsning er ny kommando som tar ringestørrelse og antall elektroner som inngang og bygger frostsirkler som følgende eksempler av:

    • Tegning av sirkelen
    • Skrive den vanlige polygonen med antall sider som er lik ringstørrelse (opp til 10)
    • Tegning av horisontale linjesegmenter på polygonets hjørner for molekylære orbitaler
    • Tegning av den vertikale energiaksen
    • Tegning av den stiplede linjen for bindingen / antibonding divisjon
    • Populering av antall elektroner etter reglene ovenfor

    Her er noen eksempler: benzen (ringstørrelse = 6, elektroner = 6)

    frostsirkel for benzen

    cyklopentadienylkation (ringstørrelse = 5, elektroner = 4)

    frostsirkel med 5 atomer og 4 elektroner

    cyclooctatetraene (ringstørrelse = 8, elektroner = 8)

    skriv inn bildebeskrivelse her

    Kommentarer

    • Unnskyld meg veldig mye for denne kommentaren. Men har du sett disse bildene?
    • @ Sebastiano – Jeg laget disse bildene i programvare for kjemitegning, men hver og en tok omtrent 10 minutter. Fordi de inneholder en blanding av kjemisk struktur og ikke-strukturelle elementer, kan jeg ikke eksportere dem som vektorgrafikk. Hvis jeg kunne gjøre det, ville jeg bare importert dem til latexdokumentet mitt på den måten. Jeg jobber med et dokument der jeg kanskje vil tegne dusinvis av disse.
    • Bildene er skarpe og klare selv uten svg-format, du kan bare lagre png-bilder i stor skala slik at når de er zoomet ut når de er inkludert i PDF-filen, blir de enda jevnere.
    • @AboAmmar – Jeg forstår det, men tidsforpliktelsen til å lage en er stor for veldig repeterende arbeid. Jeg vil gjerne ha en makro som automatiserer den siden jeg planlegger å lage dusinvis av disse.
    • @ BenNorris Du kan tegne bildene dine ved hjelp av Mathcha-redigereren. mathcha.io/editor

    Svar

    Her er en helautomatisk løsning. Anropene for de tre eksemplene dine er

    \frost{6}{6} \frost{5}{4} \frost{8}{8} 

    Det er et valgfritt argument for radiusstørrelse. Standard er 1 cm. Så frost[2cm]{6}{6} vil ha en radius på 2 cm.

    skriv inn bildebeskrivelse her

    Merk: Dette fungerer bare (for øyeblikket) hvis det er et jevnt antall elektroner.

    \documentclass{article} \usepackage{tikz} \usepackage{ifthen} \usetikzlibrary{decorations.markings} \tikzset% Define decorations {updown/.style={postaction=decorate, decoration={markings, mark=at position .5 with {\draw[line join=round] (-2pt,-\arrlen)--++(0pt,2*\arrlen)--(-4pt,1pt); \draw[line join=round] (2pt,\arrlen)--++(0pt,-2*\arrlen)--(4pt,-1pt); }}},% 2 arrows uparr/.style={postaction=decorate, decoration={markings, mark=at position .5 with {\draw[line join=round] (0pt,-\arrlen)--++(0pt,2*\arrlen)--(-2pt,1pt); }}},% 1 arrow, right side dnarr/.style={postaction=decorate, decoration={markings, mark=at position .5 with {\draw[line join=round] (0pt,\arrlen)--++(0pt,-2*\arrlen)--(2pt,-1pt); }}}% 1 arrow left side (points down since lines will be drawn right to left) } \newcommand{\orblen}{.8}% length of horizontal segments as a percentage of main radius \newcommand{\arrlen}{.25cm}% half length of each arrow \newcommand{\frost}[3][1cm]% optional argument is circle radius, #2=edges, #3=electrons {\begin{tikzpicture}[line width=1pt] \draw(0,0)circle[radius=#1];% main circle \ifthenelse{#3 = 0}{\draw(-.5*#1*\orblen,-#1)--(.5*#1*\orblen,-#1);}% draw bottom line segment... {\draw[updown](-.5*#1*\orblen,-#1)--(.5*#1*\orblen,-#1);}% ...with arrows if >0 electrons \foreach \k [evaluate=\k as \r using .5*#2+1,% point right if k<r, point left if k>r, top if k=r evaluate=\k as \t using (\k-1)*360/#2-90,% angles of polygon vertices. k=1 is bottom. evaluate=\k as \n using -4*\k+6+#3,% who gets 2 electrons (right)? evaluate=\k as \m using -4*(#2+2-\k)+6+#3,% who gets 2 electrons (left)? evaluate=\k as \j using 2*#2] in {1,...,#2}% electrons for top if #3=2*#2 {\draw(\t:#1)--(\t+360/#2:#1); \ifthenelse{\k>1}% already did bottom line. {\ifthenelse{\lengthtest{\k pt < \r pt}}% right side {\ifthenelse{3 < \n}{\draw[updown](\t:#1)--+(#1*\orblen,0);}% 2 arrows {\ifthenelse{1 < \n}{\draw[uparr](\t:#1)--+(#1*\orblen,0);}% 1 arrow {\draw(\t:#1)--+(#1*\orblen,0);}}}% no arrows {\ifthenelse{\lengthtest{\k pt > \r pt}}% left side {\ifthenelse{3 < \m}{\draw[updown](\t:#1)--+(-#1*\orblen,0);}% 2arrows {\ifthenelse{1 < \m}{\draw[dnarr](\t:#1)--+(-#1*\orblen,0);}% 1 arrow {\draw(\t:#1)--+(-#1*\orblen,0);}}}%no arrows {\ifthenelse{#3 = \j}{\draw[updown](-.5*#1*\orblen,#1)--(.5*#1*\orblen,#1);}% 2 arrows on top {\draw(-.5*#1*\orblen,#1)--(.5*#1*\orblen,#1);}}} % no arrows on top }{} % do nothing if k=1 (bottom) } \draw[dotted](-2*#1,0)--(3*#1,0)node[below]{bonding\phantom{anti}}node[above]{antibonding}; \draw[-latex](-2.2*#1,-#1)--node[sloped,above,pos=.4]{Energy}(-2.2*#1,1.8*#1); \end{tikzpicture} } \begin{document} \frost{6}{6} \frost{5}{4} \frost{8}{8} \end{document} 

    Kommentarer

    • Veldig bra også svaret ditt.
    • Utmerket! Dette fungerer nydelig.

    Svar

    Ærlig talt, det tok litt innsats, men figuren din var spennende og det tillot meg å lære nye ting 1 så det er alt bra.

    I utgangspunktet har jeg opprettet et \newcommand, navn \Frostcircle, som har to argumenter, alternativer og elektronene.

    For tiden er [options]:

    • radius = sirkelens radius, vær oppmerksom på at for øyeblikket ikke grafikken rundt justerer seg hvis du gjør den for stor. Jeg kan jobbe med den i fremtiden. Det tar bare et tall (i cm) for øyeblikket, ved å bruke lengder bryter det, jeg er ikke sikker på hvorfor ennå. Forslag er velkomne.
    • ring size = dette refererer til antall sider på polygonet. Antall sider fra 5 til 10 er testet. Som du kanskje forventer, tar det et tall som argument
    • frost label = dette er etiketten øverst, standard er tom. Sørg for at du omgir teksten med krøllete bukseseler, f.eks. frost label={My label here}

    Det andre argumentet er elektronene, den enkleste måten jeg kunne finne er å sette dem mot klokken, fra toppen, som i denne figuren:

    hvordan kommandoen fungerer

    Det krever verdier 0, 1, og 2: i orden, ingen elektron, ett elektron, to elektroner. Du kan oppgi den som en liste, så å gi {0,0,2,2,2,0} vil gi benzene frostsirkelen. Det kan høres kontraintuitivt ut, men det er faktisk enkelt når du har prøvd det.

    Hvis antall elementer i listen du oppgir er mindre enn ringestørrelsen, vil du få en feil og koden vil ikke kompilere. Hvis du ikke vil ha noe elektron, skriver du bare inn 0 for å løse dette.

    Merknader

    Retningen til » pil » for elektronet er invertert på den andre siden, ikke sikker på om dette er viktig for grafene dine. Jeg kan se på det en annen dag hvis det er viktig. FIXED

    Også la jeg til de samme pakkene som i Sebastiano sitt svar for å få matematisk skrift, men de er ikke nødvendige for at kommandoen skal fungere.

    Utdata

    eksempler på frostsirkler

    Kode

    \documentclass[margin=10pt]{article} \usepackage{tikz} \usepackage{newtxtext} \usepackage{amssymb} \usepackage{bm} \usetikzlibrary{arrows.meta,decorations.markings,shapes.geometric} \tikzset{% electron/.style={% postaction={decorate, decoration={% markings, mark=at position .5 with {% \ifnum#1=1\relax% \draw[-{Straight Barb[left,angle=60:2pt 3]}] (0,-6pt) --(0,6pt); \else \ifnum#1=2\relax% \draw[-{Straight Barb[left,angle=60:2pt 3]}] (-1pt,-6pt) -- (-1pt,6pt); \draw[{Straight Barb[left,angle=60:2pt 3]}-] (1pt,-6pt) -- (1pt,6pt); \else \fi\fi }} } }, mlbl/.style={anchor=south, align=center, midway, sloped}, } \pgfkeys{/tikz/.cd,% to set the path radius/.initial=.8, % initial value radius/.get=\circleradius, % to get the value from a macro radius/.store in=\circleradius, % to store the value into a macro ring size/.initial=5, ring size/.get=\numbersides, ring size/.store in=\numbersides, frost label/.initial=, frost label/.get=\frostlabel, frost label/.store in=\frostlabel, } \newcommand\Frostcircle[2][]{% \tikzset{radius=.8,ring size=5,frost label=,#1} \begin{tikzpicture}[line width=1pt] \draw[-{Stealth[scale=1.5]}] (0,0) -- (0,3cm) node[mlbl] {Energy} node[anchor=north west, xshift=2mm] {\frostlabel}; \draw[dotted, shorten >=-1cm] (.5,1) -- (4,1) node[anchor=south west] {antibonding} node[anchor=north west] {bonding}; \draw (2,1) circle (\circleradius); \node[% regular polygon, rotate=360/\numbersides/2, regular polygon sides=\numbersides, minimum size=\circleradius*2 cm, draw, outer sep=0pt ] at (2,1) (FrostCircle) {}; \def\electronarrow{{#2}} \foreach \polycorner [count=\findex starting from 0] in {1,...,\numbersides}{% \pgfmathtruncatemacro\maximumhalf{\numbersides/2+1} \pgfmathsetmacro\Findex{\electronarrow[\findex]} \ifnum\polycorner=1\relax% \draw[electron=\Findex] (FrostCircle.corner \polycorner)++(-.8,0) --++ (1.6,0); \else \ifnum\polycorner=\maximumhalf\relax% \draw[electron=\Findex] (FrostCircle.corner \polycorner)++(-.8,0) --++ (1.6,0); \else \ifnum\polycorner<\maximumhalf\relax% \draw[electron=\Findex] (FrostCircle.corner \polycorner)++ (-.8,0) -- (FrostCircle.corner \polycorner); \else \draw[electron=\Findex] (FrostCircle.corner \polycorner) --++ (.8,0); \fi\fi\fi }% \end{tikzpicture}% } \begin{document} \Frostcircle[% ring size=6, radius=1, frost label={benzene (ring size = 6, electrons = 6)} ]{0,0,2,2,2,0} \vspace{1cm} \Frostcircle[% ring size=5, radius=1, frost label={cyclopentadienyl cation (ring size = 5, electrons = 4)} ]{0,1,2,1,0} \vspace{1cm} \Frostcircle[% ring size=8, radius=1, frost label={cyclooctatetraene (ring size = 8, electrons = 8)} ]{0,0,1,2,2,2,1,0} \end{document} 

    1: pgfkeys.

    Com ments

    • Tusen takk for at du siterer navnet mitt :-); for min ydmyke mening var det ikke viktig. De forskjellige kodene dine er perfekte !!!! +1
    • Dette er flott! Vanligvis i jordtilstand vil ikke parrede elektroner (piler) ha samme spinn (samme retning), så SandyG ‘ s løsning samsvarer med mine behov litt bedre.
    • @BenNorris interessant. Jeg ‘ ser på det senere. Det burde ikke være ‘ ikke vanskelig å oppnå.
    • @ BenNorris Jeg ville bare fortelle deg, jeg fikset retningen. Det var ganske enkelt, ikke sikker på hvorfor jeg ikke ‘ ikke tenkte på det før.

    Svar

    Jeg har gjort med Mathcha det første eksemplet. For min ydmyke mening virker det veldig likt … men det er en latinsk maxime: » de gustibus non disputandum est «.

    \documentclass[a4paper,12pt]{article} \usepackage{tikz} \usepackage{newtxtext} \usepackage{amssymb} \usepackage{bm} \begin{document} \tikzset{every picture/.style={line width=0.75pt}} %set default line width to 0.75pt \begin{tikzpicture}[x=0.75pt,y=0.75pt,yscale=-1,xscale=1] %uncomment if require: \path (0,300); %set diagram left start at 0, and has height of 300 %Shape: Regular Polygon [id:dp9024119328579219] \draw [line width=1.5] (203,184) -- (161.86,160.25) -- (161.86,112.75) -- (203,89) -- (244.14,112.75) -- (244.14,160.25) -- cycle ; %Shape: Circle [id:dp3742321630799761] \draw [line width=1.5] (155.5,136.5) .. controls (155.5,110.27) and (176.77,89) .. (203,89) .. controls (229.23,89) and (250.5,110.27) .. (250.5,136.5) .. controls (250.5,162.73) and (229.23,184) .. (203,184) .. controls (176.77,184) and (155.5,162.73) .. (155.5,136.5) -- cycle ; %Straight Lines [id:da6431705906977057] \draw [line width=1.5] (101,185) -- (101,31.71) ; \draw [shift={(101,27.71)}, rotate = 450] [fill={rgb, 255:red, 0; green, 0; blue, 0 } ][line width=0.08] [draw opacity=0] (13.4,-6.43) -- (0,0) -- (13.4,6.44) -- (8.9,0) -- cycle ; %Straight Lines [id:da03628267423150655] \draw [line width=1.5] (176.75,89) -- (229.25,89) ; %Straight Lines [id:da6999074691962319] \draw [line width=1.5] (244.14,112.75) -- (285.5,112.75) ; %Straight Lines [id:da6267867712352968] \draw [line width=1.5] (120.5,112.75) -- (161.86,112.75) ; %Straight Lines [id:da4603867099439829] \draw [line width=1.5] (244.14,160.25) -- (285.5,160.25) ; %Straight Lines [id:da018369347304083128] \draw [line width=1.5] (120.5,160.25) -- (161.86,160.25) ; %Straight Lines [id:da7545009709936943] \draw [line width=1.5] (176.75,184) -- (229.25,184) ; %Straight Lines [id:da42526907269791137] \draw [line width=1.5] [dash pattern={on 1.69pt off 2.76pt}] (120.5,136.5) -- (346.5,136.5) ; % Text Node \draw (126,149.4) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large] {$\bm{\upharpoonleft }$}; % Text Node \draw (249,149.4) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large] {$\bm{\upharpoonleft }$}; % Text Node \draw (195,173.4) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large] {$\bm{\upharpoonleft }$}; % Text Node \draw (130,149.4) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large] {$\bm{\downharpoonright }$}; % Text Node \draw (253,149.4) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large] {$\bm{\downharpoonright }$}; % Text Node \draw (200,173.4) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large] {$\bm{\downharpoonright }$}; % Text Node \draw (74,149) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large,rotate=-270] [align=left] {Energy}; % Text Node \draw (288,103) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large] [align=left] {Antibonding}; % Text Node \draw (288,150) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [font=\large] [align=left] {Bonding}; % Text Node \draw (120,36) node [anchor=north west][inner sep=0.75pt] [align=left] {\large benzene (6 atoms, 6 electrons)}; \end{tikzpicture} \end{document} 

    skriv inn bildebeskrivelse her

    Legg igjen en kommentar

    Din e-postadresse vil ikke bli publisert. Obligatoriske felt er merket med *