Am obținut gene cu rapoarte. Ca un mic exemplu, puteți vedea datele mele mai jos
Gene Control1 Control2 Control3 Treated1 Treated2 Treated3 pps-1 324680000 211350000 356350000 269770000 258080000 292830000 R11A8.7 477490000 610780000 539550000 533590000 530810000 578290000 ugt-21 105080000 103430000 74137000 78915000 42381000 31415000 spp-18 1042800000 615030000 332720000 538340000 448280000 412310000 Acum întrebarea mea este că am Trei controale și Trei Tratate, Controlul are două replici biologice și Tratat are două replici biologice
Cum pot calcula schimbarea de ori pentru aceasta?
Văd două moduri
Primul mod în care iau media grupului meu de control, îl numim A (o coloană) iau media grupului meu tratat, ca să nu-l numesc B (o coloană) Apoi calculez schimbarea ori (B / A)
În acest fel, pot verifica și dacă corelația dintre toate replicile biologice ale controlului sau tratate sunt ridicate, ceea ce indică faptul că media este bună
A doua cale Realizez test de comparație multiplă pentru ambele grupuri I. găsiți gene reglementate și descărcați gene reglementate. Arunc restul de gene. iau media grupului meu de control, să-l numim A (o coloană) iau media grupului meu tratat, ca să nu-l numesc B (o coloană) Apoi calculez schimbarea ori (B / A)
care dintre ele are mai mult sens?
Principala mea preocupare este cum să calculez modificarea pliului când am o replică biologică,
Am postat în grupul de biologie au spus că este mai bine să îl postez aici
Cum se poate calcula valorile p pentru modificarea pliurilor dacă se bazează pe medie
Comentarii
- Cred că vrei să spui trei replici.
- @Student T da, vreau să spun
- Cross postat în Biology.SE . @NikBernou Nu încrucișați postarea pe două site-uri. Dacă credeți că un site este mai bun, atunci ștergeți întrebarea din celălalt site.
- @WYSIWYG Știu că a postat încrucișat. Oricum, vă rog să examinați răspunsul meu. Inspirat de ideea ta de testare t din cealaltă postare.
Răspuns
2 🙂 nu are sens mie. Ați face un test t între control / tratat numai dacă doriți să testați diferența dintre eșantion, dar nu pentru calcularea modificării de pliere.
Modificarea de pliere este de obicei calculată prin simpla average of group 2/ average of group 1. Vă „voi oferi o dovadă, în http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=49101 , autorul DESeq2 a scris:
(average in group2)/(average in group1)
Întrebarea este de ce doriți să faceți acest lucru? Există pachete bune de bioconductori care vă pot face acest lucru. De exemplu, DESeq2 aplică metode de contracție pentru modificările de pliere. Modificarea de pliere brută nu este id = „c58134a195″>
informativ în analiza statistică bioinformatică, deoarece nu abordează nivelul de expresie (și varianța) genei. Genele extrem de puțin exprimate vă pot oferi aceeași schimbare și nu doriți ca acest lucru să se întâmple.
Comentarii
- vă mulțumesc mult. de fapt a trecut de oră și oră când încercam să explic ce vreau. acest lucru îmi dă calea corectă. Sunt mai interesat să fac asta de unul singur decât să dau clic pe pachet o cutie cam neagră. Este posibil să-mi dai o explicație despre, de exemplu, cum calculează atunci valoarea p pentru această modificare a foldului? știi?
- @NikBernou știu. Dar poți accepta răspunsul dacă te ajută și apoi începe un nou întrebare? Acest lucru vă va arăta aprecierea și oamenii vă vor putea ajuta mai mult.
- @ NikBernou Cred că vă va fi mai bine să folosiți pachetele foarte dezvoltate și sofisticate precum DESeq2 și să dedicați un efort pentru a înțelege ce asemenea " cutii negre " de fapt fac. Încercarea de a reinventa astfel de programe este plină de dificultăți și este predispusă la eroare. De asemenea, puteți examina codul pentru a vedea modul în care autorii programului se ocupă de chestiuni precum valorile p.
- @EdM Sunt de acord, dar este dificil să treceți printr-un pachet când nu l-ați scris. majoritatea documentației lipsește, deci subevaluând ceea ce este cu adevărat durerea. Sunt de acord că astfel de pachete sunt create pentru cei care nu au cunoștințe de programare și că de ce încerc să fac eu însumi ceva pe care îl înțeleg pe deplin. De exemplu, îmi puteți spune de ce DESeq2 funcționează pe valori de numărare și nu continuu? vedeți, este o cutie neagră
- @EdM calcularea modificării pliurilor nu este un calcul dificil. DESeq2 este destinat unui anumit tip de date.Nu este un instrument statistic general. Și este întotdeauna bine să cunoașteți statisticile / matematica care stau la baza în loc să faceți clic pe niște butoane.