Am citit mult despre genetică cantitativă și G- (și B-) matrice în ultima perioadă. Primesc principiul din spatele efectuării analizei acum, dar încă nu sunt sigur cum să o fac. Aș vrea să pot încerca cu niște date vechi / false în R pentru a vedea cum se face.
Să ne prefacem că am măsurat 5 trăsături de Drosophila (lungimea aripii, durata de viață, pigmentare a ochilor, numărul părului și condiția fizică). Aș putea construi o matrice G pentru populație din aceste date și, de asemenea, să obțin o matrice B pentru a măsura selecția pe trăsături?
Scopurile post:
1) Ce informații (măsurători ale trăsăturilor, scoruri de fitness etc.) sunt necesare pentru a construi matricile G și B?
2) Aș dori să găsesc materiale tipărite sau online care să mă ghideze în implementarea efectivă a acestei metode. Se pare că există o mulțime de lucrări care spun că matricile G sunt grozave, dar nimeni nu spune de fapt cum să le faci în viața reală …
Comentarii
- Link-ul dvs. vorbește numai despre G-matrix. Nu ' nu știu ce este o matrice B. Aveți un link care să explice ce este o matrice B? Thks
- @ Remi.b Matricea b este o sub matrice din cadrul matricei g (matricea g este construită din patru sub matrici, Gm [varianța genetică masculină și covarianța] Gf și pentru femeie, B (și B transpuse) cu covarianța genetică sexuală încrucișată
- O scurtă descriere a ceea ce este o matrice G poate fi găsită în această întrebare
Răspuns
Pentru a construi matricea G aveți nevoie de varianțe genetice aditive și covarianțe pentru toate trăsăturile, deci în mod normal, au nevoie de rezultate din experimentele de reproducere (de exemplu, date fenotipice ale părinților mijlocii-descendenți), pe care le puteți face regresii părinte-descendenți. Nu cunoașteți surse online bune, dar consultați Balding și colab . 2007 p. 534ff pentru câteva informații. Am văzut metode care susțin că matricea G poate fi estimată direct din datele fenotipice de la indivizi fără legătură (de exemplu, Zintzaras 2011 ) sau din informații genomice, de ex. SNP-uri ( Vattikuti și colab. 2013 ), dar nu sunt familiarizați cu acestea și nu știu cât de fiabile sunt.
Poate fi un fundal clar privind utilizarea modelelor mixte pentru a estima matricea G, inclusiv exemple / tutoriale. găsit în Wilson și colab. (2009) .
Sau ați avut altceva / ceva mai specific în minte?
Comentarii
- Cred că există două aspecte pentru mine. În primul rând, îmi doresc ' să știu cum pot fi realizate. În al doilea rând, încerc să-mi dau seama dacă aș putea să le fac folosind valorile trăsăturilor din liniile hemiclonale ale drosofilei, astfel încât să obțin valori ale trăsăturilor specifice sexului pentru fiecare haplotip și, prin urmare, pot face o matrice B.
- Ei bine, ar trebui să fii capabil să obțină variații genetice de la liniile hemiclonale – trebuie să luați în considerare cu atenție exact cum să le calculați și cantitatea de ereditate capturată. Ce vrei să spui cu: " În primul rând, îmi place ' să știu cum se pot face ". Ce conțin matricile, cum să realizăm tehnic regresiile sau altceva? Am bănuit că urmărești ceva mai specific, dar ar trebui să actualizezi întrebarea pentru a o face mai puțin clară.
- De asemenea, te-ai uitat la modele animale (modele statistice mixte), unde întregul pedigree poate fi folosit pentru a estima componentele matricei G?
- ce vreau să spun prin " cum se pot face este ce fel de date am nevoie, ce trebuie măsurate, așa cum se spune deja în întrebarea
- @GriffinEvo Cred că asta nu este clar pentru mine; în cazul simplu, ceea ce aveți nevoie pentru o matrice G sunt date fenotipice despre trăsăturile de interes și o relație cunoscută între indivizi (de exemplu, părinți-descendenți). Am scris și asta în răspunsul meu, dar aparent căutați altceva. A da cont de ex. factorii de mediu, sexul sau un genealogie cunoscut aveți nevoie de un model statistic mai complex, de ex. Modele animale . Mi-am actualizat răspunsul cu o lucrare care ar putea fi utilă.