Jag har fått gener med förhållanden. Som ett litet exempel kan du se mina data nedan
Gene Control1 Control2 Control3 Treated1 Treated2 Treated3 pps-1 324680000 211350000 356350000 269770000 258080000 292830000 R11A8.7 477490000 610780000 539550000 533590000 530810000 578290000 ugt-21 105080000 103430000 74137000 78915000 42381000 31415000 spp-18 1042800000 615030000 332720000 538340000 448280000 412310000 Nu är min fråga att jag har tre kontroller och tre behandlade, kontroll har två biologiska repliker och behandlade har två biologiska repliker
Hur kan jag beräkna vikningsändringen för den?
Jag ser två sätt
Det första sättet Jag tar genomsnittet av min kontrollgrupp, låt oss kalla det A (en kolumn) Jag tar genomsnittet av min behandlade grupp, för att inte kalla det B (en kolumn) Sedan beräknar jag vikbytet (B / A)
På detta sätt kan jag också kontrollera om korrelationen mellan alla biologiska replikat av kontroll eller behandlade är höga vilket indikerar att det tar bra att genomsnittet är
Det andra sättet Jag utför flera jämförelsetest på båda grupp I hitta upp reglerade gener och nedreglerade gener Jag slänger resten av generna som jag tar genomsnittet av min kontrollgrupp, låt oss kalla det A (en kolumn) Jag tar genomsnittet av min behandlade grupp, för att inte kalla det B (en kolumn) Sedan beräknar jag vikbytet (B / A)
vilken av dem är vettigare?
Mitt främsta bekymmer är hur man beräknar vikförändringen när jag har biologisk replik,
Jag postade i biologigruppen de sa att det är bättre jag lägger upp det här
Hur kan man då beräkna p-värden för veckförändring om det är baserat på genomsnitt
Kommentarer
- Jag tror att du menar tre replikat.
- @Student T ja jag menar
- Cross postat i Biology.SE . @NikBernou Inte korsa inlägg på två webbplatser. Om du tycker att en webbplats är bättre, ta bort frågan på den andra webbplatsen.
- @WYSIWYG Jag vet att han korspostade. Hur som helst, snälla granska mitt svar. Inspirerad av din idé om t-test i det andra inlägget.
Svar
2 🙂 är ingen mening till mig. Du skulle bara göra ett t-test mellan kontroll / behandling om du vill testa för skillnad i provmedlet, men inte för att beräkna vikningsförändringen.
Vikbyte beräknas vanligtvis genom att helt enkelt average of group 2/ average of group 1. Jag ger dig ett bevis i http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=49101 , författaren till DESeq2 skrev:
(average in group2)/(average in group1)
Frågan är varför vill du vill göra detta? Det finns bra Bioconductor-paket som kan göra det åt dig. Till exempel använder DESeq2 krympningsmetoder för vikningsändringarna. Raw fold-change är inte informativ i bioinformatisk statistisk analys, eftersom den inte adresserar genens uttrycksnivå (och varians). Gener med högt och lågt uttryck kan ge dig samma veckförändring, och du vill inte att det ska hända.
Kommentarer
- tack så mycket. faktiskt har det varit timme och timme jag försökte förklara vad jag vill. detta ger mig rätt väg. Jag är mer intresserad av att göra det själv än att klicka på paketet ser lite svart ruta ut. är det möjligt att ge mig en förklaring om till exempel hur då beräknar de p-värdet för denna vikningsändring? vet du?
- @NikBernou Jag vet typ. Men kan du tacka ja till svaret om det hjälper och sedan starta en ny fråga? Detta kommer att visa din uppskattning och människor kommer att kunna hjälpa dig mer.
- @NikBernou Jag tror att du kommer att ha det bättre att använda de högt utvecklade, sofistikerade paketen som DESeq2 och ägna lite ansträngning för att förstå vad sådana " svarta rutor " faktiskt gör. Att försöka uppfinna sådana program är fylt med svårigheter och benäget att fel. Du kan också undersöka koden för att se hur författarna till programmet hanterar frågor som p-värden.
- @EdM Jag håller med, men det är svårt att gå igenom ett paket när du inte skrev det. det mesta av dokumentationen saknas, så underskatt vad är egentligen smärta. Jag håller med om att sådana paket är byggda för dem som inte har någon programmeringskunskap och att jag därför försöker göra något själv som jag förstår det fullt ut. Kan du till exempel berätta för mig varför DESeq2 arbetar med räknevärden och inte kontinuerligt? förstår du, det är en svart ruta
- @EdM att beräkna vikbyte är inte en svår beräkning. DESeq2 är avsedd för en specifik typ av data.Det är inte ett allmänt statistiskt verktyg. Och det är alltid bra att känna till den underliggande statistiken / matematiken istället för att bara klicka på några knappar.