Bijna alle artikelen over bio-informatica, ik kreeg te maken met het woord met hoge doorvoer, maar ik kon geen verklaring vinden erover (ik denk dat het zo gemakkelijk te begrijpen is en daarom legt iemand het uit, maar ik kon het niet). Is er iemand die me kan uitleggen wat ze bedoelen met hoge doorvoer? Alvast bedankt.
Reacties
- Het ' is niet noodzakelijk een biologische term. merriam-webster.com/dictionary/throughput
- Ha! Dus doorvoer wordt gewoon omgekeerd “doorgevoerd”! @canadianer
Antwoord
High-throughput sequencing verwijst specifiek naar sequentietechnieken zoals Illumina waarmee je enorme hoeveelheden DNA tegelijk kunt sequencen (honderdduizenden strengen), in tegenstelling tot oudere technieken zoals het klonen van het cDNA in plasmiden, gevolgd door sequencing.
Opmerkingen
- Shotgun-sequencing maakt gebruik van het Sanger-sequencing-protocol.
- Ja, ja dat doet het. Ik bedoelde niet dat het sequencen van shotgun een high-throughput-methode is. Ik ' zal mijn antwoord aanpassen om dat weer te geven
- Sorry. Ik raakte verward. Het is nu duidelijk. Maar toch is Sanger-sequencing niet echt een lage doorvoer. Het is nog steeds een hoge doorvoer, maar niet zo efficiënt als Illumina.
- Bedankt, wat zou dan een goed voorbeeld zijn van een techniek met een lage doorvoer?
- PCR, western blots, ELISA, Bradford assay etc zijn allemaal technieken met een lage doorvoer.
Antwoord
Hoge doorvoer, zoals aangegeven door canadianer in hun opmerkingen verwijst naar de hoeveelheid gegevens die door het systeem wordt verwerkt. Hoewel het antwoord van CactusWoman correct zou zijn in het geval van DNA-sequencing, is high-throughput niet echt beperkt tot dat domein.
Elke high-throughput-techniek probeert meerdere variabelen tegelijkertijd te meten. Voorbeelden hiervan zijn, naast Next Gen DNA-sequencing, RNA-sequencing, eiwitidentificatie en kwantificering door massaspectrometrie (LC-MS), lipideprofilering door GC-MS enz.
Er zijn ook medium-throughput-technieken die verschillende variabelen kan meten, maar veel minder dan high-throughput-technieken. Veel technieken met een lage doorvoersnelheid kunnen worden omgezet in een gemiddelde doorvoer door een bepaald niveau van automatisering en experimentele planning. Een voorbeeld zou real-time PCR zijn.
Answer
Er is niets speciaals aan het bioinformatische gebruik van deze term; het is normaal Engels, geen gespecialiseerd jargon. “Doorvoer” betekent simpelweg de snelheid waarmee iets kan worden verwerkt. Een systeem met hoge verwerkingscapaciteit is een systeem dat dingen met een hoog tempo afhandelt, en het kan evengoed worden toegepast op genoomsequentiebepaling, een netwerk voor stadsvervoer, de toegangspoorten bij een voetbalwedstrijd, een fabriek die aardappelen verwerkt tot frites (frites) of de verwerker in uw computer.
In de biologie verwijst verwerkingscapaciteit echter meestal naar de snelheid waarmee monsters kunnen worden verwerkt. Een “lage” doorvoermethode is daarom een methode die meer tijd nodig heeft om uit te voeren, die slechts op een paar monsters kan worden toegepast of die moet worden herhaald om een volledige reeks metingen van verschillende factoren te verkrijgen. Een “hoge” doorvoermethode is gewoon een snellere methode, waardoor een groter aantal monsters in dezelfde of minder tijd kan worden verwerkt. Dit kan worden bereikt door sneller te werken, meerdere monsters tegelijk te verwerken of tegelijkertijd meerdere aspecten van hetzelfde monster te behandelen.
Merk op dat er geen definitie is van wanneer iets “hoge doorvoer” wordt; het is gewoon “hoog” ten opzichte van eerdere methoden, hoewel je normaal gesproken zou verwachten dat het alleen wordt toegepast als de nieuwe methode vele malen sneller is dan de bestaande methode, en niet een kleine incrementele verbetering.
Antwoord
High-throughput sequencing verwijst specifiek naar sequentietechnieken zoals Illumina waarmee je enorme hoeveelheden DNA in één keer kunt sequencen, wat honderdduizenden strengen betekent. Meerdere gegevensreeksen tegelijk produceren.
Opmerkingen
- kun je een referentie toevoegen?