Jeg har læst meget om kvantitativ genetik og G- (og B-) matrix for nylig. Jeg får princippet bag at udføre analysen nu, men jeg er stadig ikke sikker på, hvordan jeg gør det. Jeg vil gerne være i stand til at prøve det med nogle dummy / gamle data i R for at se, hvordan det gøres.
Lad os lade som om jeg har målt 5 træk af Drosophila (Vingelængde, levetid, øjenpigmentering, børstetal og fitness). Kunne jeg konstruere en G-matrix til populationen ud fra disse data og også få en B-matrix til at måle markeringen på egenskaberne?
Mål for post:
1) Hvilken information (trækmålinger, fitness-score osv.) er nødvendig for at konstruere G- og B-matricer?
2) Jeg vil gerne finde udskrevet eller online materiale, der vil guide mig i at implementere denne metode. Det ser ud til, at der er frygtelig mange papirer, der siger, at G-matricer er gode, men ingen siger faktisk, hvordan man gør det i det virkelige liv …
Kommentarer
- Dit link taler kun om G-matrix. Jeg ved ikke ' hvad en B-matrix er. Har du et link, der forklarer, hvad der er en B-matrix? Thks
- @ Remi.b B-matrixen er en submatrix inden for g-matrixen (g-matrixen er konstrueret af fire submatricer, Gm [mandlig genetisk varians og kovarians] Gf også for kvinder, B (og B transponeret) med krydsgenetisk genetisk kovarians
- En kort beskrivelse af hvad der er en G-matrix kan findes i dette spørgsmål
Svar
For at konstruere G-matrixen har du brug for additive genetiske afvigelser og kovarianter for alle træk, så du har normalt brug for resultater fra avlseksperimenter (f.eks. fænotypiske data om mid-parent-afkom), som du kan lave forældre-afkom regressioner på. Kender ikke nogen gode online kilder, men se Balding et al . 2007 s. 534ff for lidt info. Jeg har set metoder, der hævder, at G-matrixen kan estimeres direkte ud fra fænotypiske data fra ikke-relaterede personer (f.eks. Zintzaras 2011 ) eller fra genomisk info f.eks. SNPer ( Vattikuti et al. 2013 ), men er ikke fortrolige med disse og ved ikke, hvor pålidelige de er.
En klar baggrund for brugen af blandede modeller til at estimere G-matrixen, inklusive eksempler / tutorials, kan være fundet i Wilson et al (2009) .
Eller havde du noget andet / noget mere specifikt i tankerne?
Kommentarer
- Der er virkelig to aspekter ved dette for mig tror jeg. For det første vil jeg ' gerne vide, hvordan de kan gøres. For det andet forsøger jeg at finde ud af, om jeg kunne gøre dem ved hjælp af trækværdier fra hemiklonale linjer af drosophila, så jeg får kønsspecifikke egenskabsværdier for hver haplotype og derfor kan lave en B-matrix.
- Nå, du burde være i stand til at få genetiske afvigelser fra hemiklonale linjer – du skal nøje overveje nøjagtigt, hvordan du beregner dem, og hvor meget arvelighed der er fanget. Hvad mener du med: " For det første vil jeg ' gerne vide, hvordan de kan gøres ". Hvad indeholder matricerne, hvordan man teknisk kan omforme regressioner eller noget andet? Jeg formodede, at du var på udkig efter noget mere specifikt, men du skulle opdatere spørgsmålet for at gøre det mindre uklart.
- Har du også kigget på Dyremodeller (statistiske blandede modeller), hvor hele stamtavlen kan bruges til at estimere G-matrixens komponenter?
- hvad jeg mener med " hvordan de kan gøres " er, hvilken slags data har jeg brug for, hvad der skal måles, som det allerede står i spørgsmålet
- @GriffinEvo Jeg tror det er det, der er uklart for mig; i det enkle tilfælde er det, du har brug for til en G-matrix, fænotypiske data om egenskaberne af interesse og et kendt forhold mellem individer (fx forælder-afkom). Jeg skrev også dette i mit svar, men tilsyneladende leder du efter noget andet. At tage højde for f.eks. miljøfaktorer, køn eller en kendt stamtavle har du brug for en mere kompleks statistisk model, f.eks. Dyremodeller . Jeg har opdateret mit svar med et papir, der kan være nyttigt.