Jag har läst mycket om kvantitativ genetik och G- (och B-) matris nyligen. Jag får principen bakom att utföra analysen nu men jag är fortfarande inte säker på hur man gör det. Jag skulle vilja kunna testa det med lite dummy / gamla data i R för att se hur det görs.
Låt oss låtsas att jag har mätt 5 drag av Drosophila (Vinglängd, livslängd, ögonpigmentering, borstnummer och kondition). Kan jag konstruera en G-matris för populationen utifrån dessa data och också få en B-matris för att mäta valet på egenskaperna?
Mål för post:
1) Vilken information (dragmätningar, träningsresultat etc.) behövs för att konstruera G- och B-matriser?
2) Jag skulle vilja hitta tryckt eller online-material som skulle vägleda mig att faktiskt genomföra denna metod. Det verkar som om det finns väldigt många papper som säger att G-matriser är bra, men ingen säger faktiskt hur man gör dem i verkligheten …
Kommentarer
- Din länk talar bara om G-matris. Jag vet inte ' vad en B-matris är. Har du en länk som förklarar vad som är en B-matris? Thks
- @ Remi.b b-matrisen är en submatris inom g-matrisen (g-matrisen är uppbyggd av fyra submatriser, Gm [manlig genetisk varians och kovarians] Gf för kvinnlig också, B (och B transponerad) med korsets genetiska kovarians
- En kort beskrivning av vad som är en G-matris finns i denna fråga
Svar
För att konstruera G-matrisen behöver du additiva genetiska avvikelser och kovarianter för alla egenskaper, så att du behöver normalt resultat från avelsexperiment (t.ex. fenotypiska avkomma-avkomma data), som du kan göra föräldrar-avkomma regressioner på. Känner inte till några bra online-källor men se Balding et al . 2007 s. 534ff för lite info. Jag har sett metoder som hävdar att G-matrisen kan uppskattas direkt från fenotypiska data från oberoende individer (t.ex. Zintzaras 2011 ) eller från genomisk information, t.ex. SNP ( Vattikuti et al. 2013 ), men känner inte till dessa och vet inte hur pålitliga de är.
En tydlig bakgrund för att använda blandade modeller för att uppskatta G-matrisen, inklusive exempel / självstudier, kan vara finns i Wilson et al (2009) .
Eller hade du något annat / något mer specifikt i åtanke?
Kommentarer
- Det är egentligen två aspekter på detta för mig antar jag. För det första vill jag ' veta hur de kan göras. För det andra försöker jag räkna ut om jag skulle kunna göra dem med hjälp av egenskaper från hemiklonala linjer av drosophila så att jag får könsspecifika egenskaper för varje haplotyp och därför kan göra en B-matris.
- Du borde vara kunna få genetiska avvikelser från hemiklonala linjer – du måste noga överväga exakt hur man beräknar dem och hur mycket ärftlighet som fångas. Vad menar du med: " För det första vill jag ' veta hur de kan göras ". Vad matriserna innehåller, hur man tekniskt omformar regressionerna eller något annat? Jag misstänkte att du var ute efter något mer specifikt, men du bör uppdatera frågan för att göra det mindre oklart.
- Har du också tittat på Djurmodeller (statistiska blandade modeller), där hela stamtavlan kan användas för att uppskatta komponenter i G-matrisen?
- vad jag menar med " hur de kan göras " är vilken typ av data jag behöver, vad som måste mätas, som det redan står i frågan
- @GriffinEvo Jag antar att det är det som är oklart för mig; i det enkla fallet, vad du behöver för en G-matris är fenotypiska data om egenskaperna av intresse och ett känt förhållande mellan individer (t.ex. förälder-avkomma). Jag skrev också detta i mitt svar, men tydligen letar du efter något annat. Att redogöra för t.ex. miljöfaktorer, kön eller en känd stamtavla behöver du en mer komplex statistisk modell, t.ex. Djurmodeller . Jag har uppdaterat mitt svar med ett papper som kan vara till nytta.