Næsten alle papirerne om bioinformatik stod jeg over for high-throughput-ordet, men jeg kunne ikke finde nogen forklaring om det (jeg synes det er så let at forstå, og det er derfor, nogen forklarer det, men jeg kunne ikke gøre det). Er der nogen, der kan forklare mig, hvad de mener med høj kapacitet? På forhånd tak.
Kommentarer
- Det ' er ikke nødvendigvis et biologisk udtryk. merriam-webster.com/dictionary/throughput
- Ha! Så gennemløb er bare omvendt “gennemført”! @canadianer
Svar
Sekvensering med høj kapacitet henviser specifikt til sekventeringsteknikker som Illumina, der giver dig mulighed for at sekvensere massive mængder DNA på én gang (hundreder af tusinder af tråde) i modsætning til ældre teknikker, såsom kloning af cDNA i plasmider, efterfulgt af sekventering.
Kommentarer
- Shotgun-sekventering bruger Sanger-sekventeringsprotokol.
- Ja, ja det gør det. Jeg antydede ikke, at shotgun-sekventering er en metode til høj kapacitet. Jeg ' Jeg redigerer mit svar for at afspejle det
- Undskyld. Jeg blev forvirret. Ryd nu. Men stadig er Sanger-sekventering ikke rigtig lav kapacitet. Det er stadig høj kapacitet, men ikke så effektiv som Illumina.
- Tak, hvad ville være et godt eksempel på en lav kapacitetsteknik da?
- PCR, western blots, ELISA, Bradford assay osv. er alle teknikker med lav kapacitet.
Svar
Høj kapacitet, som angivet af canadianer i deres kommentarer refererer til mængden af data, der behandles af systemet. Skønt svaret fra CactusWoman ville være korrekt i tilfælde af DNA-sekventering, er høj kapacitet ikke rigtig begrænset til dette domæne.
En hvilken som helst teknik med høj kapacitet forsøger at måle flere variabler samtidigt. Eksemplerne inkluderer, bortset fra Next Gen DNA-sekventering, RNA-sekventering, proteinidentifikation og kvantificering ved massespektrometri (LC-MS), lipidprofilering ved GC-MS osv.
Der er også medium-throughput-teknikker der kan måle flere variabler, men meget mindre end teknikker til høj kapacitet. Mange teknikker til lav kapacitet kan konverteres til medium gennemstrømning ved hjælp af en vis grad af automatisering og eksperimentel planlægning. Eksempel vil omfatte realtids-PCR.
Svar
Der er ikke noget særligt ved den bioinformatiske anvendelse af dette udtryk; det er normal engelsk ikke specialiseret jargon. “Gennemstrømning” betyder simpelthen den hastighed, hvormed noget kan behandles. Et system med høj gennemstrømning er et, der håndterer ting med en høj hastighed, og det kan ligeledes anvendes til genomsekventering, et bytransitnetværk, billetportene ved en fodboldkamp, en fabrik, der behandler kartofler til chips (frites) eller processoren på din computer.
I biologi refererer kapacitet dog normalt til den hastighed, hvormed prøver kan behandles. En “lav” gennemstrømningsmetode er derfor en, der kan tage længere tid at udføre, kun kan anvendes på et par prøver eller skal gentages for at opnå et komplet sæt målinger af forskellige faktorer. En “høj” gennemstrømningsmetode er simpelthen en hurtigere metode, der gør det muligt at behandle et større antal prøver på samme eller mindre tid. Dette kan opnås ved at arbejde hurtigere, behandle flere prøver på én gang eller samtidig håndtere flere aspekter af den samme prøve.
Bemærk, at der ikke er nogen definition af, hvornår noget bliver “høj kapacitet”; den er simpelthen “høj” i forhold til tidligere metoder, selvom du normalt forventer, at den kun skal anvendes, når den nye metode er mange gange hurtigere end den eksisterende metode, ikke en lille forbedring.
Svar
Sekvensering med høj kapacitet henviser specifikt til sekventeringsteknikker som Illumina, der giver dig mulighed for at sekvensere store mængder DNA på én gang betyder hundreder af tusinder af tråde. Producerer en lang række datasekvenser samtidigt.
Kommentarer
- kan du tilføje en reference?