Nästan alla artiklar om bioinformatik stod jag inför ordet med hög genomströmning, men jag kunde inte hitta någon förklaring om det (jag tycker att det är så lätt att förstå och det är därför någon förklarar det men jag kunde inte göra det.) Finns det någon som kan förklara mig vad menar de med hög genomströmning? Tack på förhand.
Kommentarer
- Det ' är inte nödvändigtvis en biologisk term. merriam-webster.com/dictionary/throughput
- Ha! Så genomströmningen är bara omvänd ”sätt igenom”! @canadianer
Svar
Sekvensering med hög kapacitet hänvisar specifikt till sekvenseringstekniker som Illumina som gör att du kan sekvensera stora mängder DNA på en gång (hundratusentals strängar), i motsats till äldre tekniker såsom kloning av cDNA i plasmider, följt av sekvensering.
Kommentarer
- Shotgun-sekvensering använder Sanger-sekvenseringsprotokoll.
- Ja, ja det gör det. Jag antydde inte att sekvensering av hagelgevär är en metod för hög kapacitet. Jag ' Jag redigerar mitt svar så att det återspeglar det
- Tyvärr. Jag blev förvirrad. Rensa nu. Men ändå är Sanger-sekvensen inte riktigt låg genomströmning. Det är fortfarande hög genomströmning men inte lika effektivt som Illumina.
- Tack, vad skulle vara ett bra exempel på en låg genomströmningsteknik då?
- PCR, western blots, ELISA, Bradford analys etc är alla tekniker med låg genomströmning.
Svar
Hög genomströmning, vilket kanadensare indikerar i deras kommentarer refererar till mängden data som behandlas av systemet. Även om svaret från CactusWoman skulle vara korrekt för fallet med DNA-sekvensering är hög genomströmning egentligen inte begränsad till den domänen.
Alla tekniker med hög genomströmning försöker mäta flera variabler samtidigt. Exemplen inkluderar, förutom Next Gen DNA-sekvensering, RNA-sekvensering, proteinidentifiering och kvantifiering genom masspektrometri (LC-MS), lipidprofilering med GC-MS etc.
Det finns också tekniker för mediumgenomströmning som kan mäta flera variabler men mycket mindre än tekniker med hög kapacitet. Många tekniker med låg genomströmning kan konverteras till medium genomströmning med någon nivå av automatisering och experimentell planering. Exempel skulle inkludera PCR i realtid.
Svar
Det finns inget särskilt om den bioinformatiska användningen av denna term; det är normalt engelska inte specialiserat jargong. ”Genomströmning” betyder helt enkelt den hastighet med vilken något kan bearbetas. Ett system med hög kapacitet är ett som hanterar saker i hög hastighet, och det kan också tillämpas på genomsekvensering, ett stadstransitnätverk, biljettportarna vid en fotbollsmatch, en fabrik som bearbetar potatis till chips (pommes frites) eller processorn på din dator.
I biologi hänvisar dock genomströmning vanligtvis till den takt med vilken prover kan bearbetas. En ”låg” genomströmningsmetod är därför en som kan ta längre tid att genomföra, endast kan appliceras på några få prover eller behöver upprepas för att få en fullständig uppsättning mätningar av olika faktorer. En ”hög” genomströmningsmetod är helt enkelt en snabbare metod, som gör det möjligt att bearbeta ett större antal prover på samma eller mindre tid. Detta kan uppnås genom att arbeta snabbare, bearbeta flera prover samtidigt eller samtidigt hantera flera aspekter av samma prov.
Observera att det inte finns någon definition av när något blir ”hög kapacitet”; det är helt enkelt ”högt” i förhållande till tidigare metoder, även om du vanligtvis förväntar dig att det bara ska tillämpas när den nya metoden är många gånger snabbare än den befintliga metoden, inte en liten stegvis förbättring.
Svar
Sekvensering med hög genomströmning hänför sig specifikt till sekvenseringstekniker som Illumina som låter dig sekvensera stora mängder DNA på en gång betyder hundratusentals strängar. Producerar en mängd datasekvenser samtidigt.
Kommentarer
- kan du lägga till en referens?