Aproape toate lucrările despre bioinformatică, m-am confruntat cu cuvântul de mare randament, dar nu am găsit nicio explicație despre asta (cred că este atât de ușor de înțeles și de aceea o explică cineva, dar nu aș putea să o fac). Există cineva care să-mi explice ce înseamnă prin randament ridicat? Vă mulțumim anticipat.
Comentarii
- Nu ' nu este neapărat un termen biologic. merriam-webster.com/dictionary/throughput
- Ha! Deci, transferul este inversat „pus prin”! @canadianer
Răspuns
Secvențierea cu randament ridicat se referă în mod specific la tehnici de secvențiere precum Illumina care vă permit să secvențați cantități masive de ADN simultan (sute de mii de fire), spre deosebire de tehnici mai vechi, cum ar fi clonarea ADNc în plasmide, urmată de secvențiere.
Comentarii
- Secvențierea pușcării folosește protocolul de secvențiere Sanger.
- Da, da, da. Nu presupuneam că secvențierea puștilor este o metodă cu randament ridicat. ' îmi voi edita răspunsul pentru a reflecta că
- Ne pare rău. Sunt confuza. Curăță acum. Dar totuși secvențializarea Sanger nu este cu adevărat un randament redus. Este încă cu un debit ridicat, dar nu la fel de eficient ca Illumina.
- Mulțumesc, care ar fi un bun exemplu de tehnică de debit scăzut atunci?
- PCR, western blots, ELISA, Bradford analiza etc sunt toate tehnici cu randament redus.
Răspuns
Randament ridicat, după cum indică canadianer în comentariile lor se referă la cantitatea de date procesate de sistem. Deși răspunsul de la CactusWoman ar fi corect pentru cazul secvențierii ADN-ului, randamentul ridicat nu se limitează cu adevărat la acel domeniu.
Orice tehnică cu randament ridicat încearcă să măsoare mai multe variabile simultan. Exemplele includ, altele decât secvențierea ADN Next Gen, secvențierea ARN, identificarea și cuantificarea proteinelor prin spectrometrie de masă (LC-MS), profilarea lipidelor prin GC-MS etc.
Există, de asemenea, tehnici de transfer mediu care poate măsura mai multe variabile, dar mult mai puțin decât tehnicile de mare viteză. Multe tehnici cu debit redus pot fi convertite în debit mediu prin un anumit nivel de automatizare și planificare experimentală. Exemplul ar include PCR în timp real.
Răspuns
Nu există nimic special despre utilizarea bioinformatică a acestui termen; este un jargon englezesc normal, nu specializat. „Debit” înseamnă pur și simplu viteza la care ceva poate fi procesat. Un sistem cu randament ridicat este unul care gestionează lucrurile într-un ritm ridicat și ar putea fi aplicat în egală măsură la secvențierea genomului, la o rețea de tranzit a orașului, la porțile de bilete la un meci de fotbal, la o fabrică care procesează cartofi în chipsuri (cartofi prăjiți) sau procesorul în computerul dvs.
În biologie, totuși, randamentul se referă de obicei la rata la care probele pot fi procesate. Prin urmare, o metodă de debit „scăzută” este una care poate dura mai mult timp, poate fi aplicată doar la câteva eșantioane sau trebuie repetată pentru a obține un set complet de măsurători ale diferiților factori. O metodă de transfer „mare” este pur și simplu o metodă mai rapidă, care permite procesarea unui număr mai mare de eșantioane în același timp sau mai puțin. Acest lucru se poate realiza lucrând mai repede, procesând mai multe eșantioane simultan sau tratând simultan mai multe aspecte ale aceluiași eșantion.
Rețineți că nu există o definiție a momentului în care ceva devine „randament ridicat”; este pur și simplu „ridicat” în raport cu metodele anterioare, deși v-ați aștepta de obicei să fie aplicată numai atunci când noua metodă este de multe ori mai rapidă decât metoda existentă, nu o mică îmbunătățire incrementală.
Răspuns
Secvențierea cu randament ridicat se referă în mod specific la tehnici de secvențiere precum Illumina care vă permit să secvenționați cantități masive de ADN simultan înseamnă sute de mii de fire. Producând multitudine de secvențe de date simultan.
Comentarii
- puteți adăuga o referință?